More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_4625 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_4625  cytochrome c class I  100 
 
 		 197 aa  390  1e-108  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.887243  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2127  cytochrome c class I  51.09 
 
 		 202 aa  171  6.999999999999999e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.169346  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1620  outer membrane nitrite reductase, putative  45.69 
 
 		 189 aa  168  4e-41  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.704464  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4125  cytochrome c, class I  45.64 
 
 		 202 aa  162  3e-39  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02321  hypothetical protein  50.27 
 
 		 203 aa  160  1e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0244328  normal  0.13211 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4324  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  47.49 
 
 		 202 aa  159  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.753936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1265  cytochrome c, class I  42.93 
 
 		 205 aa  141  5e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.891091 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1432  cytochrome c, class I  40.76 
 
 		 217 aa  129  4.0000000000000003e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.632156  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3926  cytochrome c family protein  35.52 
 
 		 222 aa  102  4e-21  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.426515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2418  nitrite reductase, copper-containing  38.89 
 
 		 479 aa  98.6  5e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4896  cytochrome c class I  44.66 
 
 		 142 aa  97.8  1e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1563  cytochrome c class I  45.16 
 
 		 147 aa  97.4  1e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0881  mulitcopper oxidase domain-containing protein  48.54 
 
 		 516 aa  97.1  2e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208672  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1369  cytochrome c class I  41.07 
 
 		 161 aa  94.7  8e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0520  putative anaerobically induced outer membrane protein  47.06 
 
 		 520 aa  94.4  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2012  nitrite reductase, copper-containing  47.06 
 
 		 516 aa  94.4  1e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.220926  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2107  nitrite reductase, copper-containing  47.06 
 
 		 520 aa  94  1e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1658  putative outer membrane nitrite reductase  46.08 
 
 		 520 aa  92.8  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.179147  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03038  major anaerobically induced outer membrane transmembrane protein  40 
 
 		 510 aa  92.8  3e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.490138  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0755  putative outer membrane nitrite reductase  46.08 
 
 		 520 aa  92.8  3e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0721126  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0593  putative outer membrane nitrite reductase  46.08 
 
 		 520 aa  92.8  3e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0703  putative outer membrane nitrite reductase  46.08 
 
 		 520 aa  92.8  3e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2442  NHL repeat containing protein  40 
 
 		 577 aa  91.7  7e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0106112  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4128  nitrite reductase, copper-containing  45.63 
 
 		 499 aa  91.3  8e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4015  nitrite reductase, copper-containing  45.63 
 
 		 499 aa  91.3  8e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0810  cytochrome c, class I  42.86 
 
 		 158 aa  89.7  2e-17  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2783  cytochrome c class I  41.53 
 
 		 151 aa  89.4  3e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.796513  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1925  cytochrome c class I  43.86 
 
 		 146 aa  88.2  7e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.379147  hitchhiker  0.000000158454 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2872  cytochrome c class I  41.13 
 
 		 159 aa  87  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3966  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  40.74 
 
 		 601 aa  87.8  1e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1262  membrane-bound dehydrogenase domain protein  45.45 
 
 		 1068 aa  87  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.261876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3778  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  46.15 
 
 		 331 aa  86.3  3e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000025315  hitchhiker  0.00577808 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0473  cytochrome c class I  33.92 
 
 		 268 aa  85.5  4e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2502  cytochrome c, class I  38.52 
 
 		 450 aa  84.3  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0450  cytochrome c class I  39.29 
 
 		 149 aa  83.6  0.000000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3648  cytochrome c class I  40.19 
 
 		 147 aa  80.1  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00073069  normal  0.303937 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1787  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  42.11 
 
 		 335 aa  77.8  0.00000000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.431509  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3348  cytochrome c class I  39.39 
 
 		 587 aa  77  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123322  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1519  nitrite reductase, copper-containing  34 
 
 		 481 aa  76.6  0.0000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4984  membrane-bound dehydrogenase domain protein  40.35 
 
 		 1055 aa  77  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.380222 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3985  membrane-bound dehydrogenase domain protein  33.33 
 
 		 852 aa  76.3  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.188405  normal  0.0691409 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1599  cytochrome c, class I  35.29 
 
 		 438 aa  75.9  0.0000000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050865  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4716  membrane-bound dehydrogenase domain protein  35.65 
 
 		 759 aa  75.5  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0863725  normal  0.0139154 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5782  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  38.83 
 
 		 338 aa  75.1  0.0000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00253495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2974  putative cytochrome c precursor  41.67 
 
 		 439 aa  75.1  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34008  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4806  cytochrome c class I  36.45 
 
 		 136 aa  74.7  0.0000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167135  normal  0.0495406 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35270  putative cytochrome c precursor  41.67 
 
 		 439 aa  74.3  0.0000000000009  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.534785 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0226  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.19 
 
 		 467 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1926  cytochrome c class I  37.39 
 
 		 150 aa  73.6  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000015189 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1163  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.17 
 
 		 448 aa  73.6  0.000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4245  cytochrome c, class I  42.42 
 
 		 391 aa  73.6  0.000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2449  membrane-bound dehydrogenase domain protein  34.78 
 
 		 762 aa  72.8  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.896022 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00910  gluconate dehydrogenase cytochrome c subunit  42.06 
 
 		 439 aa  72  0.000000000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.367446  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0246  cytochrome c class I  41.35 
 
 		 251 aa  71.6  0.000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  35.58 
 
 		 419 aa  70.9  0.00000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0037  cytochrome c class I  41 
 
 		 153 aa  70.5  0.00000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.113855  normal  0.0169208 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4366  cytochrome c, class I  42.61 
 
 		 156 aa  70.9  0.00000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.726354  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2870  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  34.57 
 
 		 334 aa  70.5  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0870199  normal  0.841788 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2377  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  36.84 
 
 		 417 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.105053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  42.11 
 
 		 669 aa  69.7  0.00000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  39.45 
 
 		 675 aa  70.1  0.00000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3382  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  38.6 
 
 		 417 aa  69.7  0.00000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0772  putative oxidoreductase dehydrogenase (cytochrome C subunit) signal peptide protein  40.57 
 
 		 429 aa  69.3  0.00000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.456552  hitchhiker  0.00960965 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2563  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  41.35 
 
 		 415 aa  69.3  0.00000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151427 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0403  membrane-bound dehydrogenase domain protein  33.91 
 
 		 773 aa  69.7  0.00000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.572265  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  39.62 
 
 		 675 aa  68.9  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1857  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.22 
 
 		 538 aa  68.6  0.00000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.413717 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12333  probable major anaerobically induced outer membrane transmembrane protein  35.64 
 
 		 150 aa  68.6  0.00000000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.378293  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1071  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.03 
 
 		 699 aa  68.9  0.00000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4380  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.6 
 
 		 469 aa  68.6  0.00000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4225  cytochrome c, class I  37.1 
 
 		 475 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.138651  normal  0.183785 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1792  cytochrome c, class I  37.1 
 
 		 470 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4121  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.4 
 
 		 477 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3292  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.1 
 
 		 475 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.618986 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4141  cytochrome c, class I  37.1 
 
 		 475 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.5261  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3647  cytochrome c, class I  38.4 
 
 		 477 aa  68.2  0.00000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.946427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.41 
 
 		 689 aa  67.4  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0456  cytochrome c, class I  35.07 
 
 		 463 aa  67.8  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1719  cytochrome c, class I  36.7 
 
 		 437 aa  67.4  0.0000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1300  cytochrome c class I  34.41 
 
 		 139 aa  67.4  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.793758 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2566  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.81 
 
 		 415 aa  67.8  0.0000000001  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.79853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0720  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.96 
 
 		 427 aa  67.4  0.0000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.690125 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4796  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.74 
 
 		 440 aa  67.4  0.0000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.160851 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1471  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  35.83 
 
 		 401 aa  66.6  0.0000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3387  cytochrome c, class I  39.81 
 
 		 440 aa  66.6  0.0000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.647099  normal  0.180039 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06272  cytochrome c oxidase, subunit II  37.5 
 
 		 405 aa  66.6  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.96 
 
 		 427 aa  66.6  0.0000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.310202  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0236  cytochrome c oxidase, subunit II  38.61 
 
 		 519 aa  66.2  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.717105  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0043  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.43 
 
 		 575 aa  66.2  0.0000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  40.68 
 
 		 524 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0258  cytochrome c oxidase, subunit II  40.37 
 
 		 528 aa  66.2  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.64 
 
 		 537 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943544 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2138  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  35.42 
 
 		 439 aa  65.5  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.622417  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4638  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.28 
 
 		 451 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.683371 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6817  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.18 
 
 		 474 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.166846  normal  0.164997 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1876  hypothetical protein  36.94 
 
 		 775 aa  65.1  0.0000000006  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0125  cytochrome c oxidase, subunit II  40.2 
 
 		 521 aa  65.1  0.0000000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1038  cytochrome c oxidase, subunit II  40.91 
 
 		 388 aa  65.1  0.0000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5000  membrane-bound dehydrogenase domain protein  33.96 
 
 		 749 aa  65.1  0.0000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.652472  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0178  cytochrome c oxidase, subunit II  42.22 
 
 		 513 aa  65.1  0.0000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>