More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1599 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1599  cytochrome c, class I  100 
 
 		 438 aa  899    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050865  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1453  cytochrome c, class I  73.78 
 
 		 432 aa  613  9.999999999999999e-175  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3250  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.85 
 
 		 422 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27905  normal  0.409121 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1689  cytochrome c, class I  46.81 
 
 		 430 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0300798  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4961  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.86 
 
 		 426 aa  397  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.360414  normal  0.0488597 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2504  putative cytochrome c  46.8 
 
 		 434 aa  392  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2014  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.63 
 
 		 426 aa  390  1e-107  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.684291  normal  0.0791101 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0084  cytochrome c, class I  46.87 
 
 		 433 aa  389  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5949  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.48 
 
 		 434 aa  388  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.275687  normal  0.160447 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4297  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.99 
 
 		 441 aa  386  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5084  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.12 
 
 		 432 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1601  cytochrome c, class I  48.99 
 
 		 432 aa  388  1e-106  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.023048  normal  0.40449 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4408  cytochrome c, class I  48.74 
 
 		 434 aa  388  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5193  cytochrome c, class I  48.12 
 
 		 432 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931011 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3175  cytochrome c, class I  48.12 
 
 		 432 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3959  cytochrome c, class I  48.74 
 
 		 434 aa  388  1e-106  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4216  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.72 
 
 		 434 aa  386  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.659443  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3829  cytochrome c, class I  48.99 
 
 		 439 aa  387  1e-106  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0398501  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3382  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  48.98 
 
 		 417 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2471  cytochrome c, class I  47.84 
 
 		 450 aa  382  1e-105  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2974  putative cytochrome c precursor  49.5 
 
 		 439 aa  382  1e-105  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34008  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2563  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  48.98 
 
 		 415 aa  382  1e-105  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151427 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2377  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  49.24 
 
 		 417 aa  385  1e-105  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.105053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35270  putative cytochrome c precursor  49.5 
 
 		 439 aa  381  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.534785 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2566  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.11 
 
 		 415 aa  375  1e-103  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.79853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4380  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.6 
 
 		 469 aa  377  1e-103  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6799  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.26 
 
 		 454 aa  375  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131117  normal  0.655046 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3647  cytochrome c, class I  47.62 
 
 		 477 aa  375  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.946427  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3623  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  46.56 
 
 		 447 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4121  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.84 
 
 		 477 aa  372  1e-102  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1792  cytochrome c, class I  47.33 
 
 		 470 aa  372  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2294  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  47.22 
 
 		 453 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2835  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.48 
 
 		 448 aa  375  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0245579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3292  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.45 
 
 		 475 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.618986 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4141  cytochrome c, class I  47.45 
 
 		 475 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.5261  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4225  cytochrome c, class I  47.45 
 
 		 475 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.138651  normal  0.183785 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2110  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  46.32 
 
 		 447 aa  370  1e-101  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.701093  normal  0.375253 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2492  cytochrome c, class I  45.06 
 
 		 698 aa  365  1e-100  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00140351  normal  0.928162 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00910  gluconate dehydrogenase cytochrome c subunit  45.74 
 
 		 439 aa  367  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.367446  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6211  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.9 
 
 		 448 aa  362  6e-99  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.783844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0456  cytochrome c, class I  45.98 
 
 		 463 aa  361  1e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  46.04 
 
 		 669 aa  360  3e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2502  cytochrome c, class I  44.61 
 
 		 450 aa  359  7e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3640  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.79 
 
 		 395 aa  358  9.999999999999999e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4096  putative cytochrome c  46.93 
 
 		 447 aa  358  9.999999999999999e-98  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687974  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4638  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.41 
 
 		 451 aa  358  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.683371 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  44.64 
 
 		 675 aa  356  5e-97  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2072  cytochrome c, class I  47.47 
 
 		 712 aa  353  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.901126 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2138  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.74 
 
 		 439 aa  353  2e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.622417  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5989  Cytochrome c  44.36 
 
 		 773 aa  350  2e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1071  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.5 
 
 		 699 aa  350  4e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0083  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit  44.44 
 
 		 473 aa  349  6e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0300779 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.85 
 
 		 689 aa  348  9e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  45.14 
 
 		 675 aa  348  9e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2187  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit precursor, cytochrome c553  44.31 
 
 		 476 aa  346  5e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0196419 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0263  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.39 
 
 		 470 aa  344  2e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.473095  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1163  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.55 
 
 		 448 aa  342  8e-93  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2155  cytochrome c, class I  44.36 
 
 		 728 aa  341  2e-92  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1497  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.69 
 
 		 448 aa  340  4e-92  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0777111  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2484  cytochrome c family protein  44.42 
 
 		 721 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0635463  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0226  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.3 
 
 		 467 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0804  cytochrome c family protein  44.16 
 
 		 721 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2348  cytochrome c family protein  44.16 
 
 		 694 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.903737  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3370  cytochrome c, class I  46.05 
 
 		 691 aa  335  7.999999999999999e-91  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384758  normal  0.0138407 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0171  putative cytochrome c, class I  42.47 
 
 		 469 aa  335  7.999999999999999e-91  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1415  cytochrome c, class I  43.29 
 
 		 708 aa  335  9e-91  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.526567  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0689  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.93 
 
 		 447 aa  333  4e-90  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0652  cytochrome c family protein  44.39 
 
 		 509 aa  333  5e-90  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.422125  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2030  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.34 
 
 		 433 aa  332  8e-90  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305388 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4796  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.79 
 
 		 440 aa  331  2e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.160851 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.5 
 
 		 726 aa  330  3e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345014  normal  0.965839 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5487  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.52 
 
 		 451 aa  324  2e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0720  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.31 
 
 		 427 aa  323  3e-87  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.690125 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2335  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.84 
 
 		 426 aa  323  3e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000130755  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.07 
 
 		 427 aa  322  7e-87  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.310202  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1414  cytochrome c family protein  43.61 
 
 		 492 aa  315  7e-85  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.186397  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1435  glucose dehydrogenase, beta subunit  43.61 
 
 		 452 aa  314  1.9999999999999998e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1350  glucose dehydrogenase, beta subunit  43.36 
 
 		 452 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0106089  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.92 
 
 		 537 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00943544 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0780  cytochrome c family protein  41.96 
 
 		 476 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  unclonable  0.00190536  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0768  cytochrome c family protein  41.96 
 
 		 482 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  decreased coverage  0.00254  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0943  cytochrome c family protein  41.96 
 
 		 650 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2590  cytochrome c family protein  43.36 
 
 		 497 aa  312  7.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1244  cytochrome c family protein  43.61 
 
 		 452 aa  311  2e-83  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.148627  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0215  cytochrome c family protein  43.61 
 
 		 452 aa  311  2e-83  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1084  cytochrome c family protein  43.61 
 
 		 452 aa  311  2e-83  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.508293  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0488  cytochrome c family protein  43.61 
 
 		 452 aa  311  2e-83  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.155198  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4201  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.1 
 
 		 444 aa  306  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0553584  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0628  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.33 
 
 		 432 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6536  cytochrome c, class I  41.94 
 
 		 527 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.403161  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1440  putative cytochrome c, class I  39.49 
 
 		 466 aa  303  5.000000000000001e-81  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1294  cytochrome c, class I  41.94 
 
 		 527 aa  303  5.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0963416  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0772  putative oxidoreductase dehydrogenase (cytochrome C subunit) signal peptide protein  42 
 
 		 429 aa  302  8.000000000000001e-81  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.456552  hitchhiker  0.00960965 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5752  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.84 
 
 		 425 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.95358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4552  cytochrome c, class I  40.84 
 
 		 425 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.859169 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3816  cytochrome c, class I  40.84 
 
 		 425 aa  302  8.000000000000001e-81  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0749  cytochrome c family protein  38.29 
 
 		 432 aa  300  3e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2697  cytochrome c family protein  38.29 
 
 		 432 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2380  cytochrome c family protein  38.29 
 
 		 432 aa  300  3e-80  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0736  cytochrome c family protein  38.29 
 
 		 432 aa  300  3e-80  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>