More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0258 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004347  SO_4606  cytochrome c oxidase, subunit II  71.4 
 
 		 513 aa  771    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0125  cytochrome c oxidase, subunit II  70.45 
 
 		 521 aa  764    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4311  cytochrome c oxidase, subunit II  72.73 
 
 		 518 aa  770    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.997623  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3483  cytochrome c oxidase, subunit II  68.68 
 
 		 520 aa  754    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.243767 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0198  cytochrome-c oxidase  71.21 
 
 		 524 aa  779    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4112  cytochrome c oxidase, subunit II  73.3 
 
 		 518 aa  783    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  73.11 
 
 		 518 aa  777    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0178  cytochrome c oxidase, subunit II  72.35 
 
 		 513 aa  780    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3517  cytochrome c oxidase, subunit II  73.11 
 
 		 511 aa  802    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  71.21 
 
 		 524 aa  794    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0154  cytochrome c oxidase, subunit II  73.67 
 
 		 518 aa  791    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3791  cytochrome c oxidase, subunit II  72.35 
 
 		 513 aa  787    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3864  cytochrome c oxidase, subunit II  72.54 
 
 		 513 aa  788    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0258  cytochrome c oxidase, subunit II  100 
 
 		 528 aa  1090    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3782  cytochrome c oxidase, subunit II  69.7 
 
 		 512 aa  759    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  72.35 
 
 		 513 aa  789    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2717  cytochrome c oxidase, subunit II  59.6 
 
 		 523 aa  625  1e-178  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.977219  normal  0.293993 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0236  cytochrome c oxidase, subunit II  57.84 
 
 		 519 aa  618  1e-176  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.717105  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06272  cytochrome c oxidase, subunit II  68.54 
 
 		 405 aa  543  1e-153  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001445  cytochrome c oxidase polypeptide II  67.61 
 
 		 356 aa  520  1e-146  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.633895  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04013  Cytochrome c oxidase, subunit II  61.93 
 
 		 387 aa  488  1e-137  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4246  cytochrome c oxidase, subunit II  63.29 
 
 		 384 aa  482  1e-135  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0079  cytochrome c oxidase, subunit II  62.9 
 
 		 375 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0142  cytochrome c oxidase, subunit II  60.05 
 
 		 374 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0119  cytochrome c oxidase, subunit II  62.03 
 
 		 375 aa  468  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0117  cytochrome c oxidase, subunit II  61.74 
 
 		 375 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102376 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0103  cytochrome c oxidase, subunit II  61.16 
 
 		 375 aa  461  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.193198 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0122  cytochrome c oxidase, subunit II  58.33 
 
 		 375 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01290  cytochrome c oxidase, subunit II  59.13 
 
 		 374 aa  454  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.46157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1038  cytochrome c oxidase, subunit II  59.67 
 
 		 388 aa  448  1e-125  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0180  cytochrome c oxidase subunit II  58.55 
 
 		 366 aa  451  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0062  cytochrome c oxidase, subunit II  58.62 
 
 		 374 aa  442  1e-123  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0885746  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2962  cytochrome c oxidase, subunit II  52.59 
 
 		 401 aa  437  1e-121  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2811  cytochrome c oxidase, subunit II  52.59 
 
 		 401 aa  437  1e-121  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0036  cytochrome c oxidase, subunit II  57.46 
 
 		 378 aa  428  1e-118  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01020  cytochrome c oxidase, subunit II  57.51 
 
 		 385 aa  428  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.24737  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0879  cytochrome c oxidase, subunit II  54.93 
 
 		 373 aa  419  1e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1777  cytochrome c oxidase, subunit II  56.32 
 
 		 377 aa  415  9.999999999999999e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.302976  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0183  cytochrome c oxidase, subunit II  56.32 
 
 		 377 aa  411  1e-113  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000324421  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0325  cytochrome c oxidase subunit II  54.96 
 
 		 382 aa  406  1.0000000000000001e-112  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0125401 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0276  cytochrome c oxidase, subunit II  49.2 
 
 		 557 aa  388  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0218  cytochrome c oxidase, subunit II  50.26 
 
 		 418 aa  388  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.633646 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0237  cytochrome c oxidase, subunit II  50.52 
 
 		 418 aa  388  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0206186 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0362  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor (cytochrome AA3 subunit 2) transmembrane protein  51.38 
 
 		 390 aa  383  1e-105  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.934147 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0426  cytochrome c oxidase, subunit II  51.7 
 
 		 525 aa  382  1e-105  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0456  cytochrome c oxidase, subunit II  50 
 
 		 532 aa  379  1e-104  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2849  cytochrome c oxidase, subunit II  50.28 
 
 		 517 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1422  cytochrome c oxidase, subunit II  50.28 
 
 		 517 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3197  cytochrome c oxidase, subunit II  50.28 
 
 		 525 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0170  cytochrome c oxidase, subunit II  50.28 
 
 		 517 aa  377  1e-103  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.32275  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0672  cytochrome c oxidase, subunit II  50.28 
 
 		 525 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.275557  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0507  cytochrome c oxidase, subunit II  50.28 
 
 		 525 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0489  cytochrome c oxidase, subunit II  50.28 
 
 		 525 aa  377  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0314  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  49.58 
 
 		 421 aa  375  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659537  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6176  cytochrome c oxidase, subunit II  49.33 
 
 		 531 aa  373  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.678657 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0544  cytochrome c oxidase, subunit II  49.58 
 
 		 544 aa  373  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2858  cytochrome c oxidase, subunit II  49.06 
 
 		 532 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.760436 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4171  putative cytochrome c oxidase  48.75 
 
 		 538 aa  373  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.82291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2233  cytochrome c oxidase, subunit II  49.06 
 
 		 532 aa  372  1e-102  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247804  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2847  cytochrome c oxidase, subunit II  49.06 
 
 		 532 aa  373  1e-102  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1471  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  51.25 
 
 		 401 aa  372  1e-101  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2764  cytochrome c oxidase, subunit II  49.46 
 
 		 535 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.802533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2902  cytochrome c oxidase, subunit II  49.46 
 
 		 535 aa  370  1e-101  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0261  cytochrome c oxidase subunit II  47.9 
 
 		 422 aa  364  2e-99  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.814908 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1940  cytochrome c oxidase, subunit II  48.18 
 
 		 385 aa  356  5e-97  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0684443  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1645  cytochrome c oxidase, subunit II  47.06 
 
 		 385 aa  348  1e-94  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.856042  normal  0.904416 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1674  cytochrome c oxidase, subunit II  47.84 
 
 		 380 aa  338  9.999999999999999e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2406  cytochrome c oxidase, subunit II  46.81 
 
 		 377 aa  335  1e-90  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3818  cytochrome c oxidase, subunit II  47.92 
 
 		 388 aa  335  2e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198752 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3181  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor  47.22 
 
 		 398 aa  326  8.000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal  0.584186 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1380  cytochrome c oxidase, subunit II  46.54 
 
 		 389 aa  325  1e-87  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.459391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3907  cytochrome c oxidase, subunit II  46.83 
 
 		 390 aa  319  7e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3047  cytochrome c oxidase, subunit II  58.02 
 
 		 281 aa  316  5e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000013174  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3537  cytochrome c oxidase, subunit II  46.7 
 
 		 389 aa  316  7e-85  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0700115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2860  cytochrome c oxidase, subunit II  46.98 
 
 		 389 aa  315  9.999999999999999e-85  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699909  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1680  cytochrome c oxidase, subunit II  44.5 
 
 		 402 aa  311  1e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.450721  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4392  cytochrome c oxidase, subunit II  42.62 
 
 		 392 aa  308  1.0000000000000001e-82  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1245  cytochrome c oxidase, subunit II  45.3 
 
 		 400 aa  303  4.0000000000000003e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0878  cytochrome c oxidase, subunit II  45.38 
 
 		 401 aa  301  2e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0293  cytochrome c oxidase, subunit II  53.58 
 
 		 311 aa  297  3e-79  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.142345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3011  Cytochrome-c oxidase  43.02 
 
 		 380 aa  296  6e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.913445  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0310  cytochrome c oxidase, subunit II  55.32 
 
 		 320 aa  279  7e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0572725 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04019  cytochrome c oxidase, subunit II  52.94 
 
 		 308 aa  276  5e-73  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0621  cytochrome c oxidase, subunit II  42.31 
 
 		 255 aa  187  5e-46  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  decreased coverage  0.0000000345466  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0814  cytochrome-c oxidase  37.14 
 
 		 284 aa  184  4.0000000000000006e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.278116  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0300  cytochrome c oxidase, subunit II  39.15 
 
 		 254 aa  177  4e-43  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4588  cytochrome-c oxidase  38.11 
 
 		 284 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0223  cytochrome c oxidase, subunit II  39.59 
 
 		 285 aa  174  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0761  cytochrome c oxidase, subunit II  39.59 
 
 		 285 aa  174  2.9999999999999996e-42  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4506  cytochrome c oxidase, subunit II  37.89 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.578189 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2234  cytochrome-c oxidase  38.28 
 
 		 292 aa  171  3e-41  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00748725 
 
 
-
 
NC_004310  BR0467  cytochrome c oxidase, subunit II  47.4 
 
 		 284 aa  170  5e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.870117  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0255  cytochrome-c oxidase  36.73 
 
 		 285 aa  168  2e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3463  cytochrome-c oxidase  36.73 
 
 		 285 aa  168  2e-40  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2336  cytochrome c oxidase, subunit II  35.04 
 
 		 304 aa  168  2e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.273176  normal  0.955931 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0899  cytochrome c oxidase, subunit II  43.59 
 
 		 285 aa  167  4e-40  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20634  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1405  cytochrome-c oxidase  40.48 
 
 		 343 aa  167  5.9999999999999996e-40  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0686645  normal  0.926821 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0730  cytochrome c oxidase, subunit II  38.98 
 
 		 295 aa  166  8e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.255439  normal  0.0979989 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0581  cytochrome c oxidase subunit II  40.36 
 
 		 294 aa  166  1.0000000000000001e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00300077  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0828  cytochrome c oxidase, subunit II  42.55 
 
 		 279 aa  162  1e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.289421  normal  0.503108 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>