More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0103 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0103  cytochrome c oxidase, subunit II  100 
 
 		 375 aa  776    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.193198 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0119  cytochrome c oxidase, subunit II  98.67 
 
 		 375 aa  768    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0079  cytochrome c oxidase, subunit II  86.13 
 
 		 375 aa  689    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0122  cytochrome c oxidase, subunit II  94.93 
 
 		 375 aa  744    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0117  cytochrome c oxidase, subunit II  99.2 
 
 		 375 aa  773    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102376 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01290  cytochrome c oxidase, subunit II  80.7 
 
 		 374 aa  655    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.46157  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0180  cytochrome c oxidase subunit II  79.73 
 
 		 366 aa  632  1e-180  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0142  cytochrome c oxidase, subunit II  76.41 
 
 		 374 aa  609  1e-173  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01020  cytochrome c oxidase, subunit II  72.92 
 
 		 385 aa  573  1.0000000000000001e-162  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.24737  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0062  cytochrome c oxidase, subunit II  65.06 
 
 		 374 aa  504  1e-141  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0885746  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0236  cytochrome c oxidase, subunit II  58.47 
 
 		 519 aa  457  9.999999999999999e-129  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.717105  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0258  cytochrome c oxidase, subunit II  60.87 
 
 		 528 aa  459  9.999999999999999e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  59.84 
 
 		 513 aa  457  9.999999999999999e-129  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3791  cytochrome c oxidase, subunit II  59.3 
 
 		 513 aa  455  1e-127  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3864  cytochrome c oxidase, subunit II  59.3 
 
 		 513 aa  457  1e-127  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  60.29 
 
 		 524 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04013  Cytochrome c oxidase, subunit II  59.89 
 
 		 387 aa  453  1.0000000000000001e-126  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3517  cytochrome c oxidase, subunit II  60.68 
 
 		 511 aa  450  1e-125  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0154  cytochrome c oxidase, subunit II  60.4 
 
 		 518 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0125  cytochrome c oxidase, subunit II  60.58 
 
 		 521 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4311  cytochrome c oxidase, subunit II  60.68 
 
 		 518 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.997623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3782  cytochrome c oxidase, subunit II  59.88 
 
 		 512 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4246  cytochrome c oxidase, subunit II  58.74 
 
 		 384 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4112  cytochrome c oxidase, subunit II  60.68 
 
 		 518 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4606  cytochrome c oxidase, subunit II  58.22 
 
 		 513 aa  444  1e-123  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0198  cytochrome-c oxidase  59.42 
 
 		 524 aa  442  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  60.4 
 
 		 518 aa  444  1e-123  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0178  cytochrome c oxidase, subunit II  59.21 
 
 		 513 aa  442  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3483  cytochrome c oxidase, subunit II  61.45 
 
 		 520 aa  444  1e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.243767 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0879  cytochrome c oxidase, subunit II  54.32 
 
 		 373 aa  431  1e-120  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06272  cytochrome c oxidase, subunit II  55.11 
 
 		 405 aa  434  1e-120  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1777  cytochrome c oxidase, subunit II  54.2 
 
 		 377 aa  421  1e-117  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.302976  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1038  cytochrome c oxidase, subunit II  60.58 
 
 		 388 aa  421  1e-117  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001445  cytochrome c oxidase polypeptide II  58.07 
 
 		 356 aa  424  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.633895  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2717  cytochrome c oxidase, subunit II  53.15 
 
 		 523 aa  419  1e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.977219  normal  0.293993 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0325  cytochrome c oxidase subunit II  55.84 
 
 		 382 aa  417  9.999999999999999e-116  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0125401 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0183  cytochrome c oxidase, subunit II  55.2 
 
 		 377 aa  415  9.999999999999999e-116  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000324421  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0036  cytochrome c oxidase, subunit II  54.13 
 
 		 378 aa  415  9.999999999999999e-116  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2962  cytochrome c oxidase, subunit II  52.54 
 
 		 401 aa  411  1e-113  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2811  cytochrome c oxidase, subunit II  52.54 
 
 		 401 aa  411  1e-113  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0237  cytochrome c oxidase, subunit II  53.16 
 
 		 418 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0206186 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0218  cytochrome c oxidase, subunit II  52.87 
 
 		 418 aa  380  1e-104  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.633646 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0276  cytochrome c oxidase, subunit II  51.16 
 
 		 557 aa  377  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0362  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor (cytochrome AA3 subunit 2) transmembrane protein  51.72 
 
 		 390 aa  373  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.934147 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0544  cytochrome c oxidase, subunit II  50.29 
 
 		 544 aa  371  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214831  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4171  putative cytochrome c oxidase  50.29 
 
 		 538 aa  373  1e-102  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.82291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0456  cytochrome c oxidase, subunit II  50.29 
 
 		 532 aa  372  1e-102  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0489  cytochrome c oxidase, subunit II  50 
 
 		 525 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1422  cytochrome c oxidase, subunit II  50 
 
 		 517 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3197  cytochrome c oxidase, subunit II  50 
 
 		 525 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0672  cytochrome c oxidase, subunit II  50 
 
 		 525 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.275557  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6176  cytochrome c oxidase, subunit II  49.71 
 
 		 531 aa  367  1e-100  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.678657 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2858  cytochrome c oxidase, subunit II  49.71 
 
 		 532 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.760436 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0170  cytochrome c oxidase, subunit II  50 
 
 		 517 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.32275  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2233  cytochrome c oxidase, subunit II  50 
 
 		 532 aa  367  1e-100  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247804  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0507  cytochrome c oxidase, subunit II  50 
 
 		 525 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2847  cytochrome c oxidase, subunit II  49.71 
 
 		 532 aa  365  1e-100  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2849  cytochrome c oxidase, subunit II  50 
 
 		 517 aa  365  1e-100  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1471  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  48.5 
 
 		 401 aa  364  1e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2764  cytochrome c oxidase, subunit II  50.29 
 
 		 535 aa  360  3e-98  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.802533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2902  cytochrome c oxidase, subunit II  50.29 
 
 		 535 aa  360  3e-98  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1940  cytochrome c oxidase, subunit II  48.99 
 
 		 385 aa  359  4e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0684443  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0426  cytochrome c oxidase, subunit II  49.13 
 
 		 525 aa  359  5e-98  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0314  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  48.7 
 
 		 421 aa  358  9.999999999999999e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659537  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2406  cytochrome c oxidase, subunit II  48.92 
 
 		 377 aa  356  3.9999999999999996e-97  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0261  cytochrome c oxidase subunit II  48.69 
 
 		 422 aa  353  2.9999999999999997e-96  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.814908 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1645  cytochrome c oxidase, subunit II  47.7 
 
 		 385 aa  350  2e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.856042  normal  0.904416 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2860  cytochrome c oxidase, subunit II  48.17 
 
 		 389 aa  328  7e-89  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699909  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3537  cytochrome c oxidase, subunit II  48.17 
 
 		 389 aa  328  9e-89  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0700115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1674  cytochrome c oxidase, subunit II  45.79 
 
 		 380 aa  325  6e-88  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3181  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor  46.46 
 
 		 398 aa  323  3e-87  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal  0.584186 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1380  cytochrome c oxidase, subunit II  45.2 
 
 		 389 aa  318  1e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.459391  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4392  cytochrome c oxidase, subunit II  44.03 
 
 		 392 aa  315  6e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3047  cytochrome c oxidase, subunit II  57.09 
 
 		 281 aa  315  8e-85  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000013174  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3818  cytochrome c oxidase, subunit II  44.09 
 
 		 388 aa  310  2.9999999999999997e-83  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198752 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1680  cytochrome c oxidase, subunit II  43.21 
 
 		 402 aa  309  5e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.450721  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3907  cytochrome c oxidase, subunit II  45.79 
 
 		 390 aa  308  1.0000000000000001e-82  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0878  cytochrome c oxidase, subunit II  45.22 
 
 		 401 aa  307  2.0000000000000002e-82  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3011  Cytochrome-c oxidase  42.43 
 
 		 380 aa  304  2.0000000000000002e-81  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.913445  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1245  cytochrome c oxidase, subunit II  43.5 
 
 		 400 aa  303  3.0000000000000004e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0293  cytochrome c oxidase, subunit II  55.7 
 
 		 311 aa  288  8e-77  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.142345  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04019  cytochrome c oxidase, subunit II  54.85 
 
 		 308 aa  282  6.000000000000001e-75  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0310  cytochrome c oxidase, subunit II  53.16 
 
 		 320 aa  271  1e-71  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0572725 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0581  cytochrome c oxidase subunit II  37.77 
 
 		 294 aa  177  4e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00300077  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0814  cytochrome-c oxidase  38.46 
 
 		 284 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.278116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4588  cytochrome-c oxidase  38.78 
 
 		 284 aa  174  2.9999999999999996e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2336  cytochrome c oxidase, subunit II  36.12 
 
 		 304 aa  171  2e-41  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.273176  normal  0.955931 
 
 
-
 
NC_002978  WD0300  cytochrome c oxidase, subunit II  40.17 
 
 		 254 aa  170  3e-41  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0467  cytochrome c oxidase, subunit II  39.83 
 
 		 284 aa  170  3e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.870117  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0741  cytochrome c oxidase, subunit II  35.9 
 
 		 287 aa  169  8e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4506  cytochrome c oxidase, subunit II  38.14 
 
 		 304 aa  169  1e-40  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.578189 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1140  cytochrome c oxidase subunit II  41.59 
 
 		 270 aa  168  2e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0033  cytochrome c oxidase, subunit II  34.33 
 
 		 279 aa  166  9e-40  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.511366 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0621  cytochrome c oxidase, subunit II  36.96 
 
 		 255 aa  164  2.0000000000000002e-39  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  decreased coverage  0.0000000345466  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0518  cytochrome c oxidase subunit II  36.21 
 
 		 294 aa  162  8.000000000000001e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2234  cytochrome-c oxidase  37.16 
 
 		 292 aa  162  1e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00748725 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0899  cytochrome c oxidase, subunit II  44.51 
 
 		 285 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20634  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1039  cytochrome c oxidase subunit II  37.87 
 
 		 312 aa  161  2e-38  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.866528  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1405  cytochrome-c oxidase  38.79 
 
 		 343 aa  160  3e-38  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0686645  normal  0.926821 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0669  cytochrome c oxidase subunit II  38.01 
 
 		 279 aa  159  1e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12333  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>