More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0325 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0325  cytochrome c oxidase subunit II  100 
 
 		 382 aa  788    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0125401 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0183  cytochrome c oxidase, subunit II  62.4 
 
 		 377 aa  484  1e-135  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000324421  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1777  cytochrome c oxidase, subunit II  62.26 
 
 		 377 aa  482  1e-135  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.302976  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4171  putative cytochrome c oxidase  57.98 
 
 		 538 aa  449  1e-125  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.82291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0544  cytochrome c oxidase, subunit II  57.98 
 
 		 544 aa  445  1.0000000000000001e-124  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214831  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0362  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor (cytochrome AA3 subunit 2) transmembrane protein  58.17 
 
 		 390 aa  443  1e-123  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.934147 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0119  cytochrome c oxidase, subunit II  56.13 
 
 		 375 aa  441  1e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0237  cytochrome c oxidase, subunit II  56.99 
 
 		 418 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0206186 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0218  cytochrome c oxidase, subunit II  58.17 
 
 		 418 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.633646 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0103  cytochrome c oxidase, subunit II  55.84 
 
 		 375 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.193198 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1940  cytochrome c oxidase, subunit II  58.45 
 
 		 385 aa  439  9.999999999999999e-123  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0684443  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0426  cytochrome c oxidase, subunit II  56.73 
 
 		 525 aa  439  9.999999999999999e-123  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0276  cytochrome c oxidase, subunit II  56.16 
 
 		 557 aa  441  9.999999999999999e-123  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0117  cytochrome c oxidase, subunit II  55.84 
 
 		 375 aa  438  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102376 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0456  cytochrome c oxidase, subunit II  57.31 
 
 		 532 aa  437  1e-121  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0122  cytochrome c oxidase, subunit II  54.57 
 
 		 375 aa  434  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2858  cytochrome c oxidase, subunit II  56.45 
 
 		 532 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.760436 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3197  cytochrome c oxidase, subunit II  56.16 
 
 		 525 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2849  cytochrome c oxidase, subunit II  56.16 
 
 		 517 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0672  cytochrome c oxidase, subunit II  56.16 
 
 		 525 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.275557  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0079  cytochrome c oxidase, subunit II  54.26 
 
 		 375 aa  433  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0170  cytochrome c oxidase, subunit II  56.16 
 
 		 517 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.32275  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2233  cytochrome c oxidase, subunit II  56.45 
 
 		 532 aa  431  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247804  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0489  cytochrome c oxidase, subunit II  56.16 
 
 		 525 aa  432  1e-120  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1422  cytochrome c oxidase, subunit II  56.16 
 
 		 517 aa  433  1e-120  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0507  cytochrome c oxidase, subunit II  56.16 
 
 		 525 aa  433  1e-120  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2847  cytochrome c oxidase, subunit II  56.45 
 
 		 532 aa  432  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6176  cytochrome c oxidase, subunit II  56.16 
 
 		 531 aa  431  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.678657 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0178  cytochrome c oxidase, subunit II  55.11 
 
 		 513 aa  428  1e-119  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  52 
 
 		 524 aa  428  1e-119  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0180  cytochrome c oxidase subunit II  54.42 
 
 		 366 aa  425  1e-118  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01290  cytochrome c oxidase, subunit II  54.42 
 
 		 374 aa  427  1e-118  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.46157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0258  cytochrome c oxidase, subunit II  54.67 
 
 		 528 aa  422  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2902  cytochrome c oxidase, subunit II  56.73 
 
 		 535 aa  424  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2764  cytochrome c oxidase, subunit II  56.73 
 
 		 535 aa  424  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.802533  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0142  cytochrome c oxidase, subunit II  55.03 
 
 		 374 aa  419  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0314  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  54.73 
 
 		 421 aa  419  1e-116  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659537  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3517  cytochrome c oxidase, subunit II  52.55 
 
 		 511 aa  420  1e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4606  cytochrome c oxidase, subunit II  52.42 
 
 		 513 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0198  cytochrome-c oxidase  53.63 
 
 		 524 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2717  cytochrome c oxidase, subunit II  51.06 
 
 		 523 aa  415  9.999999999999999e-116  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.977219  normal  0.293993 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0125  cytochrome c oxidase, subunit II  53.13 
 
 		 521 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1645  cytochrome c oxidase, subunit II  55.87 
 
 		 385 aa  417  9.999999999999999e-116  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.856042  normal  0.904416 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3483  cytochrome c oxidase, subunit II  53.83 
 
 		 520 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.243767 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3864  cytochrome c oxidase, subunit II  52.15 
 
 		 513 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  52.15 
 
 		 513 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3782  cytochrome c oxidase, subunit II  52.66 
 
 		 512 aa  414  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0062  cytochrome c oxidase, subunit II  54.06 
 
 		 374 aa  414  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0885746  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4311  cytochrome c oxidase, subunit II  53.63 
 
 		 518 aa  412  1e-114  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.997623  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4112  cytochrome c oxidase, subunit II  53.35 
 
 		 518 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06272  cytochrome c oxidase, subunit II  52.75 
 
 		 405 aa  413  1e-114  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  53.35 
 
 		 518 aa  413  1e-114  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0154  cytochrome c oxidase, subunit II  52.88 
 
 		 518 aa  414  1e-114  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3791  cytochrome c oxidase, subunit II  51.61 
 
 		 513 aa  414  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4246  cytochrome c oxidase, subunit II  53.37 
 
 		 384 aa  409  1e-113  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0261  cytochrome c oxidase subunit II  55.3 
 
 		 422 aa  406  1.0000000000000001e-112  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.814908 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01020  cytochrome c oxidase, subunit II  54.42 
 
 		 385 aa  402  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.24737  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0879  cytochrome c oxidase, subunit II  51.91 
 
 		 373 aa  396  1e-109  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0236  cytochrome c oxidase, subunit II  51.64 
 
 		 519 aa  395  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.717105  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001445  cytochrome c oxidase polypeptide II  53.76 
 
 		 356 aa  395  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.633895  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2962  cytochrome c oxidase, subunit II  49.86 
 
 		 401 aa  393  1e-108  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2811  cytochrome c oxidase, subunit II  49.86 
 
 		 401 aa  393  1e-108  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04013  Cytochrome c oxidase, subunit II  48.28 
 
 		 387 aa  390  1e-107  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3181  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor  54 
 
 		 398 aa  379  1e-104  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal  0.584186 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1471  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  48.77 
 
 		 401 aa  380  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2860  cytochrome c oxidase, subunit II  52.49 
 
 		 389 aa  380  1e-104  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699909  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3537  cytochrome c oxidase, subunit II  52.49 
 
 		 389 aa  381  1e-104  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0700115  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3818  cytochrome c oxidase, subunit II  54.29 
 
 		 388 aa  379  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198752 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4392  cytochrome c oxidase, subunit II  52.14 
 
 		 392 aa  380  1e-104  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1674  cytochrome c oxidase, subunit II  51.42 
 
 		 380 aa  375  1e-103  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1380  cytochrome c oxidase, subunit II  50.56 
 
 		 389 aa  373  1e-102  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.459391  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0036  cytochrome c oxidase, subunit II  46.72 
 
 		 378 aa  372  1e-102  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1680  cytochrome c oxidase, subunit II  50 
 
 		 402 aa  370  1e-101  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.450721  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3907  cytochrome c oxidase, subunit II  50.67 
 
 		 390 aa  367  1e-100  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0878  cytochrome c oxidase, subunit II  51.44 
 
 		 401 aa  365  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1038  cytochrome c oxidase, subunit II  52.75 
 
 		 388 aa  366  1e-100  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1245  cytochrome c oxidase, subunit II  52.96 
 
 		 400 aa  360  3e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2406  cytochrome c oxidase, subunit II  46.02 
 
 		 377 aa  319  7e-86  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3011  Cytochrome-c oxidase  44.94 
 
 		 380 aa  299  4e-80  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.913445  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3047  cytochrome c oxidase, subunit II  50 
 
 		 281 aa  276  3e-73  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000013174  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0293  cytochrome c oxidase, subunit II  48.06 
 
 		 311 aa  266  5e-70  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.142345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0310  cytochrome c oxidase, subunit II  50.39 
 
 		 320 aa  259  7e-68  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0572725 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04019  cytochrome c oxidase, subunit II  48.74 
 
 		 308 aa  248  1e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4506  cytochrome c oxidase, subunit II  41.98 
 
 		 304 aa  203  4e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.578189 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2336  cytochrome c oxidase, subunit II  36.79 
 
 		 304 aa  193  4e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.273176  normal  0.955931 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0814  cytochrome-c oxidase  39.29 
 
 		 284 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.278116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0899  cytochrome c oxidase, subunit II  40.31 
 
 		 285 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20634  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0581  cytochrome c oxidase subunit II  39.13 
 
 		 294 aa  188  1e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00300077  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0467  cytochrome c oxidase, subunit II  38.04 
 
 		 284 aa  188  2e-46  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.870117  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0621  cytochrome c oxidase, subunit II  39.51 
 
 		 255 aa  178  2e-43  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  decreased coverage  0.0000000345466  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4588  cytochrome-c oxidase  37.5 
 
 		 284 aa  176  5e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0518  cytochrome c oxidase subunit II  41.1 
 
 		 294 aa  175  9.999999999999999e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4321  cytochrome-c oxidase  39.06 
 
 		 298 aa  175  9.999999999999999e-43  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.018888  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0260  cytochrome c oxidase, subunit II  36.89 
 
 		 288 aa  173  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.150091  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0300  cytochrome c oxidase, subunit II  36.99 
 
 		 254 aa  172  1e-41  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3155  cytochrome c oxidase, subunit II  36.9 
 
 		 320 aa  171  3e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0741  cytochrome c oxidase, subunit II  36.63 
 
 		 287 aa  170  3e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4787  cytochrome-c oxidase  40.98 
 
 		 284 aa  169  5e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.792783  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1405  cytochrome-c oxidase  38.03 
 
 		 343 aa  169  8e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0686645  normal  0.926821 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1140  cytochrome c oxidase subunit II  37.89 
 
 		 270 aa  169  1e-40  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>