More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_1680 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_1680  cytochrome c oxidase, subunit II  100 
 
 		 402 aa  833    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.450721  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1245  cytochrome c oxidase, subunit II  76.39 
 
 		 400 aa  605  9.999999999999999e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3537  cytochrome c oxidase, subunit II  70.5 
 
 		 389 aa  595  1e-169  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0700115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2860  cytochrome c oxidase, subunit II  70.75 
 
 		 389 aa  597  1e-169  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699909  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3181  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor  73.63 
 
 		 398 aa  597  1e-169  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal  0.584186 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1380  cytochrome c oxidase, subunit II  70.5 
 
 		 389 aa  592  1e-168  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.459391  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0878  cytochrome c oxidase, subunit II  71.46 
 
 		 401 aa  587  1e-167  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3818  cytochrome c oxidase, subunit II  70.62 
 
 		 388 aa  570  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198752 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3907  cytochrome c oxidase, subunit II  68.83 
 
 		 390 aa  566  1e-160  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4392  cytochrome c oxidase, subunit II  72.51 
 
 		 392 aa  563  1.0000000000000001e-159  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1674  cytochrome c oxidase, subunit II  69.79 
 
 		 380 aa  556  1e-157  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0314  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  65.48 
 
 		 421 aa  529  1e-149  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659537  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0261  cytochrome c oxidase subunit II  65.83 
 
 		 422 aa  514  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.814908 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0218  cytochrome c oxidase, subunit II  64.8 
 
 		 418 aa  501  1e-140  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.633646 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0237  cytochrome c oxidase, subunit II  64.8 
 
 		 418 aa  501  1e-140  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0206186 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1940  cytochrome c oxidase, subunit II  64.32 
 
 		 385 aa  491  9.999999999999999e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0684443  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1645  cytochrome c oxidase, subunit II  63.78 
 
 		 385 aa  490  1e-137  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.856042  normal  0.904416 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0362  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor (cytochrome AA3 subunit 2) transmembrane protein  63.41 
 
 		 390 aa  484  1e-135  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.934147 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4171  putative cytochrome c oxidase  59 
 
 		 538 aa  483  1e-135  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.82291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0170  cytochrome c oxidase, subunit II  62.9 
 
 		 517 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.32275  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3197  cytochrome c oxidase, subunit II  62.9 
 
 		 525 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0276  cytochrome c oxidase, subunit II  58.56 
 
 		 557 aa  478  1e-134  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0672  cytochrome c oxidase, subunit II  62.9 
 
 		 525 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.275557  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2849  cytochrome c oxidase, subunit II  62.9 
 
 		 517 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1422  cytochrome c oxidase, subunit II  62.9 
 
 		 517 aa  479  1e-134  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0507  cytochrome c oxidase, subunit II  62.9 
 
 		 525 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0426  cytochrome c oxidase, subunit II  60.2 
 
 		 525 aa  479  1e-134  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0489  cytochrome c oxidase, subunit II  62.9 
 
 		 525 aa  479  1e-134  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0544  cytochrome c oxidase, subunit II  58 
 
 		 544 aa  476  1e-133  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214831  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2858  cytochrome c oxidase, subunit II  59.35 
 
 		 532 aa  473  1e-132  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.760436 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2233  cytochrome c oxidase, subunit II  59.35 
 
 		 532 aa  472  1e-132  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247804  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0456  cytochrome c oxidase, subunit II  59.5 
 
 		 532 aa  473  1e-132  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2847  cytochrome c oxidase, subunit II  59.35 
 
 		 532 aa  473  1e-132  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6176  cytochrome c oxidase, subunit II  59.35 
 
 		 531 aa  471  1.0000000000000001e-131  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.678657 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2764  cytochrome c oxidase, subunit II  59 
 
 		 535 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.802533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2902  cytochrome c oxidase, subunit II  59 
 
 		 535 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1777  cytochrome c oxidase, subunit II  51.8 
 
 		 377 aa  398  1e-109  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.302976  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0183  cytochrome c oxidase, subunit II  54.29 
 
 		 377 aa  394  1e-108  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000324421  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0325  cytochrome c oxidase subunit II  50 
 
 		 382 aa  351  2e-95  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0125401 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0879  cytochrome c oxidase, subunit II  46.93 
 
 		 373 aa  330  2e-89  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0236  cytochrome c oxidase, subunit II  46.05 
 
 		 519 aa  330  4e-89  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.717105  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0178  cytochrome c oxidase, subunit II  46.07 
 
 		 513 aa  327  2.0000000000000001e-88  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  44.44 
 
 		 524 aa  325  8.000000000000001e-88  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06272  cytochrome c oxidase, subunit II  43.99 
 
 		 405 aa  322  7e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2717  cytochrome c oxidase, subunit II  43.99 
 
 		 523 aa  321  9.999999999999999e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.977219  normal  0.293993 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2962  cytochrome c oxidase, subunit II  43.23 
 
 		 401 aa  319  7e-86  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2811  cytochrome c oxidase, subunit II  43.23 
 
 		 401 aa  319  7e-86  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0125  cytochrome c oxidase, subunit II  43.46 
 
 		 521 aa  317  2e-85  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3791  cytochrome c oxidase, subunit II  45.92 
 
 		 513 aa  316  5e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3864  cytochrome c oxidase, subunit II  44.5 
 
 		 513 aa  316  5e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3483  cytochrome c oxidase, subunit II  47.12 
 
 		 520 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.243767 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  45.33 
 
 		 513 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0062  cytochrome c oxidase, subunit II  45.35 
 
 		 374 aa  314  1.9999999999999998e-84  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0885746  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0198  cytochrome-c oxidase  43.65 
 
 		 524 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4606  cytochrome c oxidase, subunit II  44.01 
 
 		 513 aa  312  9e-84  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4246  cytochrome c oxidase, subunit II  42.2 
 
 		 384 aa  311  1e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0142  cytochrome c oxidase, subunit II  44.66 
 
 		 374 aa  311  2e-83  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0119  cytochrome c oxidase, subunit II  43.06 
 
 		 375 aa  311  2e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0117  cytochrome c oxidase, subunit II  43.21 
 
 		 375 aa  310  4e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102376 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4112  cytochrome c oxidase, subunit II  44.57 
 
 		 518 aa  309  4e-83  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0103  cytochrome c oxidase, subunit II  43.21 
 
 		 375 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.193198 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0154  cytochrome c oxidase, subunit II  44.29 
 
 		 518 aa  309  5e-83  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0258  cytochrome c oxidase, subunit II  43.36 
 
 		 528 aa  308  1.0000000000000001e-82  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4311  cytochrome c oxidase, subunit II  44.57 
 
 		 518 aa  306  3e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.997623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  44.29 
 
 		 518 aa  305  8.000000000000001e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0122  cytochrome c oxidase, subunit II  42.78 
 
 		 375 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3782  cytochrome c oxidase, subunit II  43.75 
 
 		 512 aa  302  5.000000000000001e-81  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0180  cytochrome c oxidase subunit II  41.11 
 
 		 366 aa  301  1e-80  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3517  cytochrome c oxidase, subunit II  41.87 
 
 		 511 aa  300  2e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04013  Cytochrome c oxidase, subunit II  41.92 
 
 		 387 aa  300  3e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01290  cytochrome c oxidase, subunit II  41.11 
 
 		 374 aa  299  5e-80  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.46157  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0079  cytochrome c oxidase, subunit II  40 
 
 		 375 aa  290  3e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1471  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  40.11 
 
 		 401 aa  286  5e-76  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001445  cytochrome c oxidase polypeptide II  42.18 
 
 		 356 aa  286  5.999999999999999e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.633895  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0036  cytochrome c oxidase, subunit II  39.6 
 
 		 378 aa  285  9e-76  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01020  cytochrome c oxidase, subunit II  40.64 
 
 		 385 aa  285  1.0000000000000001e-75  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.24737  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1038  cytochrome c oxidase, subunit II  38.64 
 
 		 388 aa  276  7e-73  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2406  cytochrome c oxidase, subunit II  41.16 
 
 		 377 aa  271  1e-71  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0293  cytochrome c oxidase, subunit II  47.28 
 
 		 311 aa  249  7e-65  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.142345  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3011  Cytochrome-c oxidase  34.88 
 
 		 380 aa  219  6e-56  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.913445  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3047  cytochrome c oxidase, subunit II  43.64 
 
 		 281 aa  218  1e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000013174  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0310  cytochrome c oxidase, subunit II  43.09 
 
 		 320 aa  216  7e-55  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0572725 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04019  cytochrome c oxidase, subunit II  42.68 
 
 		 308 aa  206  6e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2336  cytochrome c oxidase, subunit II  38.95 
 
 		 304 aa  192  7e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.273176  normal  0.955931 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4588  cytochrome-c oxidase  38.57 
 
 		 284 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0814  cytochrome-c oxidase  37.83 
 
 		 284 aa  184  2.0000000000000003e-45  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.278116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0741  cytochrome c oxidase, subunit II  35.9 
 
 		 287 aa  181  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4506  cytochrome c oxidase, subunit II  34.78 
 
 		 304 aa  181  2.9999999999999997e-44  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.578189 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1140  cytochrome c oxidase subunit II  39.3 
 
 		 270 aa  179  5.999999999999999e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1237  cytochrome c oxidase, subunit II  37.31 
 
 		 303 aa  179  8e-44  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.109976 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0518  cytochrome c oxidase subunit II  37.64 
 
 		 294 aa  178  1e-43  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0828  cytochrome c oxidase, subunit II  38.38 
 
 		 279 aa  176  5e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.289421  normal  0.503108 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0642  cytochrome c oxidase, subunit II  37.59 
 
 		 294 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.439468 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0614  cytochrome-c oxidase  36.75 
 
 		 303 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.840942  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0260  cytochrome c oxidase, subunit II  37.64 
 
 		 288 aa  174  2.9999999999999996e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.150091  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1039  cytochrome c oxidase subunit II  35.32 
 
 		 312 aa  173  3.9999999999999995e-42  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.866528  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3459  cytochrome c oxidase, subunit II  36.9 
 
 		 279 aa  172  1e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.927042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2349  cytochrome c oxidase, subunit II  39.44 
 
 		 285 aa  172  1e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.159121  normal  0.911923 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1826  cytochrome c oxidase polypeptide II precursor (cytochrome AA3 subunit 2)  38.19 
 
 		 303 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.308898  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1405  cytochrome-c oxidase  37.25 
 
 		 343 aa  171  2e-41  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0686645  normal  0.926821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>