More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1039 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1039  cytochrome c oxidase subunit II  100 
 
 		 312 aa  644    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.866528  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0642  cytochrome c oxidase, subunit II  75.18 
 
 		 294 aa  444  1e-123  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.439468 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0602  cytochrome c oxidase, subunit II  74.47 
 
 		 294 aa  423  1e-117  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0518  cytochrome c oxidase subunit II  70.18 
 
 		 294 aa  404  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0741  cytochrome c oxidase, subunit II  62.06 
 
 		 287 aa  368  1e-101  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0581  cytochrome c oxidase subunit II  64.23 
 
 		 294 aa  359  4e-98  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00300077  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0467  cytochrome c oxidase, subunit II  62.72 
 
 		 284 aa  355  5e-97  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.870117  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0814  cytochrome-c oxidase  55.72 
 
 		 284 aa  297  1e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.278116  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4588  cytochrome-c oxidase  59.92 
 
 		 284 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4648  cytochrome c oxidase subunit II  61.74 
 
 		 286 aa  268  7e-71  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5298  normal  0.167898 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0899  cytochrome c oxidase, subunit II  57.59 
 
 		 285 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20634  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0828  cytochrome c oxidase, subunit II  53.33 
 
 		 279 aa  262  6e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.289421  normal  0.503108 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4787  cytochrome-c oxidase  55.76 
 
 		 284 aa  257  2e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.792783  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0255  cytochrome-c oxidase  50.9 
 
 		 285 aa  255  8e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3463  cytochrome-c oxidase  50.9 
 
 		 285 aa  255  8e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1237  cytochrome c oxidase, subunit II  49.8 
 
 		 303 aa  253  2.0000000000000002e-66  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.109976 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0223  cytochrome c oxidase, subunit II  52.99 
 
 		 285 aa  249  6e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0761  cytochrome c oxidase, subunit II  52.99 
 
 		 285 aa  249  6e-65  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1405  cytochrome-c oxidase  50.61 
 
 		 343 aa  247  2e-64  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0686645  normal  0.926821 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2234  cytochrome-c oxidase  47.24 
 
 		 292 aa  238  6.999999999999999e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00748725 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0730  cytochrome c oxidase, subunit II  48.21 
 
 		 295 aa  233  2.0000000000000002e-60  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.255439  normal  0.0979989 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0621  cytochrome c oxidase, subunit II  48.13 
 
 		 255 aa  234  2.0000000000000002e-60  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  decreased coverage  0.0000000345466  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4506  cytochrome c oxidase, subunit II  46.35 
 
 		 304 aa  233  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.578189 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0033  cytochrome c oxidase, subunit II  46.42 
 
 		 279 aa  230  3e-59  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.511366 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3459  cytochrome c oxidase, subunit II  44.36 
 
 		 279 aa  228  1e-58  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.927042  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2349  cytochrome c oxidase, subunit II  49.6 
 
 		 285 aa  228  1e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.159121  normal  0.911923 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0260  cytochrome c oxidase, subunit II  48.8 
 
 		 288 aa  228  1e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.150091  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0669  cytochrome c oxidase subunit II  45.78 
 
 		 279 aa  227  2e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12333  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3875  cytochrome c oxidase, subunit II  49.19 
 
 		 338 aa  227  2e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0276951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3263  cytochrome c oxidase, subunit II  44 
 
 		 279 aa  226  3e-58  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.571759  normal  0.256995 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3587  cytochrome c oxidase, subunit II  44 
 
 		 279 aa  226  3e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.677515  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4321  cytochrome-c oxidase  44.24 
 
 		 298 aa  223  4e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.018888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2336  cytochrome c oxidase, subunit II  41.32 
 
 		 304 aa  206  3e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.273176  normal  0.955931 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1140  cytochrome c oxidase subunit II  46.47 
 
 		 270 aa  204  2e-51  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0913  cytochrome-c oxidase  46.44 
 
 		 349 aa  201  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0214333  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0614  cytochrome-c oxidase  42.5 
 
 		 303 aa  200  3e-50  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.840942  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0300  cytochrome c oxidase, subunit II  40.16 
 
 		 254 aa  198  1.0000000000000001e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0474  cytochrome-c oxidase  45.9 
 
 		 303 aa  195  6e-49  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1826  cytochrome c oxidase polypeptide II precursor (cytochrome AA3 subunit 2)  44.06 
 
 		 303 aa  195  7e-49  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.308898  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0809  cytochrome-c oxidase  40.7 
 
 		 247 aa  195  1e-48  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0878  cytochrome c oxidase, subunit II  39.2 
 
 		 401 aa  187  1e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1002  cytochrome c oxidase, subunit II  40.89 
 
 		 257 aa  187  2e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0261  cytochrome c oxidase subunit II  38.02 
 
 		 422 aa  186  6e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.814908 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1645  cytochrome c oxidase, subunit II  36.22 
 
 		 385 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.856042  normal  0.904416 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2167  cytochrome c oxidase, subunit II  36.79 
 
 		 316 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.238577  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1245  cytochrome c oxidase, subunit II  38.49 
 
 		 400 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3181  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor  34.98 
 
 		 398 aa  183  3e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal  0.584186 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1680  cytochrome c oxidase, subunit II  35.32 
 
 		 402 aa  182  6e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.450721  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3155  cytochrome c oxidase, subunit II  38.89 
 
 		 320 aa  181  1e-44  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1940  cytochrome c oxidase, subunit II  35.29 
 
 		 385 aa  180  2e-44  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0684443  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3537  cytochrome c oxidase, subunit II  37.05 
 
 		 389 aa  180  2.9999999999999997e-44  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0700115  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0237  cytochrome c oxidase, subunit II  35.94 
 
 		 418 aa  179  4e-44  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0206186 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0218  cytochrome c oxidase, subunit II  35.94 
 
 		 418 aa  179  4.999999999999999e-44  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.633646 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2860  cytochrome c oxidase, subunit II  37.83 
 
 		 389 aa  179  7e-44  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699909  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0362  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor (cytochrome AA3 subunit 2) transmembrane protein  36.11 
 
 		 390 aa  177  2e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.934147 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1380  cytochrome c oxidase, subunit II  37.69 
 
 		 389 aa  177  2e-43  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.459391  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0154  cytochrome c oxidase, subunit II  34.78 
 
 		 518 aa  176  7e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1674  cytochrome c oxidase, subunit II  38.43 
 
 		 380 aa  175  7e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3907  cytochrome c oxidase, subunit II  36.7 
 
 		 390 aa  176  7e-43  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0314  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  35.94 
 
 		 421 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659537  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4112  cytochrome c oxidase, subunit II  34.78 
 
 		 518 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3791  cytochrome c oxidase, subunit II  35.57 
 
 		 513 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  35.97 
 
 		 513 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4311  cytochrome c oxidase, subunit II  34.52 
 
 		 518 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.997623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  34.52 
 
 		 518 aa  173  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0310  cytochrome c oxidase, subunit II  36.68 
 
 		 320 aa  172  6.999999999999999e-42  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0572725 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0062  cytochrome c oxidase, subunit II  38.7 
 
 		 374 aa  172  6.999999999999999e-42  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0885746  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1777  cytochrome c oxidase, subunit II  35.79 
 
 		 377 aa  172  9e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.302976  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01020  cytochrome c oxidase, subunit II  38.27 
 
 		 385 aa  172  1e-41  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.24737  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3864  cytochrome c oxidase, subunit II  34.78 
 
 		 513 aa  171  1e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0103  cytochrome c oxidase, subunit II  37.87 
 
 		 375 aa  170  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.193198 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0122  cytochrome c oxidase, subunit II  38.72 
 
 		 375 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4171  putative cytochrome c oxidase  34.59 
 
 		 538 aa  170  2e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.82291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0117  cytochrome c oxidase, subunit II  38.3 
 
 		 375 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102376 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3483  cytochrome c oxidase, subunit II  40.55 
 
 		 520 aa  171  2e-41  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.243767 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0125  cytochrome c oxidase, subunit II  39.53 
 
 		 521 aa  170  3e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0178  cytochrome c oxidase, subunit II  38.64 
 
 		 513 aa  170  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4606  cytochrome c oxidase, subunit II  34.66 
 
 		 513 aa  169  4e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0036  cytochrome c oxidase, subunit II  35.25 
 
 		 378 aa  170  4e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0119  cytochrome c oxidase, subunit II  38.3 
 
 		 375 aa  169  4e-41  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0879  cytochrome c oxidase, subunit II  35.22 
 
 		 373 aa  169  8e-41  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  38.86 
 
 		 524 aa  169  8e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04019  cytochrome c oxidase, subunit II  36.64 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0079  cytochrome c oxidase, subunit II  37.19 
 
 		 375 aa  168  1e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06272  cytochrome c oxidase, subunit II  35.68 
 
 		 405 aa  168  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0456  cytochrome c oxidase, subunit II  34.16 
 
 		 532 aa  168  1e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0198  cytochrome-c oxidase  40.85 
 
 		 524 aa  167  2e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3818  cytochrome c oxidase, subunit II  37.98 
 
 		 388 aa  167  2e-40  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198752 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0183  cytochrome c oxidase, subunit II  36.44 
 
 		 377 aa  167  2e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000324421  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0544  cytochrome c oxidase, subunit II  33.9 
 
 		 544 aa  167  2e-40  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0180  cytochrome c oxidase subunit II  36.17 
 
 		 366 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6176  cytochrome c oxidase, subunit II  34.16 
 
 		 531 aa  166  2.9999999999999998e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.678657 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4392  cytochrome c oxidase, subunit II  39.57 
 
 		 392 aa  166  4e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0258  cytochrome c oxidase, subunit II  41.01 
 
 		 528 aa  166  4e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3782  cytochrome c oxidase, subunit II  33.46 
 
 		 512 aa  166  5e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2858  cytochrome c oxidase, subunit II  33.81 
 
 		 532 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.760436 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2847  cytochrome c oxidase, subunit II  33.81 
 
 		 532 aa  166  5.9999999999999996e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01290  cytochrome c oxidase, subunit II  36.17 
 
 		 374 aa  166  6.9999999999999995e-40  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.46157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2233  cytochrome c oxidase, subunit II  33.81 
 
 		 532 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247804  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3517  cytochrome c oxidase, subunit II  40.38 
 
 		 511 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>