More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_2336 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_2336  cytochrome c oxidase, subunit II  100 
 
 		 304 aa  625  1e-178  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.273176  normal  0.955931 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0614  cytochrome-c oxidase  62.99 
 
 		 303 aa  334  1e-90  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.840942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1140  cytochrome c oxidase subunit II  59.12 
 
 		 270 aa  333  2e-90  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0474  cytochrome-c oxidase  59.39 
 
 		 303 aa  328  6e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1826  cytochrome c oxidase polypeptide II precursor (cytochrome AA3 subunit 2)  59.39 
 
 		 303 aa  328  7e-89  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.308898  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3155  cytochrome c oxidase, subunit II  53.99 
 
 		 320 aa  299  4e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4321  cytochrome-c oxidase  51.97 
 
 		 298 aa  298  8e-80  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.018888  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4648  cytochrome c oxidase subunit II  48.21 
 
 		 286 aa  229  4e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5298  normal  0.167898 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4506  cytochrome c oxidase, subunit II  44.74 
 
 		 304 aa  226  3e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.578189 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0814  cytochrome-c oxidase  46.88 
 
 		 284 aa  226  3e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.278116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2234  cytochrome-c oxidase  43.16 
 
 		 292 aa  226  4e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00748725 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1237  cytochrome c oxidase, subunit II  42.22 
 
 		 303 aa  226  5.0000000000000005e-58  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.109976 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0621  cytochrome c oxidase, subunit II  41.57 
 
 		 255 aa  225  6e-58  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  decreased coverage  0.0000000345466  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0033  cytochrome c oxidase, subunit II  39.68 
 
 		 279 aa  219  5e-56  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.511366 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0255  cytochrome-c oxidase  43.21 
 
 		 285 aa  218  7e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3463  cytochrome-c oxidase  43.21 
 
 		 285 aa  218  7e-56  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4588  cytochrome-c oxidase  47.27 
 
 		 284 aa  218  1e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3459  cytochrome c oxidase, subunit II  42.66 
 
 		 279 aa  217  2e-55  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.927042  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0260  cytochrome c oxidase, subunit II  43.49 
 
 		 288 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.150091  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0669  cytochrome c oxidase subunit II  44.71 
 
 		 279 aa  216  5e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12333  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3587  cytochrome c oxidase, subunit II  41.5 
 
 		 279 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.677515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3263  cytochrome c oxidase, subunit II  41.5 
 
 		 279 aa  215  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.571759  normal  0.256995 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0223  cytochrome c oxidase, subunit II  43.38 
 
 		 285 aa  215  7e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0761  cytochrome c oxidase, subunit II  43.38 
 
 		 285 aa  215  7e-55  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2349  cytochrome c oxidase, subunit II  43.87 
 
 		 285 aa  214  1.9999999999999998e-54  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.159121  normal  0.911923 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0828  cytochrome c oxidase, subunit II  45.35 
 
 		 279 aa  212  4.9999999999999996e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.289421  normal  0.503108 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0581  cytochrome c oxidase subunit II  42.81 
 
 		 294 aa  210  2e-53  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00300077  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0467  cytochrome c oxidase, subunit II  42.5 
 
 		 284 aa  207  2e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.870117  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0730  cytochrome c oxidase, subunit II  38.59 
 
 		 295 aa  206  5e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.255439  normal  0.0979989 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0518  cytochrome c oxidase subunit II  45.04 
 
 		 294 aa  204  1e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1405  cytochrome-c oxidase  43.64 
 
 		 343 aa  202  4e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0686645  normal  0.926821 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0642  cytochrome c oxidase, subunit II  42.27 
 
 		 294 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.439468 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1674  cytochrome c oxidase, subunit II  37.27 
 
 		 380 aa  199  3.9999999999999996e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0878  cytochrome c oxidase, subunit II  40.35 
 
 		 401 aa  198  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0314  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  39.62 
 
 		 421 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659537  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1645  cytochrome c oxidase, subunit II  38.69 
 
 		 385 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.856042  normal  0.904416 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1245  cytochrome c oxidase, subunit II  40.62 
 
 		 400 aa  198  1.0000000000000001e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3818  cytochrome c oxidase, subunit II  36.71 
 
 		 388 aa  197  1.0000000000000001e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198752 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0741  cytochrome c oxidase, subunit II  40.74 
 
 		 287 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0362  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor (cytochrome AA3 subunit 2) transmembrane protein  39.62 
 
 		 390 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.934147 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0899  cytochrome c oxidase, subunit II  47.6 
 
 		 285 aa  197  2.0000000000000003e-49  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20634  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0218  cytochrome c oxidase, subunit II  39.25 
 
 		 418 aa  197  3e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.633646 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0237  cytochrome c oxidase, subunit II  38.87 
 
 		 418 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0206186 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3537  cytochrome c oxidase, subunit II  35.52 
 
 		 389 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0700115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2860  cytochrome c oxidase, subunit II  35.64 
 
 		 389 aa  196  4.0000000000000005e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699909  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1380  cytochrome c oxidase, subunit II  39.62 
 
 		 389 aa  196  6e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.459391  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0300  cytochrome c oxidase, subunit II  35.51 
 
 		 254 aa  195  7e-49  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4787  cytochrome-c oxidase  44.75 
 
 		 284 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.792783  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1039  cytochrome c oxidase subunit II  41.32 
 
 		 312 aa  193  3e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.866528  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0261  cytochrome c oxidase subunit II  37.23 
 
 		 422 aa  193  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.814908 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3907  cytochrome c oxidase, subunit II  37.69 
 
 		 390 aa  192  4e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1680  cytochrome c oxidase, subunit II  38.95 
 
 		 402 aa  192  4e-48  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.450721  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3875  cytochrome c oxidase, subunit II  42.05 
 
 		 338 aa  191  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0276951  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2858  cytochrome c oxidase, subunit II  39.02 
 
 		 532 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.760436 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2847  cytochrome c oxidase, subunit II  39.02 
 
 		 532 aa  191  2e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0602  cytochrome c oxidase, subunit II  42.96 
 
 		 294 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6176  cytochrome c oxidase, subunit II  39.02 
 
 		 531 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.678657 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2233  cytochrome c oxidase, subunit II  39.16 
 
 		 532 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247804  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1940  cytochrome c oxidase, subunit II  38.91 
 
 		 385 aa  189  4e-47  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0684443  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0456  cytochrome c oxidase, subunit II  37.97 
 
 		 532 aa  189  4e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1422  cytochrome c oxidase, subunit II  36.88 
 
 		 517 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3181  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor  35.64 
 
 		 398 aa  186  3e-46  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal  0.584186 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3197  cytochrome c oxidase, subunit II  37.31 
 
 		 525 aa  186  3e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0489  cytochrome c oxidase, subunit II  37.31 
 
 		 525 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0672  cytochrome c oxidase, subunit II  37.31 
 
 		 525 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.275557  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0170  cytochrome c oxidase, subunit II  36.88 
 
 		 517 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.32275  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2849  cytochrome c oxidase, subunit II  36.88 
 
 		 517 aa  187  3e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0507  cytochrome c oxidase, subunit II  37.31 
 
 		 525 aa  186  3e-46  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4392  cytochrome c oxidase, subunit II  36.06 
 
 		 392 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0809  cytochrome-c oxidase  37.45 
 
 		 247 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0426  cytochrome c oxidase, subunit II  36.62 
 
 		 525 aa  183  3e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2764  cytochrome c oxidase, subunit II  37.97 
 
 		 535 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.802533  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0310  cytochrome c oxidase, subunit II  34.3 
 
 		 320 aa  183  4.0000000000000006e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0572725 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3483  cytochrome c oxidase, subunit II  37.55 
 
 		 520 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.243767 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2902  cytochrome c oxidase, subunit II  37.97 
 
 		 535 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0325  cytochrome c oxidase subunit II  36.79 
 
 		 382 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0125401 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1002  cytochrome c oxidase, subunit II  37.31 
 
 		 257 aa  181  1e-44  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0276  cytochrome c oxidase, subunit II  35.35 
 
 		 557 aa  180  2.9999999999999997e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0293  cytochrome c oxidase, subunit II  33.67 
 
 		 311 aa  179  4e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.142345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0125  cytochrome c oxidase, subunit II  36.76 
 
 		 521 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0178  cytochrome c oxidase, subunit II  35.79 
 
 		 513 aa  179  4.999999999999999e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0198  cytochrome-c oxidase  36.36 
 
 		 524 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0879  cytochrome c oxidase, subunit II  35.74 
 
 		 373 aa  177  2e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3782  cytochrome c oxidase, subunit II  35.18 
 
 		 512 aa  176  4e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4606  cytochrome c oxidase, subunit II  35.29 
 
 		 513 aa  176  5e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4171  putative cytochrome c oxidase  34.08 
 
 		 538 aa  176  5e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.82291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  35.18 
 
 		 513 aa  175  7e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0236  cytochrome c oxidase, subunit II  36.11 
 
 		 519 aa  175  9e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.717105  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  34.4 
 
 		 524 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0544  cytochrome c oxidase, subunit II  34.26 
 
 		 544 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214831  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4311  cytochrome c oxidase, subunit II  34.78 
 
 		 518 aa  174  9.999999999999999e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.997623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0154  cytochrome c oxidase, subunit II  34.25 
 
 		 518 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3791  cytochrome c oxidase, subunit II  34.39 
 
 		 513 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  34.39 
 
 		 518 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4112  cytochrome c oxidase, subunit II  34.25 
 
 		 518 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1777  cytochrome c oxidase, subunit II  36.21 
 
 		 377 aa  173  2.9999999999999996e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.302976  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0117  cytochrome c oxidase, subunit II  36.88 
 
 		 375 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0102376 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0183  cytochrome c oxidase, subunit II  36.51 
 
 		 377 aa  173  3.9999999999999995e-42  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000324421  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0122  cytochrome c oxidase, subunit II  36.5 
 
 		 375 aa  172  5e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3864  cytochrome c oxidase, subunit II  34.39 
 
 		 513 aa  172  5e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>