More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_3818 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008825  Mpe_A3181  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor  79.84 
 
 
398 aa  640    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal  0.584186 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3818  cytochrome c oxidase, subunit II  100 
 
 
388 aa  796    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198752 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1380  cytochrome c oxidase, subunit II  75.96 
 
 
389 aa  595  1e-169  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.459391  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4392  cytochrome c oxidase, subunit II  75.41 
 
 
392 aa  585  1e-166  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0878  cytochrome c oxidase, subunit II  73.64 
 
 
401 aa  574  1.0000000000000001e-163  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3537  cytochrome c oxidase, subunit II  72.95 
 
 
389 aa  571  1.0000000000000001e-162  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0700115  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2860  cytochrome c oxidase, subunit II  72.95 
 
 
389 aa  572  1.0000000000000001e-162  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699909  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1245  cytochrome c oxidase, subunit II  75.88 
 
 
400 aa  572  1.0000000000000001e-162  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.731852  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1680  cytochrome c oxidase, subunit II  70.62 
 
 
402 aa  570  1e-161  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.450721  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1674  cytochrome c oxidase, subunit II  70.9 
 
 
380 aa  563  1.0000000000000001e-159  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3907  cytochrome c oxidase, subunit II  73.5 
 
 
390 aa  558  1e-158  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0314  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  63.8 
 
 
421 aa  527  1e-148  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659537  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0261  cytochrome c oxidase subunit II  64.84 
 
 
422 aa  511  1e-144  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.814908 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0237  cytochrome c oxidase, subunit II  64.03 
 
 
418 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0206186 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0218  cytochrome c oxidase, subunit II  64.03 
 
 
418 aa  492  9.999999999999999e-139  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.633646 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0362  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor (cytochrome AA3 subunit 2) transmembrane protein  63.79 
 
 
390 aa  478  1e-134  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.934147 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1645  cytochrome c oxidase, subunit II  62.05 
 
 
385 aa  477  1e-133  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.856042  normal  0.904416 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1940  cytochrome c oxidase, subunit II  62.5 
 
 
385 aa  476  1e-133  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0684443  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4171  putative cytochrome c oxidase  62.23 
 
 
538 aa  472  1e-132  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.82291  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0544  cytochrome c oxidase, subunit II  61.97 
 
 
544 aa  469  1.0000000000000001e-131  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214831  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2858  cytochrome c oxidase, subunit II  61.07 
 
 
532 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.760436 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6176  cytochrome c oxidase, subunit II  61.07 
 
 
531 aa  462  1e-129  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.678657 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2233  cytochrome c oxidase, subunit II  61.07 
 
 
532 aa  463  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247804  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2847  cytochrome c oxidase, subunit II  61.07 
 
 
532 aa  464  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0456  cytochrome c oxidase, subunit II  60.8 
 
 
532 aa  462  1e-129  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0276  cytochrome c oxidase, subunit II  60.37 
 
 
557 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0426  cytochrome c oxidase, subunit II  60 
 
 
525 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2902  cytochrome c oxidase, subunit II  60 
 
 
535 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2764  cytochrome c oxidase, subunit II  60 
 
 
535 aa  451  1e-125  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.802533  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0170  cytochrome c oxidase, subunit II  60.11 
 
 
517 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.32275  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3197  cytochrome c oxidase, subunit II  60.11 
 
 
525 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0672  cytochrome c oxidase, subunit II  60.11 
 
 
525 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.275557  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2849  cytochrome c oxidase, subunit II  60.11 
 
 
517 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0489  cytochrome c oxidase, subunit II  60.11 
 
 
525 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1422  cytochrome c oxidase, subunit II  60.11 
 
 
517 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0507  cytochrome c oxidase, subunit II  60.11 
 
 
525 aa  446  1.0000000000000001e-124  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0183  cytochrome c oxidase, subunit II  55.27 
 
 
377 aa  396  1e-109  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000324421  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1777  cytochrome c oxidase, subunit II  54.99 
 
 
377 aa  397  1e-109  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.302976  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0325  cytochrome c oxidase subunit II  54.29 
 
 
382 aa  359  4e-98  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0125401 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0879  cytochrome c oxidase, subunit II  47.44 
 
 
373 aa  336  3.9999999999999995e-91  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0258  cytochrome c oxidase, subunit II  47.65 
 
 
528 aa  332  9e-90  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0178  cytochrome c oxidase, subunit II  47.46 
 
 
513 aa  331  2e-89  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0062  cytochrome c oxidase, subunit II  46.97 
 
 
374 aa  331  2e-89  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.0885746  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2962  cytochrome c oxidase, subunit II  45.1 
 
 
401 aa  328  8e-89  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2811  cytochrome c oxidase, subunit II  45.1 
 
 
401 aa  328  8e-89  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0198  cytochrome-c oxidase  45.16 
 
 
524 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0236  cytochrome c oxidase, subunit II  46.65 
 
 
519 aa  326  4.0000000000000003e-88  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.717105  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4246  cytochrome c oxidase, subunit II  44.42 
 
 
384 aa  323  2e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2717  cytochrome c oxidase, subunit II  46.02 
 
 
523 aa  322  5e-87  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.977219  normal  0.293993 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  46.31 
 
 
524 aa  323  5e-87  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06272  cytochrome c oxidase, subunit II  45.48 
 
 
405 aa  322  6e-87  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0125  cytochrome c oxidase, subunit II  47.22 
 
 
521 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3517  cytochrome c oxidase, subunit II  46.33 
 
 
511 aa  318  7e-86  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3483  cytochrome c oxidase, subunit II  45.83 
 
 
520 aa  317  2e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.243767 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0180  cytochrome c oxidase subunit II  44.89 
 
 
366 aa  317  3e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01290  cytochrome c oxidase, subunit II  44.6 
 
 
374 aa  314  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.46157  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0119  cytochrome c oxidase, subunit II  44.67 
 
 
375 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3864  cytochrome c oxidase, subunit II  45.79 
 
 
513 aa  313  4.999999999999999e-84  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3782  cytochrome c oxidase, subunit II  45.45 
 
 
512 aa  311  1e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4606  cytochrome c oxidase, subunit II  45.83 
 
 
513 aa  310  2e-83  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04013  Cytochrome c oxidase, subunit II  44.1 
 
 
387 aa  310  2e-83  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.94805  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3791  cytochrome c oxidase, subunit II  45.22 
 
 
513 aa  310  2e-83  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0103  cytochrome c oxidase, subunit II  44.09 
 
 
375 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.193198 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  45.22 
 
 
513 aa  310  2.9999999999999997e-83  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0117  cytochrome c oxidase, subunit II  44.09 
 
 
375 aa  310  2.9999999999999997e-83  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0102376 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0122  cytochrome c oxidase, subunit II  43.47 
 
 
375 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.946881 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4311  cytochrome c oxidase, subunit II  46.31 
 
 
518 aa  308  8e-83  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.997623  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0154  cytochrome c oxidase, subunit II  45.74 
 
 
518 aa  306  3e-82  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001445  cytochrome c oxidase polypeptide II  46 
 
 
356 aa  306  4.0000000000000004e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.633895  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4112  cytochrome c oxidase, subunit II  45.74 
 
 
518 aa  306  6e-82  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0079  cytochrome c oxidase, subunit II  42.97 
 
 
375 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  45.45 
 
 
518 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0142  cytochrome c oxidase, subunit II  41.56 
 
 
374 aa  301  9e-81  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0036  cytochrome c oxidase, subunit II  41.91 
 
 
378 aa  296  5e-79  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1038  cytochrome c oxidase, subunit II  41.69 
 
 
388 aa  290  2e-77  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01020  cytochrome c oxidase, subunit II  43.23 
 
 
385 aa  290  4e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.24737  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1471  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  40.33 
 
 
401 aa  281  2e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2406  cytochrome c oxidase, subunit II  42.98 
 
 
377 aa  280  4e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0293  cytochrome c oxidase, subunit II  49.37 
 
 
311 aa  262  6.999999999999999e-69  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.142345  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3011  Cytochrome-c oxidase  39.61 
 
 
380 aa  250  3e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.913445  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_3047  cytochrome c oxidase, subunit II  43.4 
 
 
281 aa  215  9.999999999999999e-55  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.000000013174  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0310  cytochrome c oxidase, subunit II  42.8 
 
 
320 aa  211  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.0572725 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04019  cytochrome c oxidase, subunit II  41.95 
 
 
308 aa  211  2e-53  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2336  cytochrome c oxidase, subunit II  36.71 
 
 
304 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.273176  normal  0.955931 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3155  cytochrome c oxidase, subunit II  38.49 
 
 
320 aa  191  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4506  cytochrome c oxidase, subunit II  38.49 
 
 
304 aa  188  2e-46  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.578189 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0255  cytochrome-c oxidase  39.48 
 
 
285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3463  cytochrome-c oxidase  39.48 
 
 
285 aa  184  2.0000000000000003e-45  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1140  cytochrome c oxidase subunit II  39 
 
 
270 aa  181  2e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0730  cytochrome c oxidase, subunit II  35.61 
 
 
295 aa  179  8e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.255439  normal  0.0979989 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0474  cytochrome-c oxidase  39.11 
 
 
303 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1237  cytochrome c oxidase, subunit II  37.5 
 
 
303 aa  178  2e-43  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.109976 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1826  cytochrome c oxidase polypeptide II precursor (cytochrome AA3 subunit 2)  38.75 
 
 
303 aa  177  3e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.308898  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0621  cytochrome c oxidase, subunit II  37.55 
 
 
255 aa  177  3e-43  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  decreased coverage  0.0000000345466  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0669  cytochrome c oxidase subunit II  35.86 
 
 
279 aa  175  9.999999999999999e-43  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12333  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0814  cytochrome-c oxidase  37.07 
 
 
284 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.278116  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4588  cytochrome-c oxidase  36.82 
 
 
284 aa  174  1.9999999999999998e-42  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4321  cytochrome-c oxidase  38.41 
 
 
298 aa  174  2.9999999999999996e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.018888  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3263  cytochrome c oxidase, subunit II  33.92 
 
 
279 aa  173  5e-42  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.571759  normal  0.256995 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3587  cytochrome c oxidase, subunit II  33.92 
 
 
279 aa  173  5e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.677515  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>