More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4321 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4321  cytochrome-c oxidase  100 
 
 		 298 aa  610  9.999999999999999e-175  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.018888  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2336  cytochrome c oxidase, subunit II  51.97 
 
 		 304 aa  314  9.999999999999999e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.273176  normal  0.955931 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3155  cytochrome c oxidase, subunit II  57.36 
 
 		 320 aa  313  2.9999999999999996e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1826  cytochrome c oxidase polypeptide II precursor (cytochrome AA3 subunit 2)  54.91 
 
 		 303 aa  308  6.999999999999999e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.308898  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0614  cytochrome-c oxidase  57.81 
 
 		 303 aa  308  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.840942  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0474  cytochrome-c oxidase  54.91 
 
 		 303 aa  307  1.0000000000000001e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1140  cytochrome c oxidase subunit II  56.64 
 
 		 270 aa  298  5e-80  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0518  cytochrome c oxidase subunit II  51.87 
 
 		 294 aa  246  3e-64  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4506  cytochrome c oxidase, subunit II  47.17 
 
 		 304 aa  245  6e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.578189 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0814  cytochrome-c oxidase  50 
 
 		 284 aa  244  1.9999999999999999e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.278116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2234  cytochrome-c oxidase  46.21 
 
 		 292 aa  243  1.9999999999999999e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00748725 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3587  cytochrome c oxidase, subunit II  48.99 
 
 		 279 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.677515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3263  cytochrome c oxidase, subunit II  48.99 
 
 		 279 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.571759  normal  0.256995 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3459  cytochrome c oxidase, subunit II  44.56 
 
 		 279 aa  233  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.927042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0581  cytochrome c oxidase subunit II  50.21 
 
 		 294 aa  230  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.00300077  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1405  cytochrome-c oxidase  47.48 
 
 		 343 aa  229  4e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0686645  normal  0.926821 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4588  cytochrome-c oxidase  50 
 
 		 284 aa  229  6e-59  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.780842  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0260  cytochrome c oxidase, subunit II  48.28 
 
 		 288 aa  228  8e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.150091  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0033  cytochrome c oxidase, subunit II  47.15 
 
 		 279 aa  225  7e-58  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.979273  normal  0.511366 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2349  cytochrome c oxidase, subunit II  49.38 
 
 		 285 aa  222  4.9999999999999996e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.159121  normal  0.911923 
 
 
-
 
NC_004310  BR0467  cytochrome c oxidase, subunit II  47.68 
 
 		 284 aa  222  6e-57  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.870117  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0899  cytochrome c oxidase, subunit II  44.72 
 
 		 285 aa  221  9e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.20634  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0255  cytochrome-c oxidase  44.07 
 
 		 285 aa  221  9e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3463  cytochrome-c oxidase  44.07 
 
 		 285 aa  221  9e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1039  cytochrome c oxidase subunit II  44.24 
 
 		 312 aa  221  9.999999999999999e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.866528  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0741  cytochrome c oxidase, subunit II  43.7 
 
 		 287 aa  219  3e-56  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0621  cytochrome c oxidase, subunit II  42.97 
 
 		 255 aa  219  3.9999999999999997e-56  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  decreased coverage  0.0000000345466  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0828  cytochrome c oxidase, subunit II  47.84 
 
 		 279 aa  219  3.9999999999999997e-56  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.289421  normal  0.503108 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1237  cytochrome c oxidase, subunit II  43.68 
 
 		 303 aa  219  5e-56  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.109976 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0223  cytochrome c oxidase, subunit II  44.35 
 
 		 285 aa  219  5e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0761  cytochrome c oxidase, subunit II  44.35 
 
 		 285 aa  219  5e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0642  cytochrome c oxidase, subunit II  41.18 
 
 		 294 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.439468 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3875  cytochrome c oxidase, subunit II  47.23 
 
 		 338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0276951  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0669  cytochrome c oxidase subunit II  43.95 
 
 		 279 aa  213  2.9999999999999995e-54  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.12333  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3181  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor  39.79 
 
 		 398 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.8149  normal  0.584186 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4648  cytochrome c oxidase subunit II  48.9 
 
 		 286 aa  213  3.9999999999999995e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.5298  normal  0.167898 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4787  cytochrome-c oxidase  49.79 
 
 		 284 aa  212  4.9999999999999996e-54  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.792783  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0730  cytochrome c oxidase, subunit II  45.56 
 
 		 295 aa  211  1e-53  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.255439  normal  0.0979989 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0602  cytochrome c oxidase, subunit II  43.55 
 
 		 294 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1645  cytochrome c oxidase, subunit II  38.4 
 
 		 385 aa  199  3.9999999999999996e-50  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.856042  normal  0.904416 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0218  cytochrome c oxidase, subunit II  38.82 
 
 		 418 aa  196  6e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.468069  normal  0.633646 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0913  cytochrome-c oxidase  43.75 
 
 		 349 aa  195  8.000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0214333  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0237  cytochrome c oxidase, subunit II  38.43 
 
 		 418 aa  195  8.000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0206186 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1940  cytochrome c oxidase, subunit II  38 
 
 		 385 aa  194  1e-48  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0684443  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3818  cytochrome c oxidase, subunit II  38.41 
 
 		 388 aa  194  1e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.198752 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0362  putative cytochrome C oxidase polypeptide II precursor (cytochrome AA3 subunit 2) transmembrane protein  38.8 
 
 		 390 aa  194  2e-48  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.934147 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0314  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  38.52 
 
 		 421 aa  193  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.659537  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1777  cytochrome c oxidase, subunit II  42.5 
 
 		 377 aa  192  4e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.302976  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0300  cytochrome c oxidase, subunit II  43.4 
 
 		 254 aa  192  6e-48  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1380  cytochrome c oxidase, subunit II  38.35 
 
 		 389 aa  192  6e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.459391  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1674  cytochrome c oxidase, subunit II  38.76 
 
 		 380 aa  192  6e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0183  cytochrome c oxidase, subunit II  42.24 
 
 		 377 aa  191  1e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  decreased coverage  0.000324421  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1245  cytochrome c oxidase, subunit II  38.58 
 
 		 400 aa  191  1e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.731852  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0261  cytochrome c oxidase subunit II  37.5 
 
 		 422 aa  186  6e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.814908 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2860  cytochrome c oxidase, subunit II  37.55 
 
 		 389 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.699909  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2962  cytochrome c oxidase, subunit II  35.95 
 
 		 401 aa  185  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2811  cytochrome c oxidase, subunit II  35.95 
 
 		 401 aa  185  1.0000000000000001e-45  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3537  cytochrome c oxidase, subunit II  37.55 
 
 		 389 aa  184  2.0000000000000003e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0700115  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0878  cytochrome c oxidase, subunit II  36.5 
 
 		 401 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1680  cytochrome c oxidase, subunit II  35.35 
 
 		 402 aa  183  3e-45  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.450721  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4392  cytochrome c oxidase, subunit II  38.46 
 
 		 392 aa  183  3e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2406  cytochrome c oxidase, subunit II  41.45 
 
 		 377 aa  183  3e-45  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3907  cytochrome c oxidase, subunit II  39.44 
 
 		 390 aa  183  4.0000000000000006e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0325  cytochrome c oxidase subunit II  40.34 
 
 		 382 aa  181  1e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0125401 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2847  cytochrome c oxidase, subunit II  35.19 
 
 		 532 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2858  cytochrome c oxidase, subunit II  35.19 
 
 		 532 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.760436 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2233  cytochrome c oxidase, subunit II  35.19 
 
 		 532 aa  179  4e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.247804  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0276  cytochrome c oxidase, subunit II  35.54 
 
 		 557 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6176  cytochrome c oxidase, subunit II  35.19 
 
 		 531 aa  179  7e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.678657 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4171  putative cytochrome c oxidase  34.15 
 
 		 538 aa  179  7e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.82291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0178  cytochrome c oxidase, subunit II  39.81 
 
 		 513 aa  176  3e-43  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0456  cytochrome c oxidase, subunit II  34.49 
 
 		 532 aa  176  5e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1471  cytochrome c oxidase, subunit II:cytochrome c, class I:cytochrome C oxidase subunit II, transmembrane region  36.48 
 
 		 401 aa  176  6e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06272  cytochrome c oxidase, subunit II  38.36 
 
 		 405 aa  176  6e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  40.85 
 
 		 524 aa  176  6e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0310  cytochrome c oxidase, subunit II  40.18 
 
 		 320 aa  175  7e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0572725 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0198  cytochrome-c oxidase  40.09 
 
 		 524 aa  175  8e-43  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0879  cytochrome c oxidase, subunit II  36.13 
 
 		 373 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2167  cytochrome c oxidase, subunit II  39.06 
 
 		 316 aa  174  1.9999999999999998e-42  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.238577  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0809  cytochrome-c oxidase  37.45 
 
 		 247 aa  174  1.9999999999999998e-42  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0426  cytochrome c oxidase, subunit II  34.49 
 
 		 525 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0544  cytochrome c oxidase, subunit II  33.8 
 
 		 544 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.214831  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0170  cytochrome c oxidase, subunit II  35.8 
 
 		 517 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.32275  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3197  cytochrome c oxidase, subunit II  35.8 
 
 		 525 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0672  cytochrome c oxidase, subunit II  35.8 
 
 		 525 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.275557  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1422  cytochrome c oxidase, subunit II  35.8 
 
 		 517 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0489  cytochrome c oxidase, subunit II  35.8 
 
 		 525 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1002  cytochrome c oxidase, subunit II  36.36 
 
 		 257 aa  173  2.9999999999999996e-42  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0507  cytochrome c oxidase, subunit II  35.8 
 
 		 525 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2849  cytochrome c oxidase, subunit II  35.8 
 
 		 517 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4311  cytochrome c oxidase, subunit II  35.84 
 
 		 518 aa  172  5.999999999999999e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.997623  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0236  cytochrome c oxidase, subunit II  37.21 
 
 		 519 aa  172  7.999999999999999e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.717105  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0079  cytochrome c oxidase, subunit II  37.34 
 
 		 375 aa  172  7.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0154  cytochrome c oxidase, subunit II  35.4 
 
 		 518 aa  172  9e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2717  cytochrome c oxidase, subunit II  34.87 
 
 		 523 aa  171  1e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.977219  normal  0.293993 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  35.4 
 
 		 518 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4112  cytochrome c oxidase, subunit II  35.4 
 
 		 518 aa  171  2e-41  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2764  cytochrome c oxidase, subunit II  34.49 
 
 		 535 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.802533  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2902  cytochrome c oxidase, subunit II  34.49 
 
 		 535 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0293  cytochrome c oxidase, subunit II  37.45 
 
 		 311 aa  169  4e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.142345  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>