More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_2563 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3382  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  93.25 
 
 		 417 aa  791    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2563  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  100 
 
 		 415 aa  857    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151427 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0084  cytochrome c, class I  76.39 
 
 		 433 aa  669    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2566  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  87.23 
 
 		 415 aa  761    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.79853  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2377  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  93.73 
 
 		 417 aa  795    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.105053  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2974  putative cytochrome c precursor  74.4 
 
 		 439 aa  651    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34008  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35270  putative cytochrome c precursor  74.88 
 
 		 439 aa  646    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.534785 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00910  gluconate dehydrogenase cytochrome c subunit  69.59 
 
 		 439 aa  597  1e-170  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.367446  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2138  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  67.62 
 
 		 439 aa  592  1e-168  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.622417  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4380  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  71.28 
 
 		 469 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3647  cytochrome c, class I  68.02 
 
 		 477 aa  571  1.0000000000000001e-162  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.946427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3292  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  68.21 
 
 		 475 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.618986 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4225  cytochrome c, class I  68.21 
 
 		 475 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.138651  normal  0.183785 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4638  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  65.53 
 
 		 451 aa  568  1e-161  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.683371 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4141  cytochrome c, class I  68.21 
 
 		 475 aa  568  1e-161  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.5261  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1792  cytochrome c, class I  68.21 
 
 		 470 aa  565  1e-160  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4121  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  67.18 
 
 		 477 aa  559  1e-158  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1163  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  60.7 
 
 		 448 aa  492  9.999999999999999e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2502  cytochrome c, class I  57.18 
 
 		 450 aa  474  1e-132  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0263  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  55.45 
 
 		 470 aa  457  1e-127  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.473095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2014  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  53.12 
 
 		 426 aa  442  1e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.684291  normal  0.0791101 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0226  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  52.44 
 
 		 467 aa  437  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0689  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  52.58 
 
 		 447 aa  429  1e-119  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4408  cytochrome c, class I  53.16 
 
 		 434 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3959  cytochrome c, class I  53.16 
 
 		 434 aa  419  1e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1497  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  53.98 
 
 		 448 aa  421  1e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0777111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5949  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  53.16 
 
 		 434 aa  421  1e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.275687  normal  0.160447 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1601  cytochrome c, class I  52.91 
 
 		 432 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.023048  normal  0.40449 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5193  cytochrome c, class I  52.91 
 
 		 432 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00931011 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2504  putative cytochrome c  53.35 
 
 		 434 aa  418  9.999999999999999e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4216  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  53.2 
 
 		 434 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.659443  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5084  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  52.91 
 
 		 432 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3175  cytochrome c, class I  52.91 
 
 		 432 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3829  cytochrome c, class I  53.16 
 
 		 439 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0398501  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4297  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  52.41 
 
 		 441 aa  412  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2835  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  52.99 
 
 		 448 aa  410  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0245579  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4961  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  50.36 
 
 		 426 aa  404  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.360414  normal  0.0488597 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1440  putative cytochrome c, class I  50.25 
 
 		 466 aa  400  9.999999999999999e-111  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2492  cytochrome c, class I  50.47 
 
 		 698 aa  400  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00140351  normal  0.928162 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6211  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  50.62 
 
 		 448 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.783844  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3250  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  50.13 
 
 		 422 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27905  normal  0.409121 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2110  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  51.49 
 
 		 447 aa  397  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.701093  normal  0.375253 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3623  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  51.49 
 
 		 447 aa  396  1e-109  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2471  cytochrome c, class I  51.52 
 
 		 450 aa  397  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1689  cytochrome c, class I  50.64 
 
 		 430 aa  397  1e-109  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0300798  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2294  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  51.26 
 
 		 453 aa  394  1e-108  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6799  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.01 
 
 		 454 aa  390  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131117  normal  0.655046 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4096  putative cytochrome c  49.26 
 
 		 447 aa  386  1e-106  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1599  cytochrome c, class I  48.99 
 
 		 438 aa  384  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050865  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1453  cytochrome c, class I  48.08 
 
 		 432 aa  381  1e-104  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  48.76 
 
 		 675 aa  379  1e-104  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  48.64 
 
 		 675 aa  370  1e-101  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0083  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit  46.81 
 
 		 473 aa  363  4e-99  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0300779 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3640  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.84 
 
 		 395 aa  362  5.0000000000000005e-99  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4796  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47 
 
 		 440 aa  362  5.0000000000000005e-99  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.160851 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.51 
 
 		 689 aa  362  8e-99  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5989  Cytochrome c  46.27 
 
 		 773 aa  361  1e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2155  cytochrome c, class I  46.73 
 
 		 728 aa  360  2e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1415  cytochrome c, class I  47.45 
 
 		 708 aa  360  3e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.526567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0456  cytochrome c, class I  47.25 
 
 		 463 aa  359  4e-98  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  46.94 
 
 		 669 aa  358  7e-98  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2335  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.34 
 
 		 426 aa  357  1.9999999999999998e-97  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000130755  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2187  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit precursor, cytochrome c553  45.79 
 
 		 476 aa  354  1e-96  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0196419 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2072  cytochrome c, class I  47.87 
 
 		 712 aa  354  2e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.901126 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3370  cytochrome c, class I  48.31 
 
 		 691 aa  350  2e-95  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.384758  normal  0.0138407 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5487  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.58 
 
 		 451 aa  348  1e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1071  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.94 
 
 		 699 aa  347  3e-94  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.08 
 
 		 726 aa  346  5e-94  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345014  normal  0.965839 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2348  cytochrome c family protein  46.57 
 
 		 694 aa  346  5e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.903737  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0171  putative cytochrome c, class I  45.11 
 
 		 469 aa  345  7e-94  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0652  cytochrome c family protein  45.97 
 
 		 509 aa  345  8.999999999999999e-94  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.422125  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2484  cytochrome c family protein  46.82 
 
 		 721 aa  343  2.9999999999999997e-93  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0635463  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0804  cytochrome c family protein  47.07 
 
 		 721 aa  343  5e-93  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2030  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.17 
 
 		 433 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305388 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1435  glucose dehydrogenase, beta subunit  46.78 
 
 		 452 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1350  glucose dehydrogenase, beta subunit  46.53 
 
 		 452 aa  337  2.9999999999999997e-91  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0106089  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3977  cytochrome c, class I  44.21 
 
 		 425 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.386742  normal  0.0120271 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4441  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.47 
 
 		 425 aa  336  3.9999999999999995e-91  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0720  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.42 
 
 		 427 aa  336  5e-91  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.690125 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1414  cytochrome c family protein  46.53 
 
 		 492 aa  336  5e-91  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.186397  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2590  cytochrome c family protein  46.29 
 
 		 497 aa  335  1e-90  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5752  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.47 
 
 		 425 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.95358  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4552  cytochrome c, class I  44.47 
 
 		 425 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.859169 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3816  cytochrome c, class I  44.47 
 
 		 425 aa  333  3e-90  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.82 
 
 		 427 aa  333  4e-90  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.310202  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1244  cytochrome c family protein  46.53 
 
 		 452 aa  332  5e-90  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.148627  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1084  cytochrome c family protein  46.53 
 
 		 452 aa  332  5e-90  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.508293  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0215  cytochrome c family protein  46.53 
 
 		 452 aa  332  5e-90  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0488  cytochrome c family protein  46.53 
 
 		 452 aa  332  5e-90  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.155198  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4095  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.86 
 
 		 425 aa  332  9e-90  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.290618  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6548  cytochrome c, class I  44.52 
 
 		 425 aa  330  4e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1294  cytochrome c, class I  44.76 
 
 		 425 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.618448  normal  0.723346 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5692  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.31 
 
 		 428 aa  328  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0139384 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3309  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.87 
 
 		 432 aa  326  5e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4612  cytochrome c, class I  44.08 
 
 		 428 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0237858 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0650  putative periplasmic cytochrome c  43.38 
 
 		 432 aa  323  3e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.524273  normal  0.460926 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3756  cytochrome c, class I  44.08 
 
 		 428 aa  323  3e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0628  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.41 
 
 		 432 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5997  cytochrome c, class I  43.41 
 
 		 432 aa  320  3e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.221404 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0428  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.63 
 
 		 432 aa  319  5e-86  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.20531  normal  0.416218 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>