More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_4324 on replicon NC_007974
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007974  Rmet_4324  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  100 
 
 		 202 aa  408  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.753936  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2127  cytochrome c class I  58.25 
 
 		 202 aa  208  4e-53  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.169346  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02321  hypothetical protein  59.07 
 
 		 203 aa  207  7e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0244328  normal  0.13211 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4125  cytochrome c, class I  50.26 
 
 		 202 aa  175  4e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1265  cytochrome c, class I  48.37 
 
 		 205 aa  159  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.891091 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4625  cytochrome c class I  47.49 
 
 		 197 aa  146  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.887243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1620  outer membrane nitrite reductase, putative  38.78 
 
 		 189 aa  132  3e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.704464  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1432  cytochrome c, class I  36 
 
 		 217 aa  117  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.632156  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1369  cytochrome c class I  50.49 
 
 		 161 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3926  cytochrome c family protein  40.36 
 
 		 222 aa  108  4.0000000000000004e-23  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.426515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0881  mulitcopper oxidase domain-containing protein  51.46 
 
 		 516 aa  108  8.000000000000001e-23  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208672  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2418  nitrite reductase, copper-containing  48.04 
 
 		 479 aa  108  8.000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0520  putative anaerobically induced outer membrane protein  51.96 
 
 		 520 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2012  nitrite reductase, copper-containing  51.96 
 
 		 516 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.220926  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2107  nitrite reductase, copper-containing  51.96 
 
 		 520 aa  107  1e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0755  putative outer membrane nitrite reductase  50.98 
 
 		 520 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0721126  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0593  putative outer membrane nitrite reductase  50.98 
 
 		 520 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1658  putative outer membrane nitrite reductase  50.98 
 
 		 520 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.179147  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0703  putative outer membrane nitrite reductase  50.98 
 
 		 520 aa  106  3e-22  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2442  NHL repeat containing protein  40 
 
 		 577 aa  105  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0106112  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03038  major anaerobically induced outer membrane transmembrane protein  46.79 
 
 		 510 aa  102  5e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.490138  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4896  cytochrome c class I  42.45 
 
 		 142 aa  101  8e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3966  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  39.85 
 
 		 601 aa  101  8e-21  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1563  cytochrome c class I  49.52 
 
 		 147 aa  99.4  3e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4015  nitrite reductase, copper-containing  45.87 
 
 		 499 aa  99.4  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4128  nitrite reductase, copper-containing  45.87 
 
 		 499 aa  99.4  4e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2783  cytochrome c class I  41.09 
 
 		 151 aa  97.8  8e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.796513  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1925  cytochrome c class I  45.61 
 
 		 146 aa  97.4  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.379147  hitchhiker  0.000000158454 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0810  cytochrome c, class I  48.94 
 
 		 158 aa  97.4  1e-19  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1519  nitrite reductase, copper-containing  42.59 
 
 		 481 aa  96.3  3e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1262  membrane-bound dehydrogenase domain protein  48 
 
 		 1068 aa  92  6e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.261876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2449  membrane-bound dehydrogenase domain protein  37.82 
 
 		 762 aa  90.9  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.896022 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0450  cytochrome c class I  39.42 
 
 		 149 aa  87.8  9e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2872  cytochrome c class I  42.86 
 
 		 159 aa  87.8  1e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3648  cytochrome c class I  40.2 
 
 		 147 aa  87.4  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00073069  normal  0.303937 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3348  cytochrome c class I  43.88 
 
 		 587 aa  87  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123322  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0473  cytochrome c class I  39.42 
 
 		 268 aa  85.1  7e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4984  membrane-bound dehydrogenase domain protein  45.19 
 
 		 1055 aa  84  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.380222 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2502  cytochrome c, class I  44.34 
 
 		 450 aa  83.2  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4716  membrane-bound dehydrogenase domain protein  36.13 
 
 		 759 aa  83.2  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0863725  normal  0.0139154 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00910  gluconate dehydrogenase cytochrome c subunit  43.81 
 
 		 439 aa  82.4  0.000000000000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.367446  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3778  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  38.6 
 
 		 331 aa  82.4  0.000000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000025315  hitchhiker  0.00577808 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0403  membrane-bound dehydrogenase domain protein  36.22 
 
 		 773 aa  82  0.000000000000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.572265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3985  membrane-bound dehydrogenase domain protein  37.5 
 
 		 852 aa  81.6  0.000000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.188405  normal  0.0691409 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1926  cytochrome c class I  38.79 
 
 		 150 aa  81.6  0.000000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000015189 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1380  cytochrome c class I  38 
 
 		 133 aa  79.3  0.00000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.705063  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2138  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.28 
 
 		 439 aa  79.7  0.00000000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.622417  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1163  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.75 
 
 		 448 aa  79  0.00000000000004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2030  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.78 
 
 		 433 aa  78.6  0.00000000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305388 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0178  cytochrome c oxidase, subunit II  47.78 
 
 		 513 aa  78.2  0.00000000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1787  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  41.75 
 
 		 335 aa  77.8  0.00000000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.431509  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0226  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.51 
 
 		 467 aa  77.8  0.00000000000009  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0456  cytochrome c, class I  40.78 
 
 		 463 aa  77.8  0.00000000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2870  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  40.57 
 
 		 334 aa  77.4  0.0000000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0870199  normal  0.841788 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4638  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.06 
 
 		 451 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.683371 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4201  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.81 
 
 		 444 aa  77.4  0.0000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0553584  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3999  cytochrome c oxidase subunit II  40.65 
 
 		 524 aa  77  0.0000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1565  cytochrome c class I  42.11 
 
 		 152 aa  77  0.0000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.636901  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4245  cytochrome c, class I  38.83 
 
 		 391 aa  77  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0125  cytochrome c oxidase, subunit II  47.73 
 
 		 521 aa  76.3  0.0000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1400  cytochrome c, class I  40.38 
 
 		 421 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1300  cytochrome c class I  34 
 
 		 139 aa  76.3  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.793758 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2566  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.72 
 
 		 415 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.79853  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0561  cytochrome c class I  42.15 
 
 		 157 aa  75.9  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_4246  cytochrome c oxidase, subunit II  33.95 
 
 		 384 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0258  cytochrome c oxidase, subunit II  47.78 
 
 		 528 aa  75.9  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06272  cytochrome c oxidase, subunit II  40.38 
 
 		 405 aa  75.5  0.0000000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4366  cytochrome c, class I  41.13 
 
 		 156 aa  75.1  0.0000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.726354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35270  putative cytochrome c precursor  39.62 
 
 		 439 aa  75.5  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.534785 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4121  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.74 
 
 		 477 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3647  cytochrome c, class I  38.74 
 
 		 477 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.946427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1719  cytochrome c, class I  41.75 
 
 		 437 aa  75.1  0.0000000000007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3607  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.78 
 
 		 450 aa  74.7  0.0000000000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0171  putative cytochrome c, class I  37.86 
 
 		 469 aa  74.7  0.0000000000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4180  cytochrome c oxidase, subunit II  42.73 
 
 		 518 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0628  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40 
 
 		 432 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5997  cytochrome c, class I  40 
 
 		 432 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.221404 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2962  cytochrome c oxidase, subunit II  37.19 
 
 		 401 aa  73.9  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2811  cytochrome c oxidase, subunit II  37.19 
 
 		 401 aa  73.9  0.000000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001445  cytochrome c oxidase polypeptide II  40.91 
 
 		 356 aa  73.9  0.000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.633895  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3292  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.83 
 
 		 475 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.618986 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3483  cytochrome c oxidase, subunit II  43.96 
 
 		 520 aa  73.2  0.000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.243767 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4380  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  37.86 
 
 		 469 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2377  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  36.43 
 
 		 417 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.105053  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4141  cytochrome c, class I  38.83 
 
 		 475 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.5261  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4225  cytochrome c, class I  38.83 
 
 		 475 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.138651  normal  0.183785 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3382  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  40.78 
 
 		 417 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3309  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.04 
 
 		 432 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3782  cytochrome c oxidase, subunit II  44.94 
 
 		 512 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4112  cytochrome c oxidase, subunit II  41.82 
 
 		 518 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3991  cytochrome c oxidase, subunit II  43.27 
 
 		 513 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0650  putative periplasmic cytochrome c  34.04 
 
 		 432 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.524273  normal  0.460926 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2565  cytochrome c, class I  42.31 
 
 		 424 aa  73.2  0.000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.938803  hitchhiker  0.00615552 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3864  cytochrome c oxidase, subunit II  43.27 
 
 		 513 aa  72.8  0.000000000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0154  cytochrome c oxidase, subunit II  41.82 
 
 		 518 aa  72.8  0.000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  44.79 
 
 		 675 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2669  cytochrome c, class I  39.05 
 
 		 432 aa  72  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2698  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.05 
 
 		 432 aa  72  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  45.83 
 
 		 675 aa  72  0.000000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2058  cytochrome c, class I  39.05 
 
 		 432 aa  72  0.000000000005  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.37855  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>