More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_4128 on replicon NC_012857
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03038  major anaerobically induced outer membrane transmembrane protein  91.38 
 
 		 510 aa  944    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.490138  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4128  nitrite reductase, copper-containing  100 
 
 		 499 aa  1022    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0755  putative outer membrane nitrite reductase  68.57 
 
 		 520 aa  721    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0721126  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2107  nitrite reductase, copper-containing  68.76 
 
 		 520 aa  724    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4015  nitrite reductase, copper-containing  100 
 
 		 499 aa  1022    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0520  putative anaerobically induced outer membrane protein  68.76 
 
 		 520 aa  723    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0703  putative outer membrane nitrite reductase  68.57 
 
 		 520 aa  721    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1658  putative outer membrane nitrite reductase  68.57 
 
 		 520 aa  721    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.179147  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0881  mulitcopper oxidase domain-containing protein  70.41 
 
 		 516 aa  738    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208672  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0593  putative outer membrane nitrite reductase  68.57 
 
 		 520 aa  721    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2012  nitrite reductase, copper-containing  69.31 
 
 		 516 aa  724    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.220926  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2418  nitrite reductase, copper-containing  60.81 
 
 		 479 aa  566  1e-160  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1519  nitrite reductase, copper-containing  57.56 
 
 		 481 aa  535  1e-151  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2149  nitrite reductase, copper-containing  57.24 
 
 		 534 aa  321  1.9999999999999998e-86  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1796  nitrite reductase, copper-containing  50.97 
 
 		 348 aa  320  5e-86  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00424702  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1009  nitrite reductase, copper-containing  48.62 
 
 		 350 aa  312  9e-84  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1326  nitrite reductase, copper-containing  50.83 
 
 		 466 aa  300  5e-80  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.852268  normal  0.995257 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1208  nitrite reductase, copper-containing  46.43 
 
 		 355 aa  288  1e-76  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.400053  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_0035  nitrite reductase, copper-containing  45.67 
 
 		 362 aa  271  2.9999999999999997e-71  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.208873  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1998  nitrite reductase (NO-forming)  45.79 
 
 		 451 aa  268  2e-70  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_1016  nitrite reductase, copper-containing  43.41 
 
 		 364 aa  266  8.999999999999999e-70  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.552057 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1108  nitrite reductase, copper-containing  48.05 
 
 		 358 aa  262  1e-68  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3087  nitrite reductase, copper-containing  39.27 
 
 		 352 aa  225  2e-57  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1295  nitrite reductase (NO-forming)  41.39 
 
 		 463 aa  193  8e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3335  nitrite reductase, copper-containing  36.68 
 
 		 392 aa  181  2e-44  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2681  nitrite reductase (NO-forming)  35.69 
 
 		 393 aa  182  2e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0944  mulitcopper oxidase domain-containing protein  34.75 
 
 		 487 aa  180  5.999999999999999e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3482  nitrite reductase, copper containing  34.17 
 
 		 391 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2061  multicopper oxidase domain-containing protein  32.2 
 
 		 535 aa  171  2e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.429703  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1019  nitrite reductase (NO-forming)  37.93 
 
 		 526 aa  169  2e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0477  mulitcopper oxidase domain-containing protein  31.92 
 
 		 487 aa  167  4e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0659  mulitcopper oxidase domain-containing protein  31.64 
 
 		 535 aa  166  9e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870882  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0798  mulitcopper oxidase domain-containing protein  31.64 
 
 		 535 aa  166  9e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1613  multicopper oxidase domain-containing protein  31.64 
 
 		 535 aa  166  9e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0548  mulitcopper oxidase domain-containing protein  31.64 
 
 		 487 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.181487  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1966  multicopper oxidase domain-containing protein  31.64 
 
 		 535 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.328521  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2243  nitrite reductase, copper-containing  36.66 
 
 		 367 aa  161  2e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1768  Nitrite reductase (NO-forming)  38.76 
 
 		 876 aa  158  2e-37  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0968219  decreased coverage  0.0045264 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2101  multicopper oxidase, type 3  34.67 
 
 		 911 aa  158  2e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1793  multicopper oxidase, type 3  35.74 
 
 		 307 aa  156  8e-37  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0503  multicopper oxidase, type 3  35.1 
 
 		 479 aa  156  9e-37  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.16251 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4623  nitrite reductase, copper-containing  36.1 
 
 		 370 aa  155  2e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3489  multicopper oxidase, type 3  38.01 
 
 		 857 aa  155  2e-36  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.70701  normal  0.0660618 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0236  nitrite reductase, copper-containing  37.79 
 
 		 376 aa  154  2.9999999999999998e-36  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2648  multicopper oxidase  33.1 
 
 		 323 aa  153  7e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1417  multicopper oxidase type 3  34.4 
 
 		 314 aa  151  2e-35  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6278  nitrite reductase, copper-containing  35.31 
 
 		 376 aa  151  3e-35  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.518326  normal  0.19336 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1595  nitrite reductase, copper-containing  38.14 
 
 		 374 aa  149  9e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3281  multicopper oxidase, type 3  32.86 
 
 		 316 aa  149  1.0000000000000001e-34  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.181317  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4752  Nitrite reductase (NO-forming)  36.53 
 
 		 455 aa  149  2.0000000000000003e-34  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.509937  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6826  copper-containing nitrite reductase (NO-forming) nirK  35.37 
 
 		 364 aa  146  7.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0260  copper-containing nitrite reductase  37.79 
 
 		 376 aa  145  1e-33  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3727  nitrite reductase, copper-containing  35.28 
 
 		 369 aa  145  1e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.557608  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0089  nitrite reductase (NO-forming)  35.96 
 
 		 372 aa  145  2e-33  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2794  hypothetical protein  33.33 
 
 		 471 aa  144  4e-33  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2351  nitrite reductase  34.57 
 
 		 912 aa  142  1.9999999999999998e-32  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.76545 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4379  nitrite reductase, copper-containing  36.77 
 
 		 376 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3626  multicopper oxidase, type 3  35.61 
 
 		 856 aa  137  6.0000000000000005e-31  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.227058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0150  Nitrite reductase (NO-forming)  36.82 
 
 		 952 aa  134  6e-30  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  0.684511 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4273  nitrite reductase, copper-containing  33.23 
 
 		 366 aa  133  7.999999999999999e-30  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4252  Nitrite reductase (NO-forming)  34.66 
 
 		 878 aa  130  6e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.622613  normal  0.180427 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1641  multicopper oxidase type 3  35.02 
 
 		 526 aa  126  8.000000000000001e-28  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.972736  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_09060  predicted multicopper oxidase  31.67 
 
 		 969 aa  121  3.9999999999999996e-26  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.65293  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1652  blue (type 1) copper domain protein  28.32 
 
 		 486 aa  111  3e-23  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  decreased coverage  0.00373533  normal  1 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2511  multicopper oxidase, type 3  28.25 
 
 		 293 aa  109  1e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  decreased coverage  0.00579899  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0083  twin-arginine translocation pathway signal  29.89 
 
 		 338 aa  107  3e-22  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00000323423  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1432  cytochrome c, class I  44.26 
 
 		 217 aa  104  4e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.632156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1265  cytochrome c, class I  41.58 
 
 		 205 aa  99.8  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.891091 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4324  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  45.87 
 
 		 202 aa  99  2e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.753936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4125  cytochrome c, class I  40 
 
 		 202 aa  97.8  4e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS02321  hypothetical protein  44.44 
 
 		 203 aa  95.5  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0244328  normal  0.13211 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3648  cytochrome c class I  41.35 
 
 		 147 aa  95.5  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00073069  normal  0.303937 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1354  multicopper oxidase type 3  27.96 
 
 		 444 aa  95.5  2e-18  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.111259 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12333  probable major anaerobically induced outer membrane transmembrane protein  36.97 
 
 		 150 aa  95.9  2e-18  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.378293  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4806  cytochrome c class I  45.56 
 
 		 136 aa  94.7  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167135  normal  0.0495406 
 
 
-
 
NC_008537  Arth_4419  multicopper oxidase  29.18 
 
 		 376 aa  94.7  4e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.768242  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2127  cytochrome c class I  44.44 
 
 		 202 aa  94  6e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.169346  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2442  NHL repeat containing protein  32.24 
 
 		 577 aa  93.6  7e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0106112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1369  cytochrome c class I  39.45 
 
 		 161 aa  92.8  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1663  multicopper oxidase type 3  26.47 
 
 		 353 aa  91.3  4e-17  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0473  cytochrome c class I  43.56 
 
 		 268 aa  90.5  5e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0450  cytochrome c class I  32.81 
 
 		 149 aa  90.9  5e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1784  multicopper oxidase type 3  24.81 
 
 		 341 aa  90.5  6e-17  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1447  multicopper oxidase type 3  25.97 
 
 		 333 aa  90.5  6e-17  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2449  membrane-bound dehydrogenase domain protein  36.36 
 
 		 762 aa  90.5  7e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.896022 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4625  cytochrome c class I  46 
 
 		 197 aa  90.1  7e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.887243  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1473  multicopper oxidase type 3  25.97 
 
 		 333 aa  90.5  7e-17  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.904299 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1131  multicopper oxidase type 3  23.74 
 
 		 351 aa  89.4  1e-16  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.207497 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3348  cytochrome c class I  31.9 
 
 		 587 aa  89  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123322  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4896  cytochrome c class I  38.24 
 
 		 142 aa  89  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2574  multicopper oxidase type 3  28.45 
 
 		 355 aa  89.4  2e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3966  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  31.29 
 
 		 601 aa  87.8  4e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1760  multicopper oxidase, types 2 and 3  25.82 
 
 		 338 aa  87  7e-16  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0810  cytochrome c, class I  44.04 
 
 		 158 aa  86.7  9e-16  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1926  cytochrome c class I  45.16 
 
 		 150 aa  85.9  0.000000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000015189 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1300  cytochrome c class I  39.62 
 
 		 139 aa  85.1  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.793758 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1925  cytochrome c class I  44.25 
 
 		 146 aa  85.5  0.000000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.379147  hitchhiker  0.000000158454 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1696  multicopper oxidase type 3  24.14 
 
 		 527 aa  85.1  0.000000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1563  cytochrome c class I  39.37 
 
 		 147 aa  85.1  0.000000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2872  cytochrome c class I  38.76 
 
 		 159 aa  84.3  0.000000000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>