More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2127 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_2127  cytochrome c class I  100 
 
 		 202 aa  409  1e-113  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.169346  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02321  hypothetical protein  89.16 
 
 		 203 aa  347  8e-95  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0244328  normal  0.13211 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4324  cbb3-type cytochrome c oxidase subunit III  58.25 
 
 		 202 aa  221  4.9999999999999996e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.753936  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4125  cytochrome c, class I  51.61 
 
 		 202 aa  170  1e-41  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4625  cytochrome c class I  51.09 
 
 		 197 aa  158  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.887243  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1265  cytochrome c, class I  45.96 
 
 		 205 aa  152  5e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.891091 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1620  outer membrane nitrite reductase, putative  43.78 
 
 		 189 aa  142  3e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.704464  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1432  cytochrome c, class I  41.44 
 
 		 217 aa  139  3.9999999999999997e-32  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.632156  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0520  putative anaerobically induced outer membrane protein  49.02 
 
 		 520 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2012  nitrite reductase, copper-containing  49.02 
 
 		 516 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.220926  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2107  nitrite reductase, copper-containing  49.02 
 
 		 520 aa  105  6e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3926  cytochrome c family protein  36.75 
 
 		 222 aa  104  8e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.426515  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0881  mulitcopper oxidase domain-containing protein  48.04 
 
 		 516 aa  103  1e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.208672  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0755  putative outer membrane nitrite reductase  48.04 
 
 		 520 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0721126  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0703  putative outer membrane nitrite reductase  48.04 
 
 		 520 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0593  putative outer membrane nitrite reductase  48.04 
 
 		 520 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1658  putative outer membrane nitrite reductase  48.04 
 
 		 520 aa  103  2e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.179147  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0810  cytochrome c, class I  47.83 
 
 		 158 aa  103  2e-21  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2783  cytochrome c class I  50.52 
 
 		 151 aa  100  2e-20  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.796513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2418  nitrite reductase, copper-containing  43.14 
 
 		 479 aa  99  4e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS03038  major anaerobically induced outer membrane transmembrane protein  44.12 
 
 		 510 aa  97.8  9e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.490138  normal  0.0661846 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4128  nitrite reductase, copper-containing  45.1 
 
 		 499 aa  97.1  2e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4015  nitrite reductase, copper-containing  45.1 
 
 		 499 aa  97.1  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2442  NHL repeat containing protein  39.39 
 
 		 577 aa  96.7  2e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0106112  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1369  cytochrome c class I  41.67 
 
 		 161 aa  95.1  5e-19  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1563  cytochrome c class I  47.96 
 
 		 147 aa  94.4  1e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3966  Glucose/sorbosone dehydrogenase-like protein  42.59 
 
 		 601 aa  93.6  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2449  membrane-bound dehydrogenase domain protein  38.66 
 
 		 762 aa  93.2  3e-18  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.896022 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4716  membrane-bound dehydrogenase domain protein  34.64 
 
 		 759 aa  93.2  3e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0863725  normal  0.0139154 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1925  cytochrome c class I  48.08 
 
 		 146 aa  92.8  3e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.379147  hitchhiker  0.000000158454 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1262  membrane-bound dehydrogenase domain protein  42.37 
 
 		 1068 aa  90.9  1e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.261876  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1926  cytochrome c class I  39.68 
 
 		 150 aa  86.3  3e-16  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000015189 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4245  cytochrome c, class I  42.72 
 
 		 391 aa  85.9  4e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0473  cytochrome c class I  35.71 
 
 		 268 aa  85.5  4e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4984  membrane-bound dehydrogenase domain protein  44.44 
 
 		 1055 aa  85.5  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.380222 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1163  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.76 
 
 		 448 aa  85.5  5e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2502  cytochrome c, class I  39.83 
 
 		 450 aa  84.7  8e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0403  membrane-bound dehydrogenase domain protein  39.45 
 
 		 773 aa  84.7  9e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.572265  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4896  cytochrome c class I  39.42 
 
 		 142 aa  84.7  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3985  membrane-bound dehydrogenase domain protein  35.54 
 
 		 852 aa  84.3  0.000000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.188405  normal  0.0691409 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2138  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.98 
 
 		 439 aa  84.3  0.000000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.622417  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3648  cytochrome c class I  40.57 
 
 		 147 aa  84  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00073069  normal  0.303937 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3348  cytochrome c class I  41.58 
 
 		 587 aa  83.2  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.123322  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0084  cytochrome c, class I  35.44 
 
 		 433 aa  83.2  0.000000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1300  cytochrome c class I  34.86 
 
 		 139 aa  82.8  0.000000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.793758 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1380  cytochrome c class I  39.45 
 
 		 133 aa  82.4  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.705063  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1519  nitrite reductase, copper-containing  40.2 
 
 		 481 aa  82.4  0.000000000000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3607  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.9 
 
 		 450 aa  82  0.000000000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0456  cytochrome c, class I  38.89 
 
 		 463 aa  82  0.000000000000006  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00910  gluconate dehydrogenase cytochrome c subunit  34.18 
 
 		 439 aa  81.6  0.000000000000008  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.367446  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2872  cytochrome c class I  36.36 
 
 		 159 aa  81.6  0.000000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5000  membrane-bound dehydrogenase domain protein  35.78 
 
 		 749 aa  79.7  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.652472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2974  putative cytochrome c precursor  38.35 
 
 		 439 aa  79  0.00000000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34008  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0555  cytochrome c, class I  38.95 
 
 		 407 aa  79  0.00000000000004  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.474157  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35270  putative cytochrome c precursor  38.35 
 
 		 439 aa  78.6  0.00000000000005  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.534785 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0083  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit  35.42 
 
 		 473 aa  78.6  0.00000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0300779 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0226  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.84 
 
 		 467 aa  78.2  0.00000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1599  cytochrome c, class I  35.66 
 
 		 438 aa  77.4  0.0000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050865  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2030  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.37 
 
 		 433 aa  77.4  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000305388 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3778  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  35.83 
 
 		 331 aa  77  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00000025315  hitchhiker  0.00577808 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1719  cytochrome c, class I  39.45 
 
 		 437 aa  77  0.0000000000002  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.444977  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3382  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  39.23 
 
 		 417 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8114  cytochrome c class I  40.95 
 
 		 419 aa  76.6  0.0000000000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.719165  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06272  cytochrome c oxidase, subunit II  42.05 
 
 		 405 aa  76.3  0.0000000000003  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0171  putative cytochrome c, class I  40.78 
 
 		 469 aa  76.3  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4806  cytochrome c class I  32.38 
 
 		 136 aa  76.3  0.0000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.167135  normal  0.0495406 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2377  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  42.2 
 
 		 417 aa  76.3  0.0000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.105053  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2566  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.28 
 
 		 415 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.79853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3647  cytochrome c, class I  37.88 
 
 		 477 aa  75.9  0.0000000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.946427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1792  cytochrome c, class I  37.12 
 
 		 470 aa  75.1  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0043  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.81 
 
 		 575 aa  75.1  0.0000000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5487  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  32.39 
 
 		 451 aa  75.1  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1565  cytochrome c class I  43.16 
 
 		 152 aa  75.1  0.0000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.636901  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001445  cytochrome c oxidase polypeptide II  42.22 
 
 		 356 aa  75.1  0.0000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.633895  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4121  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.79 
 
 		 477 aa  74.7  0.0000000000008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4380  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  36.36 
 
 		 469 aa  74.7  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0178  cytochrome c oxidase, subunit II  45.56 
 
 		 513 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1440  putative cytochrome c, class I  37.4 
 
 		 466 aa  74.3  0.000000000001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  37.84 
 
 		 669 aa  74.3  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2669  cytochrome c, class I  38.14 
 
 		 432 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2698  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  38.14 
 
 		 432 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2058  cytochrome c, class I  38.14 
 
 		 432 aa  74.3  0.000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.37855  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_12333  probable major anaerobically induced outer membrane transmembrane protein  33.33 
 
 		 150 aa  73.9  0.000000000001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.378293  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0258  cytochrome c oxidase, subunit II  45.56 
 
 		 528 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5782  cytochrome C oxidase mono-heme subunit/FixO  34.82 
 
 		 338 aa  73.2  0.000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.00253495  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5997  cytochrome c, class I  38.14 
 
 		 432 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.221404 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1400  cytochrome c, class I  40 
 
 		 421 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4796  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  34.51 
 
 		 440 aa  73.9  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.160851 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2986  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.31 
 
 		 447 aa  73.9  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.47949  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1415  cytochrome c, class I  40.34 
 
 		 708 aa  73.6  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.526567  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2594  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40 
 
 		 432 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.529763  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0125  cytochrome c oxidase, subunit II  44.32 
 
 		 521 aa  73.6  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2722  cytochrome c, class I  40 
 
 		 432 aa  73.6  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.272858  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0628  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40 
 
 		 432 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0561  cytochrome c class I  42.27 
 
 		 157 aa  73.2  0.000000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0079  cytochrome c oxidase, subunit II  44.32 
 
 		 375 aa  73.2  0.000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2187  putative alcohol dehydrogenase cytochrome c subunit precursor, cytochrome c553  36.43 
 
 		 476 aa  72.8  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0196419 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4075  putative cytochrome c precursor  34.11 
 
 		 468 aa  73.2  0.000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.635845  normal  0.598856 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2563  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  37.69 
 
 		 415 aa  72.8  0.000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.151427 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1038  cytochrome c oxidase, subunit II  46.07 
 
 		 388 aa  72.8  0.000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>