More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_0790 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc0772  putative oxidoreductase dehydrogenase (cytochrome C subunit) signal peptide protein  82.14 
 
 
429 aa  711    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.456552  hitchhiker  0.00960965 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0720  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  96.96 
 
 
427 aa  865    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.690125 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0790  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  100 
 
 
427 aa  887    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.310202  normal  0.354457 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4441  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  65.95 
 
 
425 aa  561  1.0000000000000001e-159  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3977  cytochrome c, class I  65.95 
 
 
425 aa  561  1e-158  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.386742  normal  0.0120271 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4552  cytochrome c, class I  65 
 
 
425 aa  555  1e-157  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.859169 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3816  cytochrome c, class I  65 
 
 
425 aa  555  1e-157  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5752  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  65 
 
 
425 aa  555  1e-157  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.95358  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1294  cytochrome c, class I  65.24 
 
 
425 aa  552  1e-156  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.618448  normal  0.723346 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6548  cytochrome c, class I  64.76 
 
 
425 aa  550  1e-155  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.354799 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4095  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  66.16 
 
 
425 aa  545  1e-154  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.290618  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1414  cytochrome c family protein  65.08 
 
 
492 aa  546  1e-154  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.186397  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1435  glucose dehydrogenase, beta subunit  64.07 
 
 
452 aa  540  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1350  glucose dehydrogenase, beta subunit  63.82 
 
 
452 aa  539  9.999999999999999e-153  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0106089  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2590  cytochrome c family protein  63.57 
 
 
497 aa  536  1e-151  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1244  cytochrome c family protein  63.57 
 
 
452 aa  534  1e-150  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.148627  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1084  cytochrome c family protein  63.57 
 
 
452 aa  534  1e-150  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.508293  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0488  cytochrome c family protein  63.57 
 
 
452 aa  534  1e-150  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.155198  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0215  cytochrome c family protein  63.57 
 
 
452 aa  534  1e-150  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2335  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  52.33 
 
 
426 aa  439  9.999999999999999e-123  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.0000000130755  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5692  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  52.97 
 
 
428 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0139384 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4612  cytochrome c, class I  52.71 
 
 
428 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0237858 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3756  cytochrome c, class I  52.71 
 
 
428 aa  412  1e-114  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1159  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.76 
 
 
466 aa  379  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6817  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.25 
 
 
474 aa  372  1e-102  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.166846  normal  0.164997 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1807  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  47.17 
 
 
469 aa  370  1e-101  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.000207286  hitchhiker  0.000745759 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3250  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  48.16 
 
 
422 aa  356  5e-97  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.27905  normal  0.409121 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7344  cytochrome c, class I  44.34 
 
 
501 aa  353  2.9999999999999997e-96  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.335201  normal  0.557089 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2014  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.52 
 
 
426 aa  352  8.999999999999999e-96  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.684291  normal  0.0791101 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1689  cytochrome c, class I  47.39 
 
 
430 aa  352  1e-95  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0300798  normal  0.396396 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4961  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.72 
 
 
426 aa  349  5e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.360414  normal  0.0488597 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2085  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.26 
 
 
432 aa  348  9e-95  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3802  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.64 
 
 
455 aa  347  3e-94  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.503165 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1601  cytochrome c, class I  45.65 
 
 
432 aa  345  7e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.023048  normal  0.40449 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5193  cytochrome c, class I  46.32 
 
 
432 aa  343  4e-93  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00931011 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5084  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.32 
 
 
432 aa  343  4e-93  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3175  cytochrome c, class I  46.32 
 
 
432 aa  343  4e-93  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4216  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  46.4 
 
 
434 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.659443  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2504  putative cytochrome c  45.36 
 
 
434 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.347672 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5949  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.61 
 
 
434 aa  338  9.999999999999999e-92  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.275687  normal  0.160447 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4408  cytochrome c, class I  45.61 
 
 
434 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.393051 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3959  cytochrome c, class I  45.61 
 
 
434 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4265  cytochrome c, class I  43.56 
 
 
466 aa  335  9e-91  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.105526  normal  0.847694 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3829  cytochrome c, class I  45.61 
 
 
439 aa  334  1e-90  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0398501  normal  0.201929 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3382  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  44.8 
 
 
417 aa  334  2e-90  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.545776 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00910  gluconate dehydrogenase cytochrome c subunit  44.61 
 
 
439 aa  333  5e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.367446  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4297  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.12 
 
 
441 aa  332  6e-90  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2377  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  44.8 
 
 
417 aa  332  8e-90  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.105053  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2471  cytochrome c, class I  43.64 
 
 
450 aa  330  2e-89  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2566  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.82 
 
 
415 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.79853  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2563  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  45.5 
 
 
415 aa  328  1.0000000000000001e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.151427 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4638  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.39 
 
 
451 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.683371 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2138  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  41.03 
 
 
439 aa  325  7e-88  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.622417  normal  0.750578 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2502  cytochrome c, class I  43.14 
 
 
450 aa  325  8.000000000000001e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2974  putative cytochrome c precursor  43.06 
 
 
439 aa  325  9e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.34008  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3623  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  42.65 
 
 
447 aa  324  1e-87  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0084  cytochrome c, class I  43.72 
 
 
433 aa  325  1e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1497  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.07 
 
 
448 aa  324  1e-87  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0777111  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3842  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.46 
 
 
436 aa  323  3e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3647  cytochrome c, class I  43.98 
 
 
477 aa  323  5e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.946427  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1599  cytochrome c, class I  42.07 
 
 
438 aa  322  7e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.050865  normal  0.778619 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3292  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  44.53 
 
 
475 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.618986 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4141  cytochrome c, class I  44.53 
 
 
475 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.5261  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4225  cytochrome c, class I  44.53 
 
 
475 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.138651  normal  0.183785 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60490  putative cytochrome c  42.69 
 
 
675 aa  321  9.999999999999999e-87  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00637068  normal  0.0584653 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2110  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  41.97 
 
 
447 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.701093  normal  0.375253 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0689  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  45.02 
 
 
447 aa  321  1.9999999999999998e-86  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4121  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.78 
 
 
477 aa  319  5e-86  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2835  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.39 
 
 
448 aa  318  1e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0245579  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35270  putative cytochrome c precursor  43.25 
 
 
439 aa  318  1e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.534785 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4796  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.92 
 
 
440 aa  318  2e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.160851 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2214  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.22 
 
 
689 aa  317  2e-85  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.143053  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2294  gluconate 2-dehydrogenase acceptor subunit  42.33 
 
 
453 aa  317  3e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1792  cytochrome c, class I  44.03 
 
 
470 aa  317  4e-85  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.346602 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5211  putative cytochrome c  43.33 
 
 
675 aa  315  9.999999999999999e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  hitchhiker  0.0072933  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4380  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.03 
 
 
469 aa  313  2.9999999999999996e-84  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2321  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.57 
 
 
434 aa  312  7.999999999999999e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6799  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.52 
 
 
454 aa  311  1e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131117  normal  0.655046 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0817  cytochrome c, class I  41.75 
 
 
669 aa  311  1e-83  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.04472  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5487  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.72 
 
 
451 aa  309  5.9999999999999995e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1415  cytochrome c, class I  40.62 
 
 
708 aa  308  9e-83  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.526567  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1453  cytochrome c, class I  41.25 
 
 
432 aa  308  1.0000000000000001e-82  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3640  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  43.28 
 
 
395 aa  307  2.0000000000000002e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0456  cytochrome c, class I  39.22 
 
 
463 aa  306  4.0000000000000004e-82  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6211  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  42.96 
 
 
448 aa  305  7e-82  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.783844  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2492  cytochrome c, class I  41.13 
 
 
698 aa  304  2.0000000000000002e-81  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00140351  normal  0.928162 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2484  cytochrome c family protein  40.53 
 
 
721 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0635463  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0808  cytochrome c, class I  41.65 
 
 
437 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.71514  normal  0.0769565 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0171  putative cytochrome c, class I  41.23 
 
 
469 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0804  cytochrome c family protein  40.29 
 
 
721 aa  301  1e-80  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0652  cytochrome c family protein  39.81 
 
 
509 aa  302  1e-80  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.422125  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4890  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.09 
 
 
436 aa  301  2e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4096  putative cytochrome c  43.05 
 
 
447 aa  301  2e-80  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.687974  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2348  cytochrome c family protein  40.29 
 
 
694 aa  300  2e-80  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.903737  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5380  cytochrome c, class I  40.09 
 
 
436 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_2986  cytochrome c, class I  40.09 
 
 
436 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2499  gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  39.49 
 
 
726 aa  298  2e-79  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.345014  normal  0.965839 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2072  cytochrome c, class I  42.18 
 
 
712 aa  298  2e-79  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.901126 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5989  Cytochrome c  39.1 
 
 
773 aa  296  4e-79  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.278439 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0226  Gluconate 2-dehydrogenase (acceptor)  40.34 
 
 
467 aa  295  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>