More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cpin_4850 on replicon NC_013132
Organism: Chitinophaga pinensis DSM 2588



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013132  Cpin_4850  two component transcriptional regulator, AraC family  100 
 
 		 262 aa  538  9.999999999999999e-153  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00623766 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  46.77 
 
 		 1316 aa  244  9.999999999999999e-64  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  48.15 
 
 		 1334 aa  243  1.9999999999999999e-63  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  44.67 
 
 		 1327 aa  233  3e-60  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0220  two component transcriptional regulator, AraC family  38.96 
 
 		 934 aa  182  4.0000000000000006e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.497584  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  37.8 
 
 		 1342 aa  178  9e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  38.4 
 
 		 1373 aa  175  7e-43  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  36 
 
 		 1355 aa  159  4e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  36.65 
 
 		 1370 aa  159  4e-38  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1607  histidine kinase  34.15 
 
 		 1366 aa  158  8e-38  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.89561 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  34.39 
 
 		 1374 aa  157  1e-37  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  35.89 
 
 		 1355 aa  157  1e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1735  histidine kinase  34.78 
 
 		 1343 aa  155  5.0000000000000005e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.260049  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  34.63 
 
 		 1363 aa  153  2e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3199  two component transcriptional regulator, AraC family  35.63 
 
 		 940 aa  152  5e-36  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.157032  normal  0.236848 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  31.64 
 
 		 1400 aa  152  7e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1470  histidine kinase  36.07 
 
 		 1376 aa  150  2e-35  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0500626  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  33.74 
 
 		 1340 aa  150  2e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4604  histidine kinase  33.2 
 
 		 663 aa  148  1.0000000000000001e-34  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  33.2 
 
 		 1384 aa  146  3e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1604  two component transcriptional regulator, AraC family  35.08 
 
 		 904 aa  146  4.0000000000000006e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  35.37 
 
 		 1374 aa  145  5e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  30.2 
 
 		 1344 aa  145  8.000000000000001e-34  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  34.14 
 
 		 1311 aa  144  1e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2723  histidine kinase  33.2 
 
 		 1347 aa  144  2e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  32.8 
 
 		 1404 aa  142  5e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1944  histidine kinase  34.78 
 
 		 1278 aa  140  9.999999999999999e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.866742 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1562  histidine kinase  34 
 
 		 1296 aa  141  9.999999999999999e-33  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.655639  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  32.38 
 
 		 1373 aa  141  9.999999999999999e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  32.42 
 
 		 1378 aa  140  1.9999999999999998e-32  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  29.92 
 
 		 1313 aa  139  4.999999999999999e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  32.94 
 
 		 1349 aa  139  7e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  31.91 
 
 		 1378 aa  138  1e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6047  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  31.69 
 
 		 677 aa  137  1e-31  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0756  sensory box sensor histidine kinase/DNA-binding response regulator  33.21 
 
 		 993 aa  137  2e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  33.73 
 
 		 1397 aa  137  2e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  32.54 
 
 		 1335 aa  134  9.999999999999999e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  29.92 
 
 		 1306 aa  133  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0536  histidine kinase  32.53 
 
 		 1324 aa  132  6e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0692259  normal  0.421547 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  30.36 
 
 		 1374 aa  132  7.999999999999999e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  32.37 
 
 		 1388 aa  130  2.0000000000000002e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1754  histidine kinase  35.08 
 
 		 1344 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.176495  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  31.62 
 
 		 1366 aa  129  4.0000000000000003e-29  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  31.5 
 
 		 1298 aa  128  9.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  31.58 
 
 		 1396 aa  125  7e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  27.02 
 
 		 1347 aa  124  1e-27  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  32.05 
 
 		 1414 aa  122  8e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1947  two component transcriptional regulator, AraC family  31.02 
 
 		 252 aa  121  9e-27  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.272912 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1905  response regulator receiver sensor hybrid histidine kinase  31.71 
 
 		 668 aa  120  1.9999999999999998e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0295515  normal  0.210974 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1836  two component AraC family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 1341 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  26.59 
 
 		 1418 aa  119  3.9999999999999996e-26  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1797  DNA-binding response regulator/sensor histidine kinase  28.69 
 
 		 961 aa  112  7.000000000000001e-24  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2666  two component transcriptional regulator, AraC family  30.31 
 
 		 251 aa  107  2e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.21287  normal  0.224489 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4323  two component LuxR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 215 aa  90.5  2e-17  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.115662  normal  0.727411 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0605  adenylate/guanylate cyclase  34.96 
 
 		 355 aa  89.7  4e-17  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.657653  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3745  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  40.71 
 
 		 1010 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.412805  hitchhiker  0.00597184 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2687  response regulator receiver sensor signal transduction histidine kinase  34.71 
 
 		 1013 aa  87.8  2e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.70216  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4604  two component transcriptional regulator, AraC family  32.23 
 
 		 281 aa  85.9  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.514268  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00426  putative two-component system sensor kinase/response regulator fusion protein  25.39 
 
 		 1280 aa  85.9  5e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1911  two component transcriptional regulator  35.29 
 
 		 229 aa  86.3  5e-16  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.258551 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0878  response regulator receiver  34.48 
 
 		 302 aa  85.9  6e-16  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2399  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.34 
 
 		 1131 aa  85.9  6e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3155  adenylate/guanylate cyclase  30.43 
 
 		 1172 aa  85.9  6e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.386213  hitchhiker  0.00095291 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0031  two component transcriptional regulator, LuxR family  34.38 
 
 		 229 aa  85.5  7e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1976  multi-sensor signal transduction histidine kinase  39.13 
 
 		 1383 aa  85.5  8e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.624185 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2892  two component transcriptional regulator  37.29 
 
 		 227 aa  85.1  9e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.0239565 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0679  response regulator receiver  38.6 
 
 		 337 aa  84.7  0.000000000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0836964  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1463  multi-sensor signal transduction histidine kinase  38.76 
 
 		 1118 aa  84.7  0.000000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  decreased coverage  0.000390432  normal  0.0407868 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1429  response regulator receiver protein  39.5 
 
 		 122 aa  84  0.000000000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.275463 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7377  two component AraC family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 278 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0377301  normal  0.284562 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6528  two component AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 271 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.485144  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6762  two component AraC family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 271 aa  84.3  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.295507 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6350  two component AraC family transcriptional regulator  27.64 
 
 		 271 aa  84  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.787195  normal  0.900493 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4539  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  38.05 
 
 		 1152 aa  83.6  0.000000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.329946  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1086  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.52 
 
 		 1431 aa  83.6  0.000000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5929  two component AraC family transcriptional regulator  26.19 
 
 		 277 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.473719  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6198  two component AraC family transcriptional regulator  25.79 
 
 		 277 aa  83.6  0.000000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0981  two component transcriptional regulator, LuxR family  32.93 
 
 		 221 aa  84  0.000000000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.416641 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5056  response regulator receiver protein  34.71 
 
 		 305 aa  83.6  0.000000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.749886 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.71 
 
 		 326 aa  82.8  0.000000000000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0951  response regulator receiver protein  36.8 
 
 		 239 aa  82.8  0.000000000000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  unclonable  0.0000000111905  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1865  two component transcriptional regulator, winged helix family  36.67 
 
 		 226 aa  82.4  0.000000000000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2397  two component transcriptional regulator, AraC family  28.52 
 
 		 269 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.92999  normal  0.351016 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6368  two component AraC family transcriptional regulator  28.35 
 
 		 271 aa  82  0.000000000000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.434467  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4605  two component transcriptional regulator, AraC family  28.74 
 
 		 271 aa  82  0.000000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6477  two component AraC family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 277 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0923467 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2324  two component LuxR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 245 aa  81.6  0.00000000000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.42123  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0644  two component transcriptional regulator, winged helix family  33.61 
 
 		 236 aa  82  0.00000000000001  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5986  two component AraC family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 277 aa  81.6  0.00000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0117191 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2219  response regulator  39.66 
 
 		 123 aa  80.9  0.00000000000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0799  response regulator receiver protein  37.5 
 
 		 225 aa  81.3  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3818  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.07 
 
 		 1426 aa  81.3  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_0695  response regulator receiver  37.07 
 
 		 170 aa  80.5  0.00000000000002  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.412637  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5621  two component AraC family transcriptional regulator  26.59 
 
 		 277 aa  80.9  0.00000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289619  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 		 469 aa  80.5  0.00000000000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.97349 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0155  multi-sensor signal transduction histidine kinase  37.01 
 
 		 1153 aa  80.5  0.00000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359014  hitchhiker  0.0000017622 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1901  response regulator receiver protein  34.68 
 
 		 125 aa  81.3  0.00000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0090  two component transcriptional regulator, winged helix family  25.86 
 
 		 228 aa  80.5  0.00000000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1873  response regulator receiver  35.71 
 
 		 326 aa  80.5  0.00000000000002  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.402703 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1899  multisensor signal transduction histidine kinase  31.5 
 
 		 462 aa  80.5  0.00000000000003  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.970297  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>