130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_5718 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  87.78 
 
 		 426 aa  707    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  86.68 
 
 		 438 aa  764    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  86.45 
 
 		 426 aa  758    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  100 
 
 		 428 aa  872    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  87.74 
 
 		 426 aa  744    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  68.15 
 
 		 426 aa  576  1.0000000000000001e-163  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  70.07 
 
 		 424 aa  569  1e-161  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1864  branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  67.9 
 
 		 426 aa  518  1.0000000000000001e-145  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.397842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  52.35 
 
 		 414 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  51.54 
 
 		 408 aa  436  1e-121  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  50.95 
 
 		 415 aa  434  1e-120  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  49.88 
 
 		 415 aa  429  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  49.88 
 
 		 419 aa  415  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  47.16 
 
 		 414 aa  403  1e-111  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  37.44 
 
 		 385 aa  230  3e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  35.69 
 
 		 410 aa  208  2e-52  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  36.24 
 
 		 420 aa  208  2e-52  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  35.11 
 
 		 403 aa  202  9.999999999999999e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  35.89 
 
 		 394 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  25.61 
 
 		 389 aa  95.1  2e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  24.15 
 
 		 397 aa  90.9  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 		 389 aa  90.1  6e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  26.1 
 
 		 391 aa  89.7  9e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 		 393 aa  87.8  3e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  21.9 
 
 		 397 aa  71.2  0.00000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  21.57 
 
 		 397 aa  70.5  0.00000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0942  putative lipoprotein  21.2 
 
 		 428 aa  64.7  0.000000003  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0813941  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  24.2 
 
 		 444 aa  61.6  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  24.94 
 
 		 443 aa  61.2  0.00000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  21.98 
 
 		 402 aa  60.8  0.00000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  22.43 
 
 		 404 aa  59.7  0.0000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  25.1 
 
 		 401 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  26.17 
 
 		 442 aa  58.2  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  22.19 
 
 		 379 aa  57.8  0.0000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  24.36 
 
 		 447 aa  58.2  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  23.82 
 
 		 381 aa  57.4  0.0000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  26.88 
 
 		 437 aa  57  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  23.06 
 
 		 386 aa  57  0.0000006  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  23.53 
 
 		 457 aa  56.6  0.0000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 		 398 aa  56.2  0.000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  29.33 
 
 		 377 aa  55.1  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  22.46 
 
 		 387 aa  55.1  0.000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  22.5 
 
 		 454 aa  55.8  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  22.26 
 
 		 388 aa  55.1  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  22.78 
 
 		 457 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  22.39 
 
 		 379 aa  54.3  0.000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1027  extracellular ligand-binding receptor  24.4 
 
 		 384 aa  53.9  0.000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000000299575  normal  0.161964 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_813  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  21.33 
 
 		 428 aa  53.9  0.000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  22.78 
 
 		 440 aa  53.1  0.000009  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  24.19 
 
 		 373 aa  52.8  0.00001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.82 
 
 		 441 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  22.74 
 
 		 382 aa  53.1  0.00001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0826  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  20.54 
 
 		 428 aa  52  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  22.76 
 
 		 441 aa  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  21.05 
 
 		 403 aa  52  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  21.74 
 
 		 379 aa  52.4  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4681  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.1 
 
 		 434 aa  51.2  0.00003  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  21.11 
 
 		 392 aa  50.8  0.00004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  23.16 
 
 		 387 aa  50.8  0.00005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  22.52 
 
 		 379 aa  50.4  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.37 
 
 		 378 aa  50.4  0.00006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  24.57 
 
 		 441 aa  50.4  0.00006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 		 396 aa  50.4  0.00006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 		 396 aa  50.4  0.00006  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  24.04 
 
 		 446 aa  50.1  0.00007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  24.21 
 
 		 444 aa  49.7  0.00009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.06 
 
 		 380 aa  49.3  0.0001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  25.27 
 
 		 446 aa  49.3  0.0001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  26.05 
 
 		 396 aa  49.7  0.0001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  25.7 
 
 		 378 aa  49.7  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  23.43 
 
 		 395 aa  48.9  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.79 
 
 		 466 aa  48.9  0.0002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  24.36 
 
 		 405 aa  48.5  0.0002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  31.78 
 
 		 400 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  23.43 
 
 		 443 aa  48.1  0.0003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1870  extracellular ligand-binding receptor  22.78 
 
 		 358 aa  48.1  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0220738 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.73 
 
 		 425 aa  47.8  0.0004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3061  substrate-binding periplasmic (PBP) ABC transporter protein  32.17 
 
 		 388 aa  47.4  0.0005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.664691  normal  0.158134 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  23.47 
 
 		 381 aa  47.4  0.0005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  30.4 
 
 		 399 aa  47.4  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  30.3 
 
 		 382 aa  47.4  0.0006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  22.38 
 
 		 384 aa  47  0.0006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  23.47 
 
 		 389 aa  47  0.0006  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  23.79 
 
 		 379 aa  46.6  0.0008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  28.68 
 
 		 382 aa  45.8  0.001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2319  extracellular ligand-binding receptor  23.47 
 
 		 371 aa  46.6  0.001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  30.69 
 
 		 410 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.93 
 
 		 405 aa  46.6  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0331  Extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 		 377 aa  46.6  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  22.9 
 
 		 393 aa  46.6  0.001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  21.37 
 
 		 421 aa  46.2  0.001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  23.67 
 
 		 400 aa  45.8  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  24.17 
 
 		 441 aa  45.8  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3891  extracellular ligand-binding receptor  21.79 
 
 		 406 aa  46.2  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1891  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic protein  28.64 
 
 		 395 aa  45.8  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1429  Extracellular ligand-binding receptor  23.25 
 
 		 386 aa  46.2  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0505624  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  20.46 
 
 		 389 aa  45.8  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1254  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  21.57 
 
 		 427 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.946675 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 		 395 aa  45.8  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3250  putative branched-chain amino acid ABC transporter, substrate-binding protein  31.03 
 
 		 378 aa  45.1  0.002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.202781  normal  0.281786 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>