83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2987 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  85.23 
 
 		 441 aa  704    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  85.07 
 
 		 441 aa  744    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  100 
 
 		 443 aa  906    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  85.29 
 
 		 441 aa  745    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  83.48 
 
 		 441 aa  718    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  66.14 
 
 		 447 aa  576  1.0000000000000001e-163  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  66.9 
 
 		 444 aa  575  1.0000000000000001e-163  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  69.76 
 
 		 455 aa  570  1e-161  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  59.49 
 
 		 444 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  59.03 
 
 		 444 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  56.4 
 
 		 446 aa  521  1e-146  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  56.66 
 
 		 449 aa  514  1e-144  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  57.14 
 
 		 446 aa  511  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  58.35 
 
 		 444 aa  510  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  57.64 
 
 		 457 aa  507  9.999999999999999e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  57.85 
 
 		 457 aa  504  1e-141  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  58.05 
 
 		 454 aa  503  1e-141  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  53.71 
 
 		 446 aa  504  1e-141  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  53.48 
 
 		 466 aa  503  1e-141  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  56.41 
 
 		 429 aa  501  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  53.17 
 
 		 440 aa  466  9.999999999999999e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  54.03 
 
 		 445 aa  455  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  52.37 
 
 		 445 aa  449  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  52.3 
 
 		 442 aa  429  1e-119  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  49.88 
 
 		 441 aa  429  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  49.16 
 
 		 441 aa  412  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  46.29 
 
 		 443 aa  388  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  47.24 
 
 		 442 aa  383  1e-105  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  45.27 
 
 		 443 aa  376  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  45.96 
 
 		 437 aa  372  1e-102  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  44.32 
 
 		 444 aa  373  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  43.84 
 
 		 440 aa  362  1e-98  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  44.84 
 
 		 441 aa  360  3e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  44.6 
 
 		 441 aa  358  9.999999999999999e-98  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  45.03 
 
 		 440 aa  354  1e-96  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  44.15 
 
 		 438 aa  352  7e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  45.95 
 
 		 429 aa  349  5e-95  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  45.95 
 
 		 429 aa  349  6e-95  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  46.19 
 
 		 429 aa  348  1e-94  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  44.74 
 
 		 426 aa  343  5e-93  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  43.73 
 
 		 426 aa  331  2e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  42.26 
 
 		 427 aa  324  2e-87  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  41.87 
 
 		 450 aa  312  9e-84  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.75 
 
 		 438 aa  207  3e-52  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  33.25 
 
 		 418 aa  199  9e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  31.82 
 
 		 444 aa  186  6e-46  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 		 394 aa  100  6e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  23.08 
 
 		 385 aa  79  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  23.85 
 
 		 389 aa  74.3  0.000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  22.13 
 
 		 389 aa  71.2  0.00000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.45 
 
 		 420 aa  68.6  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.65 
 
 		 410 aa  68.9  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.56 
 
 		 403 aa  67.4  0.0000000004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  23.3 
 
 		 397 aa  65.5  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  21.91 
 
 		 425 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  23.3 
 
 		 391 aa  62  0.00000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  21.91 
 
 		 393 aa  61.2  0.00000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  22.93 
 
 		 397 aa  61.6  0.00000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  23.91 
 
 		 397 aa  55.1  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  24.87 
 
 		 408 aa  53.5  0.000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  25.69 
 
 		 438 aa  53.5  0.000008  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  23.48 
 
 		 414 aa  53.1  0.00001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  24.01 
 
 		 426 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  23.43 
 
 		 426 aa  51.2  0.00004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  23.46 
 
 		 428 aa  50.4  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  26.6 
 
 		 379 aa  50.4  0.00006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  21.09 
 
 		 415 aa  50.4  0.00006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  21.15 
 
 		 414 aa  48.5  0.0002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  22.45 
 
 		 410 aa  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  22.49 
 
 		 402 aa  47.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  25.57 
 
 		 424 aa  47.4  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  22.75 
 
 		 382 aa  47  0.0007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  23.78 
 
 		 409 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  23.23 
 
 		 426 aa  45.8  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  21.96 
 
 		 415 aa  45.1  0.002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 		 395 aa  45.4  0.002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  23.2 
 
 		 394 aa  45.1  0.002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  22.81 
 
 		 382 aa  45.1  0.003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0067  Extracellular ligand-binding receptor  27.49 
 
 		 376 aa  45.1  0.003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.188079 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  23.53 
 
 		 381 aa  44.7  0.004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  28.18 
 
 		 386 aa  44.3  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  23.73 
 
 		 402 aa  44.3  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26.14 
 
 		 426 aa  43.9  0.005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>