295 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mrub_0139 on replicon NC_013946
Organism: Meiothermus ruber DSM 1279



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  100 
 
 
402 aa  823    Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  85.4 
 
 
404 aa  719    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  31.4 
 
 
394 aa  149  7e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  28.53 
 
 
403 aa  121  1.9999999999999998e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.13 
 
 
410 aa  107  3e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.74 
 
 
420 aa  105  2e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 
385 aa  101  2e-20  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 
389 aa  96.3  8e-19  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  27.04 
 
 
389 aa  94.7  3e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  27.24 
 
 
391 aa  94  4e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 
393 aa  89.7  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  26.71 
 
 
397 aa  84.7  0.000000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  29.01 
 
 
397 aa  80.1  0.00000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  23.29 
 
 
415 aa  80.1  0.00000000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  21.75 
 
 
414 aa  76.6  0.0000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  21.18 
 
 
414 aa  73.2  0.000000000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  23.05 
 
 
438 aa  71.6  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  21.74 
 
 
419 aa  71.2  0.00000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 
397 aa  71.2  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  22.16 
 
 
426 aa  71.6  0.00000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  21.74 
 
 
415 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_813  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  24.69 
 
 
428 aa  70.1  0.00000000006  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  24.06 
 
 
382 aa  69.7  0.00000000008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  22.73 
 
 
426 aa  69.7  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  24.23 
 
 
393 aa  69.3  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  22.36 
 
 
408 aa  69.3  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0942  putative lipoprotein  23.53 
 
 
428 aa  68.9  0.0000000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0813941  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  26.8 
 
 
446 aa  68.6  0.0000000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  23.54 
 
 
383 aa  67.8  0.0000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  23.21 
 
 
381 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  26.17 
 
 
398 aa  65.9  0.000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0826  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.07 
 
 
428 aa  64.7  0.000000003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0827  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.13 
 
 
430 aa  63.9  0.000000004  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  24.61 
 
 
449 aa  63.9  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2606  Extracellular ligand-binding receptor  23.53 
 
 
373 aa  63.2  0.000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0170435  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3253  extracellular ligand-binding receptor  23.53 
 
 
373 aa  63.2  0.000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.363046 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  25.52 
 
 
399 aa  63.2  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2140  extracellular ligand-binding receptor  22.22 
 
 
382 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.250679  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0686  extracellular ligand-binding receptor  22.15 
 
 
461 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1141  extracellular ligand-binding receptor  22.22 
 
 
382 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1165  extracellular ligand-binding receptor  22.15 
 
 
461 aa  62.8  0.00000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.439455  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4277  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.46 
 
 
515 aa  62.4  0.00000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0628932  normal  0.928843 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  22.98 
 
 
382 aa  61.6  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3416  extracellular ligand-binding receptor  24.29 
 
 
383 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2807  putative periplasmic substrate-binding protein  21.89 
 
 
382 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5249  extracellular ligand-binding receptor  24.29 
 
 
383 aa  61.6  0.00000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.513235 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25 
 
 
380 aa  61.2  0.00000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  24.71 
 
 
380 aa  61.2  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1761  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.22 
 
 
467 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  23.26 
 
 
426 aa  61.2  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2434  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.55 
 
 
382 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  decreased coverage  0.00891241  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2846  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.55 
 
 
382 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0572  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  21.55 
 
 
382 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1756  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  21.55 
 
 
382 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0548138  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2747  putative periplasmic substrate-binding protein  21.55 
 
 
382 aa  60.8  0.00000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.312608  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1047  extracellular ligand-binding receptor  22.78 
 
 
382 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.545009 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6859  extracellular ligand-binding receptor  23.85 
 
 
382 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.278676  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  23.11 
 
 
373 aa  60.5  0.00000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2022  Extracellular ligand-binding receptor  22.99 
 
 
373 aa  59.7  0.00000008  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.882154  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  22.52 
 
 
440 aa  59.7  0.00000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  24.2 
 
 
379 aa  60.1  0.00000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1044  extracellular ligand-binding receptor  22.78 
 
 
382 aa  60.1  0.00000008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.483308  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  22.94 
 
 
443 aa  59.3  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  24.15 
 
 
395 aa  58.9  0.0000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  22.95 
 
 
376 aa  58.2  0.0000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4047  extracellular ligand-binding receptor  24.57 
 
 
383 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 
472 aa  58.2  0.0000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_814  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  23.76 
 
 
430 aa  57.8  0.0000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.888026  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  25.24 
 
 
445 aa  58.2  0.0000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3474  extracellular ligand-binding receptor  24.57 
 
 
383 aa  57.8  0.0000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.88 
 
 
378 aa  57.4  0.0000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  25.57 
 
 
445 aa  57.8  0.0000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  21.92 
 
 
428 aa  57.4  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2678  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.89 
 
 
383 aa  57.8  0.0000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.711671  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  23.03 
 
 
385 aa  57.8  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  20.65 
 
 
381 aa  57  0.0000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2866  periplasmic ligand binding lipoprotein  21.55 
 
 
662 aa  57.4  0.0000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.691628  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 
400 aa  57  0.0000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6407  Extracellular ligand-binding receptor  23.3 
 
 
380 aa  57  0.0000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2938  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  20.55 
 
 
383 aa  57  0.0000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.679208  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  22.13 
 
 
405 aa  57  0.0000007  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 
411 aa  57  0.0000007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  22.11 
 
 
442 aa  56.6  0.0000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  24.1 
 
 
411 aa  55.8  0.000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  24.72 
 
 
442 aa  55.5  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  26.5 
 
 
446 aa  55.1  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  23.68 
 
 
380 aa  55.5  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  23 
 
 
379 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0104  extracellular ligand-binding receptor  23 
 
 
379 aa  55.1  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  23.15 
 
 
373 aa  54.7  0.000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1539  Extracellular ligand-binding receptor  20.68 
 
 
383 aa  54.3  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  23.13 
 
 
379 aa  54.3  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  22.28 
 
 
408 aa  54.3  0.000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2120  Extracellular ligand-binding receptor  25.55 
 
 
389 aa  54.3  0.000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.671824 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  24.61 
 
 
444 aa  53.9  0.000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0943  putative lipoprotein  24.38 
 
 
430 aa  53.5  0.000007  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.083606  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0050  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  20.8 
 
 
382 aa  53.1  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.143388  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.31 
 
 
425 aa  53.5  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  21.1 
 
 
383 aa  53.5  0.000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5152  extracellular ligand-binding receptor  22.7 
 
 
383 aa  53.1  0.000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.482519  normal  0.580615 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>