187 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_1864 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_1864  branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  100 
 
 
426 aa  872    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.397842  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  69.32 
 
 
426 aa  601  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  67.83 
 
 
426 aa  599  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  65.96 
 
 
438 aa  591  1e-168  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  69.9 
 
 
426 aa  580  1e-164  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  67.89 
 
 
428 aa  555  1e-157  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  64.17 
 
 
426 aa  534  1e-151  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  65.01 
 
 
424 aa  511  1e-143  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  49.53 
 
 
408 aa  430  1e-119  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  49.17 
 
 
415 aa  431  1e-119  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  47.31 
 
 
415 aa  428  1e-119  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  47.65 
 
 
414 aa  430  1e-119  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  48.24 
 
 
419 aa  418  9.999999999999999e-116  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  46.34 
 
 
414 aa  415  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  35.84 
 
 
385 aa  227  3e-58  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  36.75 
 
 
394 aa  219  6e-56  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  35.5 
 
 
410 aa  197  4.0000000000000005e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  34.96 
 
 
420 aa  194  4e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  38.7 
 
 
403 aa  186  6e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  24.31 
 
 
397 aa  97.4  4e-19  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  24.28 
 
 
397 aa  95.1  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0942  putative lipoprotein  24.67 
 
 
428 aa  89  1e-16  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0813941  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  23.64 
 
 
397 aa  86.3  9e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 
389 aa  85.9  0.000000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  25.86 
 
 
389 aa  82.8  0.00000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 
391 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  24.22 
 
 
393 aa  77.8  0.0000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_813  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  23.53 
 
 
428 aa  77  0.0000000000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  24.74 
 
 
382 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0826  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.87 
 
 
428 aa  75.5  0.000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  23.85 
 
 
379 aa  72  0.00000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
394 aa  71.2  0.00000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  26.04 
 
 
379 aa  70.1  0.00000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  26.87 
 
 
443 aa  69.3  0.0000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  24.52 
 
 
381 aa  69.3  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  22.29 
 
 
402 aa  68.6  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.5 
 
 
380 aa  67.4  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  22.58 
 
 
404 aa  64.7  0.000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  24.11 
 
 
387 aa  63.9  0.000000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  23.53 
 
 
379 aa  63.5  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  25.35 
 
 
379 aa  62.8  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  34.12 
 
 
382 aa  61.2  0.00000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  23.61 
 
 
387 aa  60.1  0.00000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  23.46 
 
 
394 aa  60.1  0.00000007  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  29.8 
 
 
395 aa  59.7  0.00000008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  22.95 
 
 
379 aa  59.7  0.00000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  25.62 
 
 
442 aa  59.7  0.00000009  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  24.68 
 
 
381 aa  59.3  0.0000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  21.71 
 
 
389 aa  58.5  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  23.24 
 
 
397 aa  58.2  0.0000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  25.74 
 
 
447 aa  58.2  0.0000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  24.11 
 
 
437 aa  57.4  0.0000005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
398 aa  57.4  0.0000005  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 
401 aa  57  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2502  extracellular ligand-binding receptor  27.16 
 
 
399 aa  57  0.0000007  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.101059  normal  0.128771 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1848  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
389 aa  55.8  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0671771  normal  0.122571 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  24.52 
 
 
380 aa  55.5  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  35.19 
 
 
425 aa  55.1  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0514  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  26.91 
 
 
400 aa  55.5  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 
377 aa  54.3  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  21.94 
 
 
392 aa  54.3  0.000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  22.18 
 
 
380 aa  54.3  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
393 aa  53.9  0.000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  22.34 
 
 
378 aa  52.8  0.00001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  24.23 
 
 
441 aa  52.8  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  23.08 
 
 
444 aa  52  0.00002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  24.23 
 
 
441 aa  52.4  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  24.61 
 
 
444 aa  52  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  25.09 
 
 
400 aa  52  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0827  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  21 
 
 
430 aa  52.4  0.00002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3001  extracellular ligand-binding receptor  32.77 
 
 
392 aa  51.2  0.00003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  24.73 
 
 
392 aa  51.6  0.00003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  24.72 
 
 
389 aa  51.6  0.00003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  26.82 
 
 
339 aa  51.6  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 
382 aa  50.8  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5695  Extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 
382 aa  50.8  0.00004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0211011  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  30.7 
 
 
398 aa  51.2  0.00004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  27.21 
 
 
379 aa  51.2  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3756  putative substrate-binding periplasmic (pbp) ABC transporter protein  23.77 
 
 
407 aa  51.2  0.00004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.260098 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_814  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  20.8 
 
 
430 aa  50.4  0.00005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.888026  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4422  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 
384 aa  50.4  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2993  hypothetical protein  26.48 
 
 
386 aa  50.8  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  25.87 
 
 
383 aa  50.4  0.00006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  24.41 
 
 
383 aa  50.1  0.00007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1027  extracellular ligand-binding receptor  21.97 
 
 
384 aa  50.1  0.00007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000000299575  normal  0.161964 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3329  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  24.81 
 
 
398 aa  49.7  0.00009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  22.82 
 
 
381 aa  50.1  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal 
 
 
-
 
NC_002936  DET0943  putative lipoprotein  20.75 
 
 
430 aa  49.7  0.0001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.083606  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3047  extracellular ligand-binding receptor  23.6 
 
 
404 aa  49.7  0.0001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  24.04 
 
 
376 aa  49.3  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  25.35 
 
 
405 aa  49.7  0.0001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1607  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.51 
 
 
392 aa  49.7  0.0001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2936  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  23.65 
 
 
398 aa  48.5  0.0002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  23.53 
 
 
445 aa  48.9  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0198  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  23.65 
 
 
398 aa  48.9  0.0002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.352006  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4167  ABC transporter, periplasmic branched chain amino acid binding protein  27.06 
 
 
410 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  24.14 
 
 
420 aa  48.5  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3375  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.65 
 
 
398 aa  48.5  0.0002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0430  extracellular ligand-binding receptor  24.91 
 
 
445 aa  48.9  0.0002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.249043 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3991  putative amino acid uptake ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  23.65 
 
 
398 aa  48.9  0.0002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>