260 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_814 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET0943  putative lipoprotein  98.37 
 
 
430 aa  881    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.083606  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_814  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  100 
 
 
430 aa  892    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.888026  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0827  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  96.05 
 
 
430 aa  808    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0942  putative lipoprotein  69.06 
 
 
428 aa  620  1e-176  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0813941  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_813  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  69.47 
 
 
428 aa  599  1e-170  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0826  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  70.4 
 
 
428 aa  593  1e-168  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  22.43 
 
 
394 aa  93.6  6e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  24.12 
 
 
385 aa  92  2e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  26.58 
 
 
407 aa  89.7  8e-17  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  25 
 
 
404 aa  84.7  0.000000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  27.04 
 
 
411 aa  83.6  0.000000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  27.36 
 
 
411 aa  83.2  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  23.28 
 
 
395 aa  80.1  0.00000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.53 
 
 
420 aa  78.6  0.0000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  26.73 
 
 
410 aa  79  0.0000000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 
411 aa  76.6  0.0000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.08 
 
 
403 aa  75.9  0.000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  25.17 
 
 
404 aa  76.3  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 
406 aa  73.6  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  25.51 
 
 
406 aa  73.2  0.000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  22.73 
 
 
410 aa  73.2  0.000000000008  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  24.84 
 
 
371 aa  71.6  0.00000000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  23.9 
 
 
379 aa  70.9  0.00000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
411 aa  70.5  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  23.45 
 
 
398 aa  70.1  0.00000000008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  25.86 
 
 
405 aa  69.7  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1065  Extracellular ligand-binding receptor  26.46 
 
 
381 aa  69.3  0.0000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000196823  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  23.92 
 
 
406 aa  69.3  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  27.63 
 
 
378 aa  68.9  0.0000000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  26.64 
 
 
379 aa  68.6  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 
400 aa  68.6  0.0000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.92 
 
 
415 aa  68.6  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  24.62 
 
 
403 aa  67.4  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  23.77 
 
 
410 aa  67  0.0000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.5 
 
 
378 aa  66.6  0.0000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  25.17 
 
 
409 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2361  extracellular ligand-binding receptor  23.2 
 
 
383 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00517611  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  26.14 
 
 
397 aa  65.9  0.000000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  23.76 
 
 
402 aa  65.1  0.000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0533  Extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 
393 aa  64.7  0.000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000200352 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  24.06 
 
 
411 aa  64.7  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 
382 aa  64.7  0.000000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  21.62 
 
 
400 aa  64.7  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
385 aa  63.2  0.000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  25.1 
 
 
394 aa  63.2  0.000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  23.78 
 
 
410 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5154  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  23.26 
 
 
399 aa  62.8  0.00000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.210774  normal  0.0422274 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  22.35 
 
 
406 aa  63.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  26.07 
 
 
385 aa  62.8  0.00000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  23.31 
 
 
407 aa  62.4  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  23.77 
 
 
379 aa  61.2  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 
409 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2750  Extracellular ligand-binding receptor  23.55 
 
 
375 aa  60.8  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  23.56 
 
 
435 aa  60.1  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2023  Extracellular ligand-binding receptor  27.39 
 
 
415 aa  60.1  0.00000008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  25.42 
 
 
401 aa  60.1  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1620  extracellular ligand-binding receptor  24.09 
 
 
408 aa  60.1  0.00000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.294267  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3559  extracellular ligand-binding receptor  21.78 
 
 
418 aa  60.1  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0888701  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  22.15 
 
 
406 aa  60.1  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.28 
 
 
380 aa  59.7  0.00000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  23.45 
 
 
410 aa  59.7  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 
380 aa  59.3  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2254  extracellular ligand-binding receptor  22.93 
 
 
376 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  21.75 
 
 
389 aa  58.5  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1027  extracellular ligand-binding receptor  20.3 
 
 
384 aa  58.5  0.0000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000000299575  normal  0.161964 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  24.43 
 
 
409 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0472  Extracellular ligand-binding receptor  26.52 
 
 
373 aa  58.9  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.538302  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  24.1 
 
 
380 aa  58.2  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 
382 aa  58.2  0.0000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.92 
 
 
425 aa  58.2  0.0000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  21.94 
 
 
414 aa  57.8  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4242  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 
373 aa  56.6  0.0000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  0.00000000756343  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  21.58 
 
 
394 aa  56.6  0.0000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  21.32 
 
 
406 aa  56.6  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  23.3 
 
 
410 aa  56.6  0.0000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0801  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  22.36 
 
 
409 aa  55.8  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.350264  normal  0.0350726 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  25.64 
 
 
386 aa  56.2  0.000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  23.2 
 
 
405 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3768  extracellular ligand-binding receptor  26.58 
 
 
373 aa  56.2  0.000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  decreased coverage  0.000000114958  normal  0.108164 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2471  Extracellular ligand-binding receptor  24.04 
 
 
371 aa  55.1  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  22.96 
 
 
414 aa  55.5  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5889  extracellular ligand-binding receptor  22.27 
 
 
382 aa  55.5  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.59 
 
 
395 aa  55.5  0.000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  23.11 
 
 
382 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4969  extracellular ligand-binding receptor  22.49 
 
 
371 aa  54.7  0.000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.935688  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  23.15 
 
 
409 aa  55.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3194  Extracellular ligand-binding receptor  31.13 
 
 
415 aa  54.7  0.000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 
339 aa  54.7  0.000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  24 
 
 
406 aa  54.3  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0712  putative lipoprotein  22.19 
 
 
480 aa  53.9  0.000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3733  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic-binding protein  26.39 
 
 
415 aa  53.9  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  23.64 
 
 
398 aa  53.9  0.000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0834  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
373 aa  53.9  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3679  extracellular ligand-binding receptor  22.46 
 
 
407 aa  53.9  0.000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2005  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.91 
 
 
385 aa  53.9  0.000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.635473  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  26.21 
 
 
384 aa  53.5  0.000006  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4926  Extracellular ligand-binding receptor  24.14 
 
 
396 aa  53.5  0.000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000560657  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.28 
 
 
396 aa  53.5  0.000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  22.37 
 
 
392 aa  53.5  0.000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1650  extracellular ligand-binding receptor  22.42 
 
 
393 aa  53.5  0.000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>