More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_0542 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  90.49 
 
 		 410 aa  719    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  83.52 
 
 		 403 aa  642    Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  100 
 
 		 420 aa  852    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  45.48 
 
 		 394 aa  338  9.999999999999999e-92  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  37.2 
 
 		 426 aa  210  4e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  35.84 
 
 		 385 aa  210  4e-53  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  36 
 
 		 426 aa  209  7e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  35.16 
 
 		 438 aa  204  2e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  33.7 
 
 		 408 aa  196  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  35.33 
 
 		 426 aa  189  5.999999999999999e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  36.24 
 
 		 428 aa  189  8e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  33.79 
 
 		 426 aa  182  9.000000000000001e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  30.11 
 
 		 414 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  30.34 
 
 		 414 aa  169  7e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  30.25 
 
 		 415 aa  168  1e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  34.06 
 
 		 424 aa  168  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  30.14 
 
 		 415 aa  168  2e-40  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1864  branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  34.96 
 
 		 426 aa  157  4e-37  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.397842  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  30.16 
 
 		 419 aa  152  8.999999999999999e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 		 389 aa  132  7.999999999999999e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  25.9 
 
 		 389 aa  131  2.0000000000000002e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 		 393 aa  129  7.000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  25.38 
 
 		 391 aa  124  4e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 		 397 aa  123  5e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  30.37 
 
 		 398 aa  122  1.9999999999999998e-26  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1520  extracellular ligand-binding receptor  29.84 
 
 		 381 aa  116  7.999999999999999e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.657552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  27.25 
 
 		 392 aa  108  2e-22  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  27.57 
 
 		 425 aa  108  2e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 		 397 aa  108  2e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  26.81 
 
 		 397 aa  107  4e-22  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 		 388 aa  106  7e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  29.89 
 
 		 381 aa  105  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  30.53 
 
 		 380 aa  105  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  26.74 
 
 		 402 aa  104  3e-21  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0942  putative lipoprotein  25.81 
 
 		 428 aa  103  5e-21  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0813941  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  26.13 
 
 		 404 aa  102  9e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  29.07 
 
 		 379 aa  102  9e-21  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  25.98 
 
 		 394 aa  102  1e-20  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  27.59 
 
 		 443 aa  101  3e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_813  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  25.81 
 
 		 428 aa  99.4  1e-19  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0826  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.54 
 
 		 428 aa  97.8  3e-19  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  25.79 
 
 		 387 aa  97.8  3e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  28 
 
 		 379 aa  97.1  6e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.8 
 
 		 378 aa  95.5  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  26.68 
 
 		 381 aa  96.3  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  25.58 
 
 		 387 aa  95.1  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 		 380 aa  95.5  2e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  26.68 
 
 		 379 aa  94.7  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0680  extracellular ligand-binding receptor  27.35 
 
 		 399 aa  94.7  3e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 		 379 aa  93.2  8e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  26.26 
 
 		 437 aa  92.4  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 		 393 aa  91.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  23.99 
 
 		 418 aa  92  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5396  extracellular ligand-binding receptor  24.93 
 
 		 378 aa  90.5  5e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  25.99 
 
 		 446 aa  90.5  5e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  28.12 
 
 		 378 aa  90.1  6e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  25.37 
 
 		 400 aa  90.1  7e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  26.12 
 
 		 442 aa  89.7  8e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.4 
 
 		 380 aa  89  1e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  23.85 
 
 		 389 aa  89.4  1e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 		 394 aa  88.6  2e-16  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 408 aa  89  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 		 411 aa  88.6  2e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22980  amino acid-binding protein  26.43 
 
 		 434 aa  88.2  2e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0512293  normal  0.104714 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0893  extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 		 396 aa  88.2  2e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  28.49 
 
 		 379 aa  88.6  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  25.13 
 
 		 446 aa  87.4  4e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1404  Extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 		 383 aa  87.8  4e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.11568  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  26.26 
 
 		 389 aa  87.4  4e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  26.68 
 
 		 379 aa  87.4  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2019  extracellular ligand-binding receptor  28.9 
 
 		 374 aa  87  6e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.288201 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  27.23 
 
 		 407 aa  87  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0833  extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 		 383 aa  85.9  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000252201  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 		 386 aa  86.3  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  26.58 
 
 		 444 aa  86.3  0.000000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  27.51 
 
 		 386 aa  85.9  0.000000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0768  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 		 380 aa  85.5  0.000000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.567193 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.87 
 
 		 466 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  24.93 
 
 		 429 aa  85.5  0.000000000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  23.95 
 
 		 379 aa  85.1  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  24.57 
 
 		 392 aa  84.3  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1221  Extracellular ligand-binding receptor  26.2 
 
 		 472 aa  84  0.000000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0653937 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  25.73 
 
 		 393 aa  84.3  0.000000000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 		 411 aa  84  0.000000000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  26.65 
 
 		 404 aa  83.6  0.000000000000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  25.47 
 
 		 457 aa  83.6  0.000000000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  25.67 
 
 		 400 aa  83.2  0.000000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  26.11 
 
 		 409 aa  83.2  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 		 411 aa  82.4  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  26.39 
 
 		 379 aa  81.6  0.00000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2148  extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 		 390 aa  81.6  0.00000000000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  26.85 
 
 		 382 aa  81.3  0.00000000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  25.2 
 
 		 457 aa  81.3  0.00000000000003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  24.36 
 
 		 398 aa  81.3  0.00000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  25.07 
 
 		 443 aa  80.9  0.00000000000004  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  24.67 
 
 		 444 aa  80.5  0.00000000000005  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2864  Leu/Ile/Val-binding signal peptide protein  26.67 
 
 		 385 aa  80.5  0.00000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.110112  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2020  extracellular ligand-binding receptor  28.39 
 
 		 384 aa  80.1  0.00000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.168799 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  26.7 
 
 		 409 aa  80.5  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  25.59 
 
 		 410 aa  80.1  0.00000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>