229 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_3413 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  100 
 
 		 419 aa  872    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  78.69 
 
 		 415 aa  704    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  85.19 
 
 		 415 aa  739    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  80.92 
 
 		 414 aa  717    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  69.32 
 
 		 414 aa  619  1e-176  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  62.17 
 
 		 408 aa  550  1e-155  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  51.41 
 
 		 438 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  49.88 
 
 		 426 aa  439  9.999999999999999e-123  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  51.21 
 
 		 426 aa  432  1e-120  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  52.99 
 
 		 426 aa  429  1e-119  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  51.87 
 
 		 426 aa  427  1e-118  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  51.49 
 
 		 428 aa  409  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  51.24 
 
 		 424 aa  402  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1864  branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  47.54 
 
 		 426 aa  388  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.397842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  38.08 
 
 		 385 aa  259  4e-68  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  31.22 
 
 		 394 aa  193  6e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.95 
 
 		 403 aa  169  8e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.16 
 
 		 420 aa  169  9e-41  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.56 
 
 		 410 aa  167  4e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  23.45 
 
 		 397 aa  94  4e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  26.34 
 
 		 443 aa  84  0.000000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  24.26 
 
 		 389 aa  82.8  0.00000000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  23.38 
 
 		 389 aa  82.4  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  27.11 
 
 		 444 aa  77.4  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  22.05 
 
 		 402 aa  75.9  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  21.13 
 
 		 404 aa  75.5  0.000000000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 		 397 aa  74.3  0.000000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  26.11 
 
 		 437 aa  73.6  0.000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  23.7 
 
 		 397 aa  72.8  0.000000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  25.46 
 
 		 442 aa  72  0.00000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  22.01 
 
 		 391 aa  71.2  0.00000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  24.62 
 
 		 441 aa  69.7  0.00000000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  24.62 
 
 		 441 aa  69.3  0.0000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  20.86 
 
 		 393 aa  67  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  31.74 
 
 		 382 aa  65.9  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  24.88 
 
 		 441 aa  65.9  0.000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  30.5 
 
 		 398 aa  64.3  0.000000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  21.76 
 
 		 379 aa  62  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  28.16 
 
 		 373 aa  61.2  0.00000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  23.3 
 
 		 440 aa  59.7  0.0000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  23.06 
 
 		 379 aa  58.5  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  30.25 
 
 		 377 aa  57.8  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  26.67 
 
 		 379 aa  57.4  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0932  Extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 		 376 aa  57.8  0.0000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.000000000568006  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  22.97 
 
 		 447 aa  57.8  0.0000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  24.09 
 
 		 438 aa  57.4  0.0000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  24.81 
 
 		 443 aa  57  0.0000006  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  23.22 
 
 		 445 aa  56.2  0.0000009  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  24.42 
 
 		 426 aa  56.2  0.0000009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  23.25 
 
 		 415 aa  55.1  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1661  hypothetical protein  26.83 
 
 		 430 aa  55.5  0.000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429909  normal  0.749387 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  21.63 
 
 		 380 aa  54.7  0.000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  27.15 
 
 		 377 aa  54.7  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  22.06 
 
 		 400 aa  54.7  0.000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.02 
 
 		 429 aa  54.7  0.000003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0942  putative lipoprotein  21.93 
 
 		 428 aa  54.3  0.000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0813941  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.33 
 
 		 425 aa  54.3  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  24.26 
 
 		 381 aa  53.9  0.000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  25.69 
 
 		 382 aa  53.9  0.000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  20.36 
 
 		 394 aa  53.5  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 		 379 aa  53.5  0.000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1891  branched-chain amino acid ABC transporter periplasmic protein  23.37 
 
 		 395 aa  53.5  0.000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  21.78 
 
 		 392 aa  53.1  0.000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  30.37 
 
 		 379 aa  53.1  0.000008  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 		 388 aa  53.1  0.000009  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  26.79 
 
 		 388 aa  53.1  0.000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  22.67 
 
 		 394 aa  53.1  0.000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  25.14 
 
 		 382 aa  52.4  0.00001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 		 407 aa  52.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  21.93 
 
 		 389 aa  53.1  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5833  extracellular ligand-binding receptor  23.6 
 
 		 382 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00373072 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  24.5 
 
 		 398 aa  51.6  0.00002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0756  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  22.37 
 
 		 420 aa  52  0.00002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2361  extracellular ligand-binding receptor  24.1 
 
 		 383 aa  52.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00517611  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  23.48 
 
 		 445 aa  52.4  0.00002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4482  extracellular ligand-binding receptor  21.53 
 
 		 371 aa  52  0.00002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1282  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 406 aa  52.4  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0780459  normal  0.651455 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  30.71 
 
 		 403 aa  51.6  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  21.92 
 
 		 384 aa  51.2  0.00003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1184  Extracellular ligand-binding receptor  33.73 
 
 		 370 aa  51.2  0.00003  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.333329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  20.65 
 
 		 379 aa  51.6  0.00003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  24.47 
 
 		 426 aa  51.6  0.00003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0752  extracellular ligand-binding receptor  26.12 
 
 		 405 aa  50.8  0.00004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.284007  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  24.85 
 
 		 379 aa  50.8  0.00004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  24.23 
 
 		 378 aa  50.4  0.00005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  25.76 
 
 		 401 aa  50.4  0.00005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  24.7 
 
 		 441 aa  50.8  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03309  leucine/isoleucine/valine transporter subunit  39.56 
 
 		 367 aa  50.4  0.00006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0255  Extracellular ligand-binding receptor  39.56 
 
 		 367 aa  50.4  0.00006  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4780  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  39.56 
 
 		 367 aa  50.4  0.00006  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  24.24 
 
 		 393 aa  50.4  0.00006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0963  putative ABC-type branched-chain amino acid transport system, periplasmic component  28.17 
 
 		 517 aa  50.4  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3743  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  39.56 
 
 		 367 aa  50.4  0.00006  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03262  hypothetical protein  39.56 
 
 		 367 aa  50.4  0.00006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2059  Extracellular ligand-binding receptor  29.5 
 
 		 375 aa  50.4  0.00006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0558608  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0256  extracellular ligand-binding receptor  39.56 
 
 		 367 aa  50.4  0.00006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 		 411 aa  50.4  0.00006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3862  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  39.56 
 
 		 367 aa  50.4  0.00006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3942  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  39.56 
 
 		 367 aa  50.4  0.00006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3659  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic Leu/Ile/Val-binding protein LivJ  39.56 
 
 		 367 aa  50.4  0.00006  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>