83 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_2547 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  100 
 
 		 429 aa  871    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  81.65 
 
 		 457 aa  721    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  84.11 
 
 		 454 aa  715    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  81.41 
 
 		 457 aa  721    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  69.44 
 
 		 444 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  69.44 
 
 		 444 aa  605  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  68.37 
 
 		 446 aa  582  1.0000000000000001e-165  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  64.01 
 
 		 449 aa  570  1e-161  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  64.65 
 
 		 446 aa  562  1.0000000000000001e-159  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  64.16 
 
 		 466 aa  561  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  63.92 
 
 		 446 aa  558  1e-158  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  62.2 
 
 		 442 aa  520  1e-146  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  59.85 
 
 		 444 aa  521  1e-146  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  56.9 
 
 		 443 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  55.97 
 
 		 441 aa  483  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  55.97 
 
 		 441 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  56.93 
 
 		 441 aa  476  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  56.93 
 
 		 441 aa  469  1.0000000000000001e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  52.69 
 
 		 444 aa  434  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  49.88 
 
 		 455 aa  407  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  50.23 
 
 		 447 aa  404  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  48.02 
 
 		 440 aa  396  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  48.17 
 
 		 445 aa  387  1e-106  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  47.43 
 
 		 445 aa  385  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  46.12 
 
 		 441 aa  385  1e-105  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  45 
 
 		 441 aa  371  1e-101  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  43.49 
 
 		 443 aa  339  5.9999999999999996e-92  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  44.26 
 
 		 440 aa  339  7e-92  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  42.49 
 
 		 442 aa  337  1.9999999999999998e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  41.45 
 
 		 443 aa  334  2e-90  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  42.17 
 
 		 441 aa  333  3e-90  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  42.17 
 
 		 441 aa  332  6e-90  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  40.98 
 
 		 437 aa  328  8e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  40.89 
 
 		 444 aa  317  3e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  40.53 
 
 		 438 aa  316  6e-85  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  41.09 
 
 		 440 aa  314  1.9999999999999998e-84  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  41.91 
 
 		 429 aa  314  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  41.91 
 
 		 426 aa  312  9e-84  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  40.83 
 
 		 426 aa  306  3e-82  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.18 
 
 		 429 aa  306  5.0000000000000004e-82  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.18 
 
 		 429 aa  306  6e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  41.32 
 
 		 427 aa  301  2e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  38.12 
 
 		 450 aa  273  5.000000000000001e-72  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  34.31 
 
 		 444 aa  194  3e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32.32 
 
 		 438 aa  186  6e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  30.87 
 
 		 418 aa  169  7e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  26.69 
 
 		 394 aa  97.1  6e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.31 
 
 		 403 aa  87.4  5e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.13 
 
 		 410 aa  85.1  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.93 
 
 		 420 aa  85.1  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  25.53 
 
 		 389 aa  78.6  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 		 389 aa  72  0.00000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  24.26 
 
 		 393 aa  65.1  0.000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  23.78 
 
 		 397 aa  64.7  0.000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  24.19 
 
 		 385 aa  63.5  0.000000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  24.4 
 
 		 391 aa  62.8  0.00000001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  24.75 
 
 		 397 aa  61.2  0.00000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  25.59 
 
 		 414 aa  58.5  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  22.88 
 
 		 397 aa  58.2  0.0000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  24.78 
 
 		 410 aa  56.6  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  22.72 
 
 		 426 aa  54.3  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  24.93 
 
 		 414 aa  53.5  0.000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  23.48 
 
 		 426 aa  52.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  24.89 
 
 		 411 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  30.15 
 
 		 410 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  29.41 
 
 		 411 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  25.22 
 
 		 411 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 		 411 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  28.68 
 
 		 404 aa  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  31.65 
 
 		 407 aa  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  23.35 
 
 		 415 aa  48.1  0.0003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  25.75 
 
 		 409 aa  47.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  22.78 
 
 		 426 aa  47.4  0.0005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  25.31 
 
 		 402 aa  47.4  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  22.99 
 
 		 408 aa  47  0.0007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 		 410 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  21.88 
 
 		 425 aa  45.4  0.002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  24.89 
 
 		 409 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  25.33 
 
 		 410 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  24.6 
 
 		 384 aa  45.1  0.003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  21.66 
 
 		 402 aa  44.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  23.91 
 
 		 409 aa  44.3  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  25.65 
 
 		 409 aa  43.1  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>