192 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_1556 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  100 
 
 		 426 aa  865    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  88.73 
 
 		 438 aa  784    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  94.13 
 
 		 426 aa  829    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  95.07 
 
 		 426 aa  812    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  85.51 
 
 		 428 aa  717    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  71.46 
 
 		 426 aa  596  1e-169  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  70.82 
 
 		 424 aa  581  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1864  branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  68.62 
 
 		 426 aa  543  1e-153  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.397842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  51.52 
 
 		 414 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  50.59 
 
 		 415 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  50.47 
 
 		 415 aa  440  9.999999999999999e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  49.65 
 
 		 408 aa  435  1e-121  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  50.59 
 
 		 419 aa  427  1e-118  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  47.54 
 
 		 414 aa  423  1e-117  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  37.04 
 
 		 385 aa  234  3e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  35.92 
 
 		 394 aa  211  3e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  35.33 
 
 		 410 aa  203  4e-51  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  35.33 
 
 		 420 aa  200  3e-50  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.7 
 
 		 403 aa  194  3e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 		 397 aa  97.1  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 		 389 aa  93.6  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 		 391 aa  89.7  9e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 		 389 aa  83.6  0.000000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  25.8 
 
 		 393 aa  83.2  0.000000000000008  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  23.58 
 
 		 397 aa  77.4  0.0000000000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  23.47 
 
 		 397 aa  75.5  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  23.26 
 
 		 402 aa  74.3  0.000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  22.93 
 
 		 404 aa  73.9  0.000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  25.06 
 
 		 443 aa  73.2  0.000000000008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  26.34 
 
 		 382 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  24.91 
 
 		 379 aa  71.6  0.00000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  22.66 
 
 		 379 aa  69.7  0.00000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  24.93 
 
 		 442 aa  67.8  0.0000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_002936  DET0942  putative lipoprotein  21.6 
 
 		 428 aa  67.4  0.0000000004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0813941  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  24.03 
 
 		 381 aa  64.7  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.26 
 
 		 378 aa  64.3  0.000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  23.86 
 
 		 379 aa  63.2  0.000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  25.63 
 
 		 437 aa  63.2  0.000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  24.61 
 
 		 444 aa  62.8  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  23.79 
 
 		 457 aa  61.6  0.00000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  22.19 
 
 		 379 aa  61.6  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  22.22 
 
 		 387 aa  62.4  0.00000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  25.22 
 
 		 447 aa  62  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  23.79 
 
 		 457 aa  62.4  0.00000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_813  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  21.6 
 
 		 428 aa  60.5  0.00000005  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  24.32 
 
 		 400 aa  60.1  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  23.3 
 
 		 387 aa  59.3  0.0000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  23.94 
 
 		 386 aa  58.2  0.0000003  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  25.32 
 
 		 400 aa  57.8  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  23.97 
 
 		 401 aa  57.4  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  31.5 
 
 		 410 aa  57  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0826  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  21.12 
 
 		 428 aa  57  0.0000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  22.78 
 
 		 429 aa  57  0.0000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  29.01 
 
 		 382 aa  55.8  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  32.05 
 
 		 382 aa  55.8  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0378  extracellular ligand-binding receptor  24.62 
 
 		 396 aa  56.2  0.000001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.432032 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  23.94 
 
 		 441 aa  56.2  0.000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  32 
 
 		 410 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  23.94 
 
 		 441 aa  55.5  0.000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  21.79 
 
 		 454 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  22.49 
 
 		 401 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  28.79 
 
 		 407 aa  54.7  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  23.37 
 
 		 395 aa  54.7  0.000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  32.99 
 
 		 410 aa  54.3  0.000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  25.26 
 
 		 379 aa  53.9  0.000005  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  27.21 
 
 		 377 aa  53.9  0.000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  26.88 
 
 		 415 aa  53.5  0.000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  23.26 
 
 		 443 aa  53.5  0.000008  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  22.75 
 
 		 421 aa  53.5  0.000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  23.21 
 
 		 440 aa  53.5  0.000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  20.28 
 
 		 380 aa  53.1  0.000009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 		 394 aa  53.1  0.000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  22.46 
 
 		 392 aa  53.1  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  24.52 
 
 		 444 aa  52.8  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  24.68 
 
 		 405 aa  52.8  0.00001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.5 
 
 		 441 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0376  extracellular ligand-binding receptor  24.21 
 
 		 381 aa  52  0.00002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000374663  hitchhiker  0.000123514 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  24.91 
 
 		 427 aa  52  0.00002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3633  Extracellular ligand-binding receptor  31.96 
 
 		 402 aa  51.6  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0834  extracellular ligand-binding receptor  26.87 
 
 		 373 aa  51.6  0.00003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  24.22 
 
 		 441 aa  50.8  0.00004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  24.26 
 
 		 405 aa  50.8  0.00004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  21.53 
 
 		 389 aa  51.2  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  21.48 
 
 		 380 aa  50.8  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1725  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  30.77 
 
 		 393 aa  50.8  0.00005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  31.2 
 
 		 437 aa  50.8  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  25.35 
 
 		 378 aa  50.8  0.00005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  21.69 
 
 		 379 aa  50.4  0.00006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  22.12 
 
 		 441 aa  50.4  0.00006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  25.39 
 
 		 406 aa  50.4  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  32.17 
 
 		 398 aa  50.1  0.00007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  22.54 
 
 		 443 aa  50.1  0.00007  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  23.1 
 
 		 409 aa  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  29 
 
 		 405 aa  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  27.22 
 
 		 394 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  31 
 
 		 410 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  22.64 
 
 		 420 aa  49.7  0.0001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  27.68 
 
 		 404 aa  49.7  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4684  extracellular ligand-binding receptor  32.69 
 
 		 406 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  22.91 
 
 		 394 aa  48.9  0.0002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>