130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_3611 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  82.58 
 
 		 437 aa  777    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  72.13 
 
 		 444 aa  657    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  100 
 
 		 442 aa  907    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  85.97 
 
 		 441 aa  793    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  80.54 
 
 		 443 aa  748    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  79.01 
 
 		 443 aa  725    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  86.2 
 
 		 441 aa  795    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  59.73 
 
 		 440 aa  551  1e-156  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  58.91 
 
 		 440 aa  531  1e-150  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  60.54 
 
 		 438 aa  528  1e-149  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  57.52 
 
 		 441 aa  511  1e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  49.39 
 
 		 445 aa  402  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  47.48 
 
 		 440 aa  400  9.999999999999999e-111  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  48.19 
 
 		 441 aa  401  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  44.8 
 
 		 444 aa  392  1e-108  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  46.86 
 
 		 445 aa  391  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  44.77 
 
 		 447 aa  389  1e-107  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  44.04 
 
 		 455 aa  382  1e-105  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  47.24 
 
 		 443 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  47.47 
 
 		 441 aa  375  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  46.38 
 
 		 441 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  46.73 
 
 		 441 aa  372  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  45.05 
 
 		 429 aa  372  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  46.15 
 
 		 441 aa  372  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  43.02 
 
 		 427 aa  365  1e-99  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  43.86 
 
 		 444 aa  365  1e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  44.31 
 
 		 429 aa  364  2e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  44.31 
 
 		 429 aa  364  2e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  42.86 
 
 		 444 aa  361  1e-98  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  44.8 
 
 		 426 aa  361  2e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  43.31 
 
 		 444 aa  361  2e-98  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  43.4 
 
 		 446 aa  357  1.9999999999999998e-97  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  44.2 
 
 		 426 aa  354  1e-96  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  43.98 
 
 		 457 aa  350  4e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  44.32 
 
 		 457 aa  350  4e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  43.96 
 
 		 446 aa  347  2e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  42.3 
 
 		 429 aa  340  2.9999999999999998e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  41.63 
 
 		 466 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  43.58 
 
 		 454 aa  337  2.9999999999999997e-91  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  39.81 
 
 		 449 aa  336  3.9999999999999995e-91  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  41.63 
 
 		 446 aa  336  5e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  41.97 
 
 		 442 aa  323  5e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  41.75 
 
 		 450 aa  320  3.9999999999999996e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.79 
 
 		 438 aa  204  4e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  31.56 
 
 		 418 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  31.06 
 
 		 444 aa  197  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  29.18 
 
 		 394 aa  127  3e-28  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  27.11 
 
 		 385 aa  97.4  5e-19  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  26.12 
 
 		 389 aa  93.6  6e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.12 
 
 		 420 aa  89.7  9e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.33 
 
 		 410 aa  89  1e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 		 391 aa  88.6  2e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 		 393 aa  88.2  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  23.61 
 
 		 397 aa  84  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.35 
 
 		 403 aa  80.5  0.00000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  23.61 
 
 		 389 aa  80.1  0.00000000000007  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  24.36 
 
 		 414 aa  79.7  0.0000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  23.8 
 
 		 415 aa  79.3  0.0000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  24.23 
 
 		 414 aa  73.2  0.000000000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  26.5 
 
 		 408 aa  72.4  0.00000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  24.66 
 
 		 397 aa  71.2  0.00000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  27.8 
 
 		 379 aa  70.5  0.00000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  23.54 
 
 		 415 aa  70.1  0.00000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  23.99 
 
 		 419 aa  69.3  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26.23 
 
 		 426 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  26.94 
 
 		 426 aa  68.2  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  23.64 
 
 		 397 aa  67.8  0.0000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  27.65 
 
 		 379 aa  67  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  26.14 
 
 		 379 aa  65.1  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  27.5 
 
 		 379 aa  65.9  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  26.14 
 
 		 379 aa  63.9  0.000000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  28.07 
 
 		 378 aa  63.5  0.000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  28.12 
 
 		 410 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  23.33 
 
 		 384 aa  60.8  0.00000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26.17 
 
 		 438 aa  60.5  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26.29 
 
 		 424 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  25.34 
 
 		 426 aa  57.8  0.0000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  26.36 
 
 		 382 aa  57.8  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 		 406 aa  57  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1559  Extracellular ligand-binding receptor  27.8 
 
 		 386 aa  57  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  22.11 
 
 		 402 aa  56.6  0.0000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  22.89 
 
 		 410 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2148  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 390 aa  56.2  0.000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.55 
 
 		 380 aa  55.8  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  25.48 
 
 		 428 aa  55.5  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  26.63 
 
 		 406 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  22.89 
 
 		 411 aa  55.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  23.31 
 
 		 426 aa  54.3  0.000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  27.22 
 
 		 381 aa  54.7  0.000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 394 aa  53.9  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  21.92 
 
 		 425 aa  53.5  0.000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  29.85 
 
 		 406 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  26.49 
 
 		 411 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  23.68 
 
 		 378 aa  51.2  0.00003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  24.68 
 
 		 402 aa  51.6  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  22.98 
 
 		 379 aa  51.2  0.00004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  28.47 
 
 		 404 aa  50.8  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 		 415 aa  50.8  0.00005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  27.74 
 
 		 410 aa  50.1  0.00008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 		 382 aa  49.7  0.00009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>