78 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3002 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  73.3 
 
 
444 aa  651    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  99.1 
 
 
446 aa  912    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  100 
 
 
466 aa  962    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  73.06 
 
 
444 aa  650    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  84.06 
 
 
446 aa  743    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  71.49 
 
 
446 aa  650    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  68.99 
 
 
442 aa  592  1e-168  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  65.78 
 
 
449 aa  594  1e-168  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  64.16 
 
 
429 aa  561  1e-158  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  63.26 
 
 
457 aa  549  1e-155  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  63.26 
 
 
454 aa  550  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  63.02 
 
 
457 aa  547  1e-154  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  58.89 
 
 
444 aa  528  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  54.37 
 
 
443 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  56.28 
 
 
441 aa  475  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  55.4 
 
 
441 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  55.4 
 
 
441 aa  476  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  53.86 
 
 
441 aa  464  1e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  49.43 
 
 
447 aa  414  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  48.45 
 
 
441 aa  410  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  48.24 
 
 
444 aa  409  1e-113  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  49.27 
 
 
455 aa  406  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  47.07 
 
 
445 aa  399  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  46.29 
 
 
440 aa  396  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  46.25 
 
 
445 aa  393  1e-108  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  47.22 
 
 
441 aa  387  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  43.62 
 
 
443 aa  342  9e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  42.26 
 
 
443 aa  338  8e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  42.28 
 
 
442 aa  335  9e-91  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  41.96 
 
 
440 aa  333  5e-90  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  41.9 
 
 
437 aa  330  2e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  41.25 
 
 
441 aa  328  1.0000000000000001e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  42.49 
 
 
440 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  41.25 
 
 
441 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  41.19 
 
 
444 aa  327  2.0000000000000001e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  38.93 
 
 
438 aa  310  4e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  41.67 
 
 
429 aa  307  2.0000000000000002e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  40.44 
 
 
426 aa  304  2.0000000000000002e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.18 
 
 
429 aa  301  2e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.18 
 
 
429 aa  301  2e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  40.79 
 
 
426 aa  296  5e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  38.79 
 
 
427 aa  272  9e-72  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  39.7 
 
 
450 aa  266  8e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32.34 
 
 
444 aa  184  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  33.59 
 
 
418 aa  184  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.09 
 
 
438 aa  182  1e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  26.13 
 
 
394 aa  98.2  3e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.87 
 
 
420 aa  85.5  0.000000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.87 
 
 
410 aa  85.9  0.000000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.67 
 
 
403 aa  78.2  0.0000000000003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  24.23 
 
 
389 aa  74.3  0.000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  23.04 
 
 
389 aa  71.6  0.00000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  23.26 
 
 
385 aa  66.2  0.000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  23.02 
 
 
397 aa  63.9  0.000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  23.17 
 
 
393 aa  63.5  0.000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 
391 aa  63.2  0.000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  22.22 
 
 
410 aa  57.4  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  24.87 
 
 
402 aa  53.1  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  24.35 
 
 
403 aa  51.6  0.00003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  24.42 
 
 
404 aa  51.2  0.00004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
370 aa  50.4  0.00006  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  22.85 
 
 
414 aa  50.4  0.00007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  22.28 
 
 
411 aa  49.3  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  23.91 
 
 
424 aa  45.8  0.001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.89 
 
 
395 aa  46.2  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  23.61 
 
 
428 aa  46.6  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  23.51 
 
 
426 aa  45.1  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  22.28 
 
 
411 aa  45.8  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  22.02 
 
 
409 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  22.87 
 
 
409 aa  45.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  21.22 
 
 
411 aa  45.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  21.78 
 
 
407 aa  45.1  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  23.76 
 
 
407 aa  44.3  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.25 
 
 
425 aa  43.9  0.006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  21.95 
 
 
410 aa  43.9  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  23.06 
 
 
398 aa  43.5  0.008  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  23.56 
 
 
397 aa  43.5  0.008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  23.43 
 
 
397 aa  43.1  0.009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>