163 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5010 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  82.81 
 
 		 443 aa  740    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  77.38 
 
 		 437 aa  718    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  100 
 
 		 443 aa  908    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  82.97 
 
 		 442 aa  735    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  80.09 
 
 		 441 aa  726    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  80.32 
 
 		 441 aa  728    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  68.24 
 
 		 444 aa  632  1e-180  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  64.94 
 
 		 438 aa  551  1e-156  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  60.63 
 
 		 440 aa  551  1e-155  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  58.75 
 
 		 440 aa  528  1e-148  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  59.08 
 
 		 441 aa  505  9.999999999999999e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  48.41 
 
 		 445 aa  393  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  48.31 
 
 		 441 aa  393  1e-108  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  45.35 
 
 		 440 aa  390  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  46.79 
 
 		 445 aa  389  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  46.92 
 
 		 443 aa  378  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  48.18 
 
 		 441 aa  378  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  46.62 
 
 		 441 aa  374  1e-102  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  45.6 
 
 		 441 aa  369  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  43.02 
 
 		 444 aa  369  1e-101  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  44.66 
 
 		 444 aa  370  1e-101  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  44.57 
 
 		 447 aa  367  1e-100  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  45.15 
 
 		 441 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  43.62 
 
 		 455 aa  363  3e-99  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  44.55 
 
 		 429 aa  359  5e-98  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  46.28 
 
 		 446 aa  358  9.999999999999999e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  44.55 
 
 		 444 aa  354  2e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  44.55 
 
 		 444 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  45.9 
 
 		 457 aa  352  1e-95  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  43.28 
 
 		 427 aa  352  1e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  44.44 
 
 		 446 aa  351  2e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  45.43 
 
 		 457 aa  349  5e-95  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  45.3 
 
 		 426 aa  348  9e-95  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  44.08 
 
 		 446 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.82 
 
 		 429 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.82 
 
 		 429 aa  343  2.9999999999999997e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  43.62 
 
 		 466 aa  342  8e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  43.21 
 
 		 426 aa  341  1e-92  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  44.9 
 
 		 454 aa  339  5.9999999999999996e-92  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  43.49 
 
 		 429 aa  339  5.9999999999999996e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  41.06 
 
 		 449 aa  330  3e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  42 
 
 		 450 aa  323  3e-87  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  42.3 
 
 		 442 aa  313  4.999999999999999e-84  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  33.24 
 
 		 418 aa  206  5e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  29.34 
 
 		 438 aa  186  9e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.28 
 
 		 444 aa  183  6e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  29.73 
 
 		 394 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 		 391 aa  105  2e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.59 
 
 		 420 aa  101  3e-20  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  24.41 
 
 		 397 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  25.66 
 
 		 389 aa  95.9  1e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  27.32 
 
 		 410 aa  95.9  1e-18  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  25.51 
 
 		 393 aa  95.9  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.98 
 
 		 403 aa  91.7  2e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 		 385 aa  91.3  3e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  25.69 
 
 		 414 aa  88.6  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  24.47 
 
 		 415 aa  85.5  0.000000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  22.61 
 
 		 389 aa  84.3  0.000000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  25.55 
 
 		 419 aa  82.8  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  24.55 
 
 		 414 aa  81.3  0.00000000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  26.76 
 
 		 415 aa  80.5  0.00000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  27.39 
 
 		 408 aa  80.1  0.00000000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  25.09 
 
 		 397 aa  77.4  0.0000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  24.89 
 
 		 397 aa  76.3  0.000000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  28.15 
 
 		 379 aa  73.2  0.000000000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  30.54 
 
 		 379 aa  72.4  0.00000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26.49 
 
 		 426 aa  70.9  0.00000000005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  24.57 
 
 		 426 aa  69.7  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  25.06 
 
 		 438 aa  68.6  0.0000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  29.15 
 
 		 379 aa  68.2  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  29.87 
 
 		 378 aa  67.4  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  24.63 
 
 		 424 aa  65.9  0.000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  24.61 
 
 		 426 aa  66.2  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  23.53 
 
 		 410 aa  63.2  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  27.4 
 
 		 381 aa  62.4  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  23.94 
 
 		 426 aa  61.6  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  26.83 
 
 		 411 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  28.12 
 
 		 404 aa  61.2  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  26.83 
 
 		 411 aa  60.1  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  21.7 
 
 		 425 aa  59.7  0.00000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  26.83 
 
 		 411 aa  60.1  0.00000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.72 
 
 		 380 aa  59.7  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  25.25 
 
 		 382 aa  59.7  0.0000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  22.94 
 
 		 402 aa  59.3  0.0000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2148  extracellular ligand-binding receptor  23.25 
 
 		 390 aa  58.9  0.0000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  27.86 
 
 		 415 aa  58.9  0.0000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 		 406 aa  58.5  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  27.16 
 
 		 379 aa  58.2  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  24.04 
 
 		 404 aa  58.2  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  28.45 
 
 		 379 aa  57.8  0.0000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  24.48 
 
 		 379 aa  57  0.0000007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  23 
 
 		 410 aa  56.6  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  23 
 
 		 411 aa  56.6  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  24.08 
 
 		 395 aa  55.8  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  24.16 
 
 		 428 aa  55.8  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3540  extracellular ligand-binding receptor  22.1 
 
 		 377 aa  55.1  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.229705  normal  0.129038 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  29.29 
 
 		 407 aa  55.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  29.32 
 
 		 406 aa  55.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  22.64 
 
 		 384 aa  54.7  0.000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  25.25 
 
 		 394 aa  54.3  0.000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>