130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17025_2221 on replicon NC_009428
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  91.61 
 
 
429 aa  790    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  76.79 
 
 
426 aa  664    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  91.38 
 
 
429 aa  789    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  100 
 
 
429 aa  882    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  70.63 
 
 
426 aa  621  1e-177  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  65.97 
 
 
427 aa  605  9.999999999999999e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  67.16 
 
 
450 aa  564  1.0000000000000001e-159  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  49.88 
 
 
441 aa  404  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  45.73 
 
 
443 aa  385  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  46.81 
 
 
440 aa  376  1e-103  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  44.94 
 
 
442 aa  372  1e-102  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  43.91 
 
 
441 aa  372  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  43.91 
 
 
441 aa  374  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  43.35 
 
 
443 aa  363  4e-99  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  45.79 
 
 
445 aa  358  7e-98  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  42.36 
 
 
437 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  43.87 
 
 
444 aa  358  9.999999999999999e-98  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  46.42 
 
 
438 aa  358  9.999999999999999e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  43.84 
 
 
440 aa  353  2.9999999999999997e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  44.28 
 
 
445 aa  351  2e-95  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  44.63 
 
 
440 aa  350  4e-95  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  43.54 
 
 
441 aa  348  7e-95  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  46.19 
 
 
443 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  42.41 
 
 
444 aa  328  8e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  41.16 
 
 
444 aa  328  1.0000000000000001e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  42.53 
 
 
447 aa  323  3e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  41.78 
 
 
429 aa  320  3.9999999999999996e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  43.82 
 
 
441 aa  320  5e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  42.2 
 
 
444 aa  319  6e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  43.59 
 
 
441 aa  318  9e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  41.71 
 
 
444 aa  317  3e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  43.07 
 
 
455 aa  316  5e-85  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  41.91 
 
 
446 aa  315  9.999999999999999e-85  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  44.23 
 
 
441 aa  313  2.9999999999999996e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  40.84 
 
 
466 aa  313  3.9999999999999997e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  44.72 
 
 
441 aa  313  3.9999999999999997e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  40.84 
 
 
446 aa  312  6.999999999999999e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  41.77 
 
 
457 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  41.38 
 
 
457 aa  308  1.0000000000000001e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  41.05 
 
 
446 aa  307  2.0000000000000002e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  41.36 
 
 
454 aa  307  3e-82  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  40.29 
 
 
449 aa  300  4e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  39.12 
 
 
442 aa  265  1e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  37.31 
 
 
444 aa  252  8.000000000000001e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  35.37 
 
 
438 aa  231  3e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  30.93 
 
 
418 aa  197  4.0000000000000005e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  25.38 
 
 
394 aa  101  2e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  27.16 
 
 
385 aa  95.5  2e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  22.76 
 
 
397 aa  92  2e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  23.33 
 
 
389 aa  91.3  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  22.55 
 
 
391 aa  85.5  0.000000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  23.51 
 
 
389 aa  83.6  0.000000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  22.28 
 
 
393 aa  83.6  0.000000000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  23.98 
 
 
397 aa  68.6  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  27.63 
 
 
368 aa  64.3  0.000000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  25.53 
 
 
410 aa  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  27.63 
 
 
368 aa  63.2  0.000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  24.44 
 
 
402 aa  63.2  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  24.56 
 
 
384 aa  62.8  0.00000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  24.07 
 
 
397 aa  62  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  24.17 
 
 
411 aa  61.6  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  27.92 
 
 
379 aa  61.2  0.00000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 
410 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  26.43 
 
 
368 aa  60.5  0.00000005  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  25.98 
 
 
409 aa  60.1  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 
376 aa  60.1  0.00000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  22.69 
 
 
409 aa  57.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 
379 aa  57.4  0.0000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  23.43 
 
 
411 aa  57  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.7 
 
 
403 aa  57  0.0000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  26.32 
 
 
404 aa  56.6  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  25.76 
 
 
409 aa  56.6  0.0000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  25.12 
 
 
380 aa  56.2  0.000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  24.32 
 
 
379 aa  56.2  0.000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  28.07 
 
 
407 aa  56.2  0.000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  21.79 
 
 
411 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3099  Extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 
367 aa  53.9  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2830  Extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 
367 aa  53.9  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.345866 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  24.87 
 
 
438 aa  53.9  0.000006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  25.48 
 
 
395 aa  53.5  0.000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
378 aa  52.8  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  24.09 
 
 
414 aa  53.1  0.00001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 
385 aa  52.4  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  21.36 
 
 
373 aa  51.6  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  25.35 
 
 
386 aa  51.2  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  29.07 
 
 
410 aa  51.2  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  22.73 
 
 
419 aa  50.8  0.00005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  22.69 
 
 
438 aa  50.8  0.00005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  23.01 
 
 
415 aa  50.1  0.00007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  22.13 
 
 
415 aa  49.3  0.0001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 
435 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  23.4 
 
 
410 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  20.81 
 
 
411 aa  48.5  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.05 
 
 
425 aa  48.5  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0228  extracellular ligand-binding receptor  23.81 
 
 
371 aa  48.5  0.0002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.701374 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 
379 aa  48.1  0.0003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  23.19 
 
 
342 aa  48.1  0.0003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0538  extracellular ligand-binding receptor  24.56 
 
 
368 aa  48.1  0.0003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3253  extracellular ligand-binding receptor  19.52 
 
 
373 aa  47  0.0006  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.363046 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  24.42 
 
 
410 aa  47  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.112312 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>