130 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_0052 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  78.52 
 
 		 429 aa  678    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  100 
 
 		 426 aa  879    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  78.27 
 
 		 429 aa  677    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  76.79 
 
 		 429 aa  663    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  67.84 
 
 		 427 aa  619  1e-176  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  65.96 
 
 		 426 aa  584  1e-166  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  61.48 
 
 		 450 aa  527  1e-148  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  48.27 
 
 		 445 aa  382  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  48.4 
 
 		 441 aa  379  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  45.63 
 
 		 445 aa  373  1e-102  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  46.28 
 
 		 440 aa  370  1e-101  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  45.61 
 
 		 443 aa  371  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  45.79 
 
 		 441 aa  365  1e-99  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  44.44 
 
 		 440 aa  364  2e-99  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  44.8 
 
 		 442 aa  361  2e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  44.19 
 
 		 443 aa  354  2e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  44.31 
 
 		 441 aa  353  4e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  46.17 
 
 		 438 aa  350  2e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  44.06 
 
 		 441 aa  350  3e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  41.9 
 
 		 437 aa  342  5e-93  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  43.24 
 
 		 444 aa  332  8e-90  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  43.98 
 
 		 440 aa  328  1.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  42.36 
 
 		 444 aa  327  3e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  43.2 
 
 		 443 aa  323  3e-87  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  42.86 
 
 		 447 aa  323  3e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  41.72 
 
 		 429 aa  315  9.999999999999999e-85  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  43.16 
 
 		 441 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  42.92 
 
 		 441 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  41.22 
 
 		 455 aa  311  1e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  40.69 
 
 		 444 aa  311  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  43.49 
 
 		 441 aa  310  2.9999999999999997e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  43.73 
 
 		 441 aa  310  2.9999999999999997e-83  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  41.18 
 
 		 444 aa  306  5.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  40.19 
 
 		 446 aa  305  9.000000000000001e-82  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  40.69 
 
 		 444 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  39.95 
 
 		 466 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  40.69 
 
 		 446 aa  304  2.0000000000000002e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  42.33 
 
 		 446 aa  303  5.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  41.22 
 
 		 457 aa  301  2e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  41.22 
 
 		 457 aa  300  3e-80  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  40.49 
 
 		 454 aa  297  2e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  40.05 
 
 		 449 aa  295  1e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  38.88 
 
 		 442 aa  270  4e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  35.81 
 
 		 444 aa  249  6e-65  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  31.9 
 
 		 438 aa  220  3.9999999999999997e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  30.91 
 
 		 418 aa  188  1e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  27.64 
 
 		 385 aa  108  2e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  25.07 
 
 		 394 aa  94.7  3e-18  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  24.24 
 
 		 397 aa  89.4  1e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  25.51 
 
 		 397 aa  82.8  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  24.76 
 
 		 393 aa  76.3  0.000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.54 
 
 		 420 aa  75.1  0.000000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  24.75 
 
 		 397 aa  74.7  0.000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 391 aa  74.3  0.000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 		 389 aa  73.6  0.000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  23.75 
 
 		 389 aa  72.4  0.00000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.92 
 
 		 403 aa  72  0.00000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.73 
 
 		 410 aa  71.6  0.00000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  23.8 
 
 		 384 aa  70.5  0.00000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  29.82 
 
 		 379 aa  65.9  0.000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  21.91 
 
 		 410 aa  64.3  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  28.07 
 
 		 379 aa  61.6  0.00000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  27.16 
 
 		 379 aa  62.4  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.92 
 
 		 378 aa  60.5  0.00000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  25.56 
 
 		 402 aa  60.5  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  24.54 
 
 		 408 aa  60.1  0.00000007  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 		 410 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 		 380 aa  57.8  0.0000003  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  26.37 
 
 		 378 aa  57.4  0.0000005  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 411 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  26.2 
 
 		 368 aa  55.8  0.000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 		 368 aa  56.2  0.000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 		 386 aa  56.2  0.000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3099  Extracellular ligand-binding receptor  26.52 
 
 		 367 aa  55.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 		 411 aa  55.1  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  25.53 
 
 		 414 aa  55.5  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  26.35 
 
 		 395 aa  54.7  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  25.76 
 
 		 368 aa  54.3  0.000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  29.17 
 
 		 409 aa  53.9  0.000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 		 411 aa  53.5  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2830  Extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 		 367 aa  53.5  0.000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.345866 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 		 411 aa  53.5  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  26.38 
 
 		 410 aa  53.5  0.000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3265  twin-arginine translocation pathway signal  24.28 
 
 		 407 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.125818  normal  0.653443 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  23.44 
 
 		 367 aa  52.4  0.00001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  30.56 
 
 		 404 aa  52.8  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  30.56 
 
 		 407 aa  52.4  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  24.32 
 
 		 385 aa  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  29.17 
 
 		 409 aa  51.2  0.00003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  27.78 
 
 		 409 aa  51.2  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  23.64 
 
 		 419 aa  50.4  0.00006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3910  Extracellular ligand-binding receptor  24.19 
 
 		 420 aa  49.7  0.0001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.420808  normal  0.127498 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  24.27 
 
 		 434 aa  49.3  0.0001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  24.16 
 
 		 415 aa  49.3  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 		 410 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  23.58 
 
 		 407 aa  48.5  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  23.93 
 
 		 382 aa  48.9  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  23.55 
 
 		 398 aa  48.1  0.0003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.32 
 
 		 380 aa  47.8  0.0004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 		 409 aa  47.4  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>