94 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0119 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  100 
 
 		 427 aa  886    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  74.71 
 
 		 426 aa  671    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  67.84 
 
 		 426 aa  600  1e-170  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  67.49 
 
 		 429 aa  596  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  67 
 
 		 429 aa  596  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  67 
 
 		 429 aa  595  1e-169  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  71.6 
 
 		 450 aa  589  1e-167  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  44.68 
 
 		 443 aa  368  1e-100  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  45.19 
 
 		 442 aa  362  5.0000000000000005e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  42.43 
 
 		 441 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  42.2 
 
 		 441 aa  355  1e-96  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  44.96 
 
 		 441 aa  353  5e-96  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  43.28 
 
 		 443 aa  352  8.999999999999999e-96  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  40.51 
 
 		 437 aa  341  2e-92  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  44.47 
 
 		 444 aa  340  2e-92  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  42.2 
 
 		 440 aa  339  4e-92  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  42.89 
 
 		 440 aa  338  9.999999999999999e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  43.38 
 
 		 445 aa  335  9e-91  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  44.31 
 
 		 438 aa  333  2e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  41.45 
 
 		 445 aa  330  2e-89  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  42.16 
 
 		 441 aa  327  2.0000000000000001e-88  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  41.91 
 
 		 440 aa  314  1.9999999999999998e-84  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  42.48 
 
 		 443 aa  309  5.9999999999999995e-83  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  40.83 
 
 		 447 aa  306  5.0000000000000004e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  40.51 
 
 		 444 aa  302  8.000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  41.9 
 
 		 441 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  41.32 
 
 		 429 aa  301  2e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  41.9 
 
 		 441 aa  300  4e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  42.89 
 
 		 441 aa  299  6e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  41.81 
 
 		 455 aa  295  9e-79  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  40.88 
 
 		 444 aa  294  3e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  40.34 
 
 		 444 aa  293  5e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  40.34 
 
 		 444 aa  291  1e-77  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  40.93 
 
 		 441 aa  286  5e-76  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  40.39 
 
 		 454 aa  281  2e-74  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  40 
 
 		 457 aa  280  4e-74  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  40 
 
 		 457 aa  280  5e-74  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  39.86 
 
 		 446 aa  280  5e-74  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  38.48 
 
 		 449 aa  277  3e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  38.79 
 
 		 466 aa  272  8.000000000000001e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  38.79 
 
 		 446 aa  271  2e-71  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  40.05 
 
 		 446 aa  270  5e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  34.8 
 
 		 442 aa  223  6e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.67 
 
 		 444 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32.34 
 
 		 438 aa  205  1e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  31.56 
 
 		 418 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 		 385 aa  90.9  4e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 		 393 aa  89  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 		 397 aa  87.4  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 		 391 aa  87.4  4e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  25.31 
 
 		 394 aa  84.3  0.000000000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  24.92 
 
 		 389 aa  78.6  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  23.64 
 
 		 397 aa  78.6  0.0000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  23.16 
 
 		 389 aa  78.2  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  24.55 
 
 		 397 aa  72.8  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  29.15 
 
 		 379 aa  60.1  0.00000007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.48 
 
 		 420 aa  56.6  0.0000009  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.64 
 
 		 410 aa  56.6  0.0000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  26.9 
 
 		 379 aa  55.8  0.000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.79 
 
 		 403 aa  55.8  0.000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  25.46 
 
 		 380 aa  55.8  0.000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  26.24 
 
 		 379 aa  55.8  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  24.75 
 
 		 395 aa  54.3  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  26.64 
 
 		 368 aa  51.2  0.00003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  24.52 
 
 		 386 aa  51.2  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  24.29 
 
 		 384 aa  50.8  0.00005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.38 
 
 		 378 aa  50.4  0.00006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  27.41 
 
 		 410 aa  49.7  0.00009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  23.71 
 
 		 402 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  26.2 
 
 		 368 aa  49.3  0.0001  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  28.85 
 
 		 410 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1462  extracellular ligand-binding receptor  23.6 
 
 		 421 aa  48.5  0.0002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  26.03 
 
 		 378 aa  48.9  0.0002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1661  hypothetical protein  25.42 
 
 		 430 aa  48.9  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.429909  normal  0.749387 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  23.57 
 
 		 414 aa  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 368 aa  46.6  0.0008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  25.44 
 
 		 385 aa  45.8  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  24.64 
 
 		 379 aa  46.6  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  24.39 
 
 		 409 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26 
 
 		 426 aa  45.4  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  27.95 
 
 		 419 aa  45.1  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  23.49 
 
 		 426 aa  45.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  25.11 
 
 		 415 aa  45.1  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  25.62 
 
 		 379 aa  45.4  0.002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  23.82 
 
 		 434 aa  45.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  23.7 
 
 		 407 aa  44.7  0.003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 		 408 aa  44.7  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3178  extracellular ligand-binding receptor  22.43 
 
 		 386 aa  44.3  0.004  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.677267  normal  0.56284 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3339  extracellular ligand-binding receptor  27.56 
 
 		 410 aa  44.3  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.154352  normal  0.135284 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3166  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  22.84 
 
 		 423 aa  43.9  0.005  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0130839  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3027  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  22.47 
 
 		 440 aa  43.9  0.005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.305023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  25.64 
 
 		 404 aa  43.1  0.009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  23.66 
 
 		 411 aa  43.1  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  23.43 
 
 		 438 aa  43.1  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>