82 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0380 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  74.71 
 
 		 427 aa  681    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  100 
 
 		 426 aa  885    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  70.63 
 
 		 429 aa  619  1e-176  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  70.69 
 
 		 429 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  70.69 
 
 		 429 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  71.6 
 
 		 450 aa  609  1e-173  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  65.96 
 
 		 426 aa  582  1.0000000000000001e-165  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  47.41 
 
 		 441 aa  377  1e-103  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  45 
 
 		 443 aa  371  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  44.2 
 
 		 442 aa  355  6.999999999999999e-97  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  43.7 
 
 		 441 aa  352  8.999999999999999e-96  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  43.46 
 
 		 441 aa  349  6e-95  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  42.11 
 
 		 443 aa  346  5e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  44.61 
 
 		 445 aa  339  5e-92  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  41.48 
 
 		 437 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  41.74 
 
 		 440 aa  336  3.9999999999999995e-91  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  43.87 
 
 		 445 aa  334  1e-90  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  44.74 
 
 		 443 aa  331  1e-89  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  43.38 
 
 		 441 aa  330  2e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  43.35 
 
 		 444 aa  329  4e-89  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  43.52 
 
 		 440 aa  329  6e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  42.22 
 
 		 440 aa  327  2.0000000000000001e-88  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  41.3 
 
 		 444 aa  322  6e-87  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  43.07 
 
 		 438 aa  321  1.9999999999999998e-86  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  42.96 
 
 		 455 aa  313  4.999999999999999e-84  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  43.14 
 
 		 441 aa  312  6.999999999999999e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  42 
 
 		 447 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  40.83 
 
 		 429 aa  307  2.0000000000000002e-82  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  40.29 
 
 		 444 aa  306  7e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  40.69 
 
 		 441 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  40.88 
 
 		 444 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  40.46 
 
 		 441 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  40.39 
 
 		 444 aa  303  5.000000000000001e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  40.79 
 
 		 446 aa  300  4e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  39.22 
 
 		 466 aa  299  7e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  39.22 
 
 		 446 aa  298  9e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  41.18 
 
 		 441 aa  297  2e-79  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  40.33 
 
 		 446 aa  295  1e-78  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  39.71 
 
 		 449 aa  294  2e-78  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  40 
 
 		 457 aa  287  2.9999999999999996e-76  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  39.76 
 
 		 454 aa  286  4e-76  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  40 
 
 		 457 aa  286  4e-76  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  38.48 
 
 		 442 aa  250  3e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  35 
 
 		 444 aa  236  6e-61  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  34.54 
 
 		 438 aa  232  1e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  32.08 
 
 		 418 aa  185  1.0000000000000001e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  24.43 
 
 		 385 aa  93.2  9e-18  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  23.51 
 
 		 394 aa  85.5  0.000000000000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  22.99 
 
 		 393 aa  81.3  0.00000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  23.59 
 
 		 391 aa  78.6  0.0000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  23.26 
 
 		 389 aa  78.2  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  21.05 
 
 		 397 aa  74.3  0.000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  24.44 
 
 		 397 aa  72.8  0.00000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  29.59 
 
 		 379 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  28.57 
 
 		 379 aa  64.7  0.000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  25.63 
 
 		 402 aa  64.7  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  22.7 
 
 		 397 aa  60.5  0.00000005  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  19.87 
 
 		 389 aa  59.3  0.0000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.04 
 
 		 378 aa  57.8  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  26.53 
 
 		 379 aa  56.6  0.0000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  25.77 
 
 		 395 aa  55.8  0.000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.9 
 
 		 420 aa  53.9  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  19.62 
 
 		 410 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.28 
 
 		 403 aa  51.6  0.00002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.1 
 
 		 410 aa  51.6  0.00002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  24.78 
 
 		 434 aa  51.2  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  27.98 
 
 		 385 aa  49.7  0.0001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  23.86 
 
 		 419 aa  48.5  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  23.67 
 
 		 386 aa  46.6  0.0008  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  27.27 
 
 		 378 aa  46.2  0.001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  23.05 
 
 		 414 aa  45.4  0.002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  20.25 
 
 		 409 aa  44.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  23.02 
 
 		 379 aa  45.1  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  22.92 
 
 		 408 aa  44.3  0.004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  23.4 
 
 		 426 aa  44.3  0.004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0487  extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 		 367 aa  44.3  0.004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  22.9 
 
 		 380 aa  43.9  0.005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  22.22 
 
 		 410 aa  44.3  0.005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  25.68 
 
 		 408 aa  43.5  0.007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  20.89 
 
 		 411 aa  43.5  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  23.34 
 
 		 438 aa  43.1  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  23.24 
 
 		 415 aa  43.1  0.01  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>