95 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_4295 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  100 
 
 		 447 aa  909    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  84.52 
 
 		 455 aa  697    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  82.58 
 
 		 444 aa  733    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  68.51 
 
 		 443 aa  565  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  67.59 
 
 		 441 aa  560  1e-158  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  67.36 
 
 		 441 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  69.16 
 
 		 441 aa  557  1e-157  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  65.98 
 
 		 441 aa  544  1e-153  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  54.37 
 
 		 444 aa  454  1.0000000000000001e-126  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  51.35 
 
 		 440 aa  450  1e-125  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  53.19 
 
 		 445 aa  451  1e-125  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  50.34 
 
 		 444 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  50.69 
 
 		 444 aa  446  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  51.07 
 
 		 445 aa  444  1e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  51.08 
 
 		 449 aa  444  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  52.77 
 
 		 457 aa  435  1e-121  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  53.25 
 
 		 457 aa  437  1e-121  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  49.89 
 
 		 446 aa  433  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  49.28 
 
 		 441 aa  429  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  52.55 
 
 		 454 aa  428  1e-118  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  49.43 
 
 		 466 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  51.21 
 
 		 446 aa  417  9.999999999999999e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  49.21 
 
 		 446 aa  418  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  50.23 
 
 		 429 aa  410  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  45.37 
 
 		 442 aa  389  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  46.6 
 
 		 441 aa  380  1e-104  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  43.8 
 
 		 441 aa  372  1e-102  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  44.57 
 
 		 443 aa  374  1e-102  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  42.89 
 
 		 441 aa  370  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  42.3 
 
 		 437 aa  367  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  47.68 
 
 		 442 aa  362  6e-99  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  42.86 
 
 		 443 aa  360  3e-98  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  41.75 
 
 		 444 aa  345  1e-93  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  43.1 
 
 		 429 aa  331  1e-89  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  41.76 
 
 		 426 aa  331  2e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  40.29 
 
 		 440 aa  330  3e-89  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  43.14 
 
 		 438 aa  324  2e-87  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.86 
 
 		 429 aa  324  2e-87  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.86 
 
 		 429 aa  323  3e-87  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  42 
 
 		 426 aa  319  7e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  42.07 
 
 		 440 aa  319  7e-86  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  40.83 
 
 		 427 aa  318  2e-85  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  41.83 
 
 		 450 aa  303  3.0000000000000004e-81  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  31.47 
 
 		 438 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  31.55 
 
 		 444 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  32.45 
 
 		 418 aa  186  8e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  26.56 
 
 		 394 aa  102  1e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  24.4 
 
 		 385 aa  86.7  9e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  24.91 
 
 		 389 aa  78.2  0.0000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  22.37 
 
 		 397 aa  71.2  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  23.02 
 
 		 391 aa  70.1  0.00000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.68 
 
 		 403 aa  69.7  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.13 
 
 		 420 aa  67.4  0.0000000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  20.84 
 
 		 393 aa  67.4  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  28.63 
 
 		 410 aa  65.9  0.000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  21.12 
 
 		 389 aa  64.7  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 		 397 aa  63.2  0.000000008  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  25.67 
 
 		 408 aa  63.2  0.000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  24.58 
 
 		 426 aa  63.2  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  23.2 
 
 		 426 aa  62  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  25.62 
 
 		 438 aa  61.2  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  22.69 
 
 		 415 aa  60.5  0.00000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  24.23 
 
 		 428 aa  58.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  21.68 
 
 		 419 aa  58.2  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  22.79 
 
 		 397 aa  57.4  0.0000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  23.61 
 
 		 414 aa  56.2  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  27.3 
 
 		 424 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  28.63 
 
 		 426 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  23.33 
 
 		 410 aa  53.9  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  23.91 
 
 		 426 aa  53.9  0.000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  22.49 
 
 		 414 aa  53.5  0.000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  26.23 
 
 		 379 aa  53.5  0.000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  23.1 
 
 		 415 aa  52.8  0.00001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  24.14 
 
 		 395 aa  50.8  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 		 411 aa  50.4  0.00007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  25.11 
 
 		 409 aa  50.1  0.00007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  24.58 
 
 		 411 aa  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  25.7 
 
 		 382 aa  48.1  0.0003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 411 aa  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  25.11 
 
 		 409 aa  47.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  23.49 
 
 		 402 aa  47  0.0006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 382 aa  46.2  0.001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  23.58 
 
 		 405 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  27.93 
 
 		 379 aa  46.6  0.001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2302  Extracellular ligand-binding receptor  28.3 
 
 		 410 aa  45.1  0.002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  23.28 
 
 		 409 aa  45.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1864  branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  25.2 
 
 		 426 aa  44.7  0.003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.397842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  22.37 
 
 		 368 aa  44.3  0.004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  23.63 
 
 		 406 aa  44.3  0.004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  25.41 
 
 		 434 aa  44.3  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.79 
 
 		 378 aa  44.3  0.005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  20.36 
 
 		 425 aa  44.3  0.005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  22.37 
 
 		 368 aa  43.5  0.007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  26.42 
 
 		 379 aa  43.5  0.007  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  22.4 
 
 		 381 aa  43.1  0.009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.464924 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>