155 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_1155 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  76.19 
 
 		 440 aa  709    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  100 
 
 		 438 aa  900    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  63.7 
 
 		 443 aa  583  1.0000000000000001e-165  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  63.78 
 
 		 443 aa  569  1e-161  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  61.73 
 
 		 444 aa  551  1e-156  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  59.45 
 
 		 442 aa  544  1e-153  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  58.58 
 
 		 441 aa  532  1e-150  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  58.12 
 
 		 437 aa  529  1e-149  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  58.58 
 
 		 441 aa  530  1e-149  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  57.18 
 
 		 441 aa  477  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  50.72 
 
 		 440 aa  441  9.999999999999999e-123  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  44.98 
 
 		 440 aa  389  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  46.86 
 
 		 445 aa  390  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  46.8 
 
 		 445 aa  387  1e-106  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  46.21 
 
 		 441 aa  385  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  46.21 
 
 		 429 aa  366  1e-100  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  44.39 
 
 		 443 aa  363  3e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  45.83 
 
 		 429 aa  362  5.0000000000000005e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  45.83 
 
 		 429 aa  362  6e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 426 aa  359  4e-98  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  43.75 
 
 		 441 aa  356  5.999999999999999e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  43.75 
 
 		 441 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  43.87 
 
 		 427 aa  349  7e-95  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  44.28 
 
 		 441 aa  349  7e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  42.33 
 
 		 444 aa  348  1e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  44.28 
 
 		 441 aa  347  2e-94  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  41.4 
 
 		 444 aa  340  2e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  40.73 
 
 		 444 aa  340  2.9999999999999998e-92  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  42.3 
 
 		 447 aa  339  7e-92  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  40.41 
 
 		 446 aa  332  6e-90  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  41.99 
 
 		 446 aa  331  2e-89  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  41.34 
 
 		 429 aa  330  4e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  42.89 
 
 		 426 aa  328  1.0000000000000001e-88  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  39.56 
 
 		 444 aa  327  3e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  40.43 
 
 		 457 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  40.28 
 
 		 457 aa  326  4.0000000000000003e-88  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  41.42 
 
 		 455 aa  323  5e-87  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  40.15 
 
 		 454 aa  320  1.9999999999999998e-86  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  39.72 
 
 		 446 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  39.72 
 
 		 466 aa  319  5e-86  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  42.61 
 
 		 450 aa  318  7.999999999999999e-86  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  37.05 
 
 		 449 aa  310  4e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  38.76 
 
 		 442 aa  290  5.0000000000000004e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  35.01 
 
 		 418 aa  209  1e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.26 
 
 		 438 aa  173  6.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  28.89 
 
 		 444 aa  170  5e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  27.69 
 
 		 394 aa  120  7e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  26.57 
 
 		 385 aa  87.4  4e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  25.75 
 
 		 397 aa  82  0.00000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  22.53 
 
 		 389 aa  80.5  0.00000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  25.87 
 
 		 397 aa  80.5  0.00000000000006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  24.67 
 
 		 389 aa  80.1  0.00000000000008  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.07 
 
 		 403 aa  79.3  0.0000000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  23.69 
 
 		 393 aa  79  0.0000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.8 
 
 		 420 aa  77.8  0.0000000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  21.99 
 
 		 397 aa  77.8  0.0000000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 		 391 aa  76.6  0.0000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.34 
 
 		 410 aa  75.5  0.000000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  30.65 
 
 		 379 aa  71.6  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  27.18 
 
 		 381 aa  71.6  0.00000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  25.93 
 
 		 414 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  24.05 
 
 		 415 aa  70.1  0.00000000007  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  28.24 
 
 		 379 aa  69.7  0.00000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.79 
 
 		 378 aa  66.6  0.0000000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  27.57 
 
 		 379 aa  65.9  0.000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  26.48 
 
 		 408 aa  65.5  0.000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  22.69 
 
 		 410 aa  63.9  0.000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0446  Extracellular ligand-binding receptor  22.02 
 
 		 388 aa  61.6  0.00000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2148  extracellular ligand-binding receptor  25.35 
 
 		 390 aa  61.6  0.00000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  23.1 
 
 		 415 aa  60.5  0.00000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  24.23 
 
 		 386 aa  60.5  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  24.09 
 
 		 419 aa  58.2  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  22.07 
 
 		 414 aa  57.8  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 		 382 aa  57.4  0.0000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 		 410 aa  57.4  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  22.74 
 
 		 384 aa  57.4  0.0000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 		 394 aa  57.4  0.0000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  25.27 
 
 		 411 aa  57  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 		 411 aa  56.6  0.0000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1559  Extracellular ligand-binding receptor  26.77 
 
 		 386 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  26.76 
 
 		 415 aa  56.2  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  26.09 
 
 		 411 aa  55.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  27.17 
 
 		 411 aa  55.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  19.95 
 
 		 425 aa  55.1  0.000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 		 379 aa  54.3  0.000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 		 385 aa  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  28.69 
 
 		 385 aa  52  0.00002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  31.06 
 
 		 406 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  29.77 
 
 		 409 aa  51.2  0.00003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2334  Extracellular ligand-binding receptor  21.25 
 
 		 388 aa  51.2  0.00003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10397  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  29.2 
 
 		 410 aa  51.6  0.00003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2845  extracellular ligand-binding receptor  21.25 
 
 		 388 aa  51.2  0.00004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4823  extracellular ligand-binding receptor  28.39 
 
 		 437 aa  50.8  0.00004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.615465 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  29.05 
 
 		 403 aa  51.2  0.00004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  24.85 
 
 		 409 aa  50.4  0.00005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  22.54 
 
 		 426 aa  50.8  0.00005  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  28.24 
 
 		 406 aa  50.4  0.00006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  29.01 
 
 		 406 aa  50.4  0.00006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1595  extracellular ligand-binding receptor  23.72 
 
 		 411 aa  50.4  0.00006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.523513  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  22.1 
 
 		 400 aa  50.4  0.00006  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>