119 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_0950 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  99.77 
 
 		 429 aa  880    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  78.27 
 
 		 426 aa  679    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  100 
 
 		 429 aa  882    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  91.38 
 
 		 429 aa  797    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  68.53 
 
 		 426 aa  615  1e-175  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  65.5 
 
 		 427 aa  607  9.999999999999999e-173  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  66.91 
 
 		 450 aa  568  1e-161  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  48.65 
 
 		 441 aa  393  1e-108  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  47.66 
 
 		 440 aa  382  1e-105  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  45 
 
 		 443 aa  379  1e-104  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  43.45 
 
 		 441 aa  369  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  43.88 
 
 		 442 aa  366  1e-100  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  43.22 
 
 		 441 aa  366  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  45.3 
 
 		 445 aa  354  1e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  45.93 
 
 		 438 aa  354  1e-96  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  44.27 
 
 		 440 aa  353  4e-96  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  42.2 
 
 		 443 aa  348  1e-94  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  43.57 
 
 		 445 aa  348  1e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  42 
 
 		 437 aa  347  3e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  42.79 
 
 		 444 aa  346  4e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  42.86 
 
 		 441 aa  343  2e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  44.63 
 
 		 440 aa  342  8e-93  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  45.82 
 
 		 443 aa  339  7e-92  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  42.09 
 
 		 444 aa  326  5e-88  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  41.93 
 
 		 444 aa  320  1.9999999999999998e-86  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  42.56 
 
 		 447 aa  319  6e-86  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  44.72 
 
 		 441 aa  317  2e-85  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  40.74 
 
 		 444 aa  315  8e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  43.33 
 
 		 441 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  43.09 
 
 		 441 aa  313  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  44.72 
 
 		 441 aa  313  3.9999999999999997e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  40.09 
 
 		 444 aa  311  1e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  42.57 
 
 		 455 aa  311  2e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  40.6 
 
 		 466 aa  309  5e-83  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  40.6 
 
 		 446 aa  309  6.999999999999999e-83  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  40.52 
 
 		 429 aa  308  9e-83  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  41.18 
 
 		 446 aa  308  1.0000000000000001e-82  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  41.16 
 
 		 457 aa  305  9.000000000000001e-82  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  41.16 
 
 		 457 aa  305  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  40.14 
 
 		 446 aa  302  6.000000000000001e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  40.88 
 
 		 454 aa  301  2e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  39.95 
 
 		 449 aa  300  4e-80  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  38.63 
 
 		 442 aa  264  3e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  37.37 
 
 		 444 aa  253  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  34.35 
 
 		 438 aa  229  5e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  32.17 
 
 		 418 aa  206  8e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 394 aa  98.2  2e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  23.04 
 
 		 389 aa  91.3  3e-17  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 		 385 aa  90.1  6e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  23.84 
 
 		 397 aa  87.4  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  23.46 
 
 		 391 aa  84.7  0.000000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  24.11 
 
 		 393 aa  82.8  0.00000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  22.34 
 
 		 389 aa  80.1  0.00000000000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  23.71 
 
 		 397 aa  66.2  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  23.91 
 
 		 402 aa  63.2  0.000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  28.14 
 
 		 379 aa  63.2  0.000000009  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  24.85 
 
 		 384 aa  62  0.00000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0012  putative branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein  26.75 
 
 		 368 aa  59.3  0.0000001  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.318461  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0042  extracellular ligand-binding receptor  26.64 
 
 		 368 aa  58.5  0.0000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.538449  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0014  branched-chain amino acid ABC transporter, perisplasmic amino acid-binding protein, putative  26.75 
 
 		 368 aa  58.2  0.0000003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  22.71 
 
 		 410 aa  58.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 		 379 aa  57.8  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.73 
 
 		 378 aa  57.4  0.0000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.03 
 
 		 403 aa  57  0.0000006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1478  Extracellular ligand-binding receptor  25.4 
 
 		 376 aa  57.4  0.0000006  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  22.95 
 
 		 397 aa  55.8  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  24.24 
 
 		 379 aa  55.1  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  24.77 
 
 		 409 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  24.45 
 
 		 410 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 		 395 aa  54.7  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3099  Extracellular ligand-binding receptor  26.75 
 
 		 367 aa  54.7  0.000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.419035 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  22.8 
 
 		 411 aa  53.9  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2830  Extracellular ligand-binding receptor  26.22 
 
 		 367 aa  53.9  0.000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.345866 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  22.48 
 
 		 415 aa  53.5  0.000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4876  extracellular ligand-binding receptor  28.11 
 
 		 378 aa  53.1  0.000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.983185  normal  0.391676 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  26.9 
 
 		 407 aa  52.4  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0188  Extracellular ligand-binding receptor  26.29 
 
 		 386 aa  52  0.00002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0825  extracellular ligand-binding receptor  24.65 
 
 		 380 aa  52  0.00002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1131  extracellular ligand-binding receptor  26.53 
 
 		 385 aa  52  0.00002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  23.98 
 
 		 409 aa  51.6  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  25.15 
 
 		 404 aa  51.6  0.00003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  21.58 
 
 		 381 aa  50.8  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  21.45 
 
 		 409 aa  50.4  0.00007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  26.15 
 
 		 379 aa  48.5  0.0002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3910  Extracellular ligand-binding receptor  23.26 
 
 		 420 aa  48.5  0.0002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.420808  normal  0.127498 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  23.38 
 
 		 414 aa  48.5  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 		 410 aa  47  0.0007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  24.44 
 
 		 382 aa  46.6  0.0008  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  23.39 
 
 		 411 aa  46.6  0.0009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  23.75 
 
 		 407 aa  46.6  0.0009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1740  extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 		 435 aa  46.6  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.398941  normal  0.157953 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.05 
 
 		 425 aa  46.6  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5379  Extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 		 395 aa  46.2  0.001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.115103  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3253  extracellular ligand-binding receptor  19.05 
 
 		 373 aa  45.8  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.363046 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21341  hypothetical protein  22.89 
 
 		 342 aa  45.8  0.001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.551591 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2606  Extracellular ligand-binding receptor  19.05 
 
 		 373 aa  45.8  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0170435  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0538  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 368 aa  46.2  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0513259  normal  0.872247 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4331  extracellular ligand-binding receptor  19.9 
 
 		 373 aa  46.2  0.001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0730184 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  22.81 
 
 		 411 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  23.04 
 
 		 403 aa  45.4  0.002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>