91 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_0552 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  84.95 
 
 
441 aa  728    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  84.96 
 
 
443 aa  724    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  86.59 
 
 
441 aa  748    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  84.49 
 
 
441 aa  725    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  100 
 
 
441 aa  903    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  68.52 
 
 
444 aa  591  1e-168  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  69.93 
 
 
455 aa  582  1.0000000000000001e-165  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  67.28 
 
 
447 aa  574  1.0000000000000001e-163  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  60.1 
 
 
444 aa  528  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  58.64 
 
 
444 aa  528  1e-148  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  58.39 
 
 
444 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  56.55 
 
 
449 aa  512  1e-144  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  57.87 
 
 
457 aa  508  1e-143  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  56.12 
 
 
446 aa  508  1e-143  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  58.45 
 
 
457 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  59.02 
 
 
454 aa  504  9.999999999999999e-143  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  56.69 
 
 
446 aa  500  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  52.81 
 
 
446 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  52.58 
 
 
466 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  55.76 
 
 
429 aa  491  1e-137  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  53.06 
 
 
440 aa  471  1.0000000000000001e-131  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  54.28 
 
 
445 aa  457  1e-127  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  53.06 
 
 
445 aa  447  1.0000000000000001e-124  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  53.19 
 
 
442 aa  434  1e-120  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  50.12 
 
 
441 aa  432  1e-120  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  49.4 
 
 
441 aa  412  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  46.71 
 
 
443 aa  397  1e-109  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  47.43 
 
 
442 aa  389  1e-107  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  46.06 
 
 
443 aa  386  1e-106  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  46.08 
 
 
437 aa  380  1e-104  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  45.61 
 
 
440 aa  377  1e-103  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  44.29 
 
 
444 aa  373  1e-102  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  44.82 
 
 
441 aa  370  1e-101  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  44.58 
 
 
441 aa  368  1e-100  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  44.25 
 
 
438 aa  349  4e-95  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  44.11 
 
 
440 aa  343  2.9999999999999997e-93  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  44.72 
 
 
429 aa  342  8e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  44.72 
 
 
429 aa  342  8e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  44.23 
 
 
429 aa  336  3.9999999999999995e-91  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  43.73 
 
 
426 aa  332  8e-90  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  41.18 
 
 
426 aa  320  1.9999999999999998e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  39.72 
 
 
427 aa  307  3e-82  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  40.24 
 
 
450 aa  306  4.0000000000000004e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  34.26 
 
 
438 aa  221  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  32.63 
 
 
418 aa  194  3e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  31.99 
 
 
444 aa  191  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  27.01 
 
 
394 aa  97.1  6e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  23.82 
 
 
389 aa  85.5  0.000000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  21.93 
 
 
385 aa  75.1  0.000000000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  23.58 
 
 
391 aa  71.6  0.00000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  22.71 
 
 
393 aa  70.1  0.00000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  22.01 
 
 
389 aa  67.4  0.0000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  23.75 
 
 
397 aa  65.9  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  20.9 
 
 
397 aa  66.2  0.000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  25.2 
 
 
397 aa  65.9  0.000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.84 
 
 
420 aa  65.5  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25 
 
 
410 aa  64.7  0.000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  22.72 
 
 
403 aa  62  0.00000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  23.62 
 
 
410 aa  57.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  24.08 
 
 
426 aa  55.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  24 
 
 
400 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.59 
 
 
425 aa  53.1  0.000009  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  22.99 
 
 
428 aa  52  0.00002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  25.77 
 
 
426 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  25.16 
 
 
402 aa  51.6  0.00003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  25.26 
 
 
424 aa  51.6  0.00003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  23.22 
 
 
409 aa  51.6  0.00003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  21.98 
 
 
414 aa  50.4  0.00006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  22.78 
 
 
426 aa  50.1  0.00008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  28.8 
 
 
379 aa  48.9  0.0002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  28.36 
 
 
379 aa  48.9  0.0002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  24.1 
 
 
382 aa  48.9  0.0002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  22.68 
 
 
409 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  22.97 
 
 
408 aa  48.1  0.0003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  22.07 
 
 
414 aa  48.1  0.0003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  21.89 
 
 
411 aa  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  23.04 
 
 
438 aa  48.1  0.0003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  26.63 
 
 
410 aa  47.8  0.0004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  22.4 
 
 
409 aa  47  0.0006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  25.53 
 
 
379 aa  47  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  24.13 
 
 
382 aa  46.6  0.0008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  23.65 
 
 
411 aa  45.8  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  20.9 
 
 
415 aa  46.6  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  23.24 
 
 
411 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  24.46 
 
 
411 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4035  plasmid encoded RepA protein  24.92 
 
 
406 aa  45.1  0.003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1779  hypothetical protein  21.28 
 
 
438 aa  44.7  0.003  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  21.76 
 
 
415 aa  44.3  0.004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  22.26 
 
 
384 aa  44.3  0.004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  22.57 
 
 
382 aa  43.5  0.007  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  27.01 
 
 
407 aa  43.5  0.008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>