219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A3506 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  100 
 
 		 408 aa  845    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  64.34 
 
 		 414 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  65.05 
 
 		 414 aa  548  1e-155  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  65.14 
 
 		 415 aa  546  1e-154  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  61.54 
 
 		 415 aa  544  1e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  62.17 
 
 		 419 aa  532  1e-150  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  51.98 
 
 		 438 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  50.12 
 
 		 426 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  51.11 
 
 		 426 aa  429  1e-119  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  52.49 
 
 		 426 aa  419  1e-116  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  50.62 
 
 		 426 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  52.74 
 
 		 428 aa  410  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  52.74 
 
 		 424 aa  403  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1864  branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  50.87 
 
 		 426 aa  389  1e-107  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.397842  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  38.1 
 
 		 385 aa  258  2e-67  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  32.73 
 
 		 394 aa  218  1e-55  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  34.17 
 
 		 410 aa  199  7e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.7 
 
 		 420 aa  196  9e-49  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32.79 
 
 		 403 aa  194  3e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  25.34 
 
 		 389 aa  102  1e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  25.28 
 
 		 391 aa  100  5e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  23.76 
 
 		 397 aa  99.4  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  24.57 
 
 		 393 aa  97.4  4e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  25.39 
 
 		 397 aa  95.1  2e-18  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  24.67 
 
 		 397 aa  92.4  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  21.26 
 
 		 389 aa  83.2  0.000000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  27.39 
 
 		 443 aa  80.1  0.00000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  25.1 
 
 		 379 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  27.18 
 
 		 444 aa  70.9  0.00000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  25.23 
 
 		 381 aa  70.5  0.00000000005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  22.36 
 
 		 402 aa  69.3  0.0000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  26.75 
 
 		 437 aa  68.9  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  25.91 
 
 		 441 aa  68.2  0.0000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  21.23 
 
 		 404 aa  67.8  0.0000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  26.23 
 
 		 442 aa  67  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  24.94 
 
 		 379 aa  67  0.0000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  26.25 
 
 		 382 aa  66.2  0.0000000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  25.19 
 
 		 379 aa  65.1  0.000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  24.25 
 
 		 380 aa  64.7  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4482  extracellular ligand-binding receptor  23.59 
 
 		 371 aa  64.7  0.000000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  25.42 
 
 		 441 aa  63.5  0.000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  26.62 
 
 		 440 aa  63.2  0.000000008  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  24.35 
 
 		 440 aa  63.2  0.000000008  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  25.82 
 
 		 393 aa  62.8  0.00000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  29.01 
 
 		 382 aa  62.4  0.00000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  24.52 
 
 		 400 aa  62  0.00000002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  21.54 
 
 		 379 aa  61.6  0.00000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  25.14 
 
 		 441 aa  61.2  0.00000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0531  extracellular ligand-binding receptor  20.36 
 
 		 386 aa  60.8  0.00000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000267349  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0805  Extracellular ligand-binding receptor  22.19 
 
 		 384 aa  60.8  0.00000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.822655  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 		 379 aa  60.5  0.00000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.03 
 
 		 378 aa  60.1  0.00000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  25.87 
 
 		 438 aa  59.7  0.00000009  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  22.35 
 
 		 381 aa  58.9  0.0000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  24.61 
 
 		 445 aa  59.7  0.0000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.79 
 
 		 425 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3057  Extracellular ligand-binding receptor  25.3 
 
 		 398 aa  58.9  0.0000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5638  putative ABC transporter binding protein subunit  26.27 
 
 		 413 aa  57.8  0.0000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  25 
 
 		 444 aa  57.4  0.0000004  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  22.34 
 
 		 379 aa  57.4  0.0000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  26.45 
 
 		 421 aa  57.4  0.0000005  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  24.22 
 
 		 426 aa  57  0.0000006  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  25 
 
 		 447 aa  56.2  0.0000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  24.6 
 
 		 445 aa  55.8  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64900  putative binding protein component of ABC transporter  26.72 
 
 		 374 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2240  extracellular ligand-binding receptor  22.53 
 
 		 394 aa  56.2  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  23.81 
 
 		 379 aa  56.2  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0942  putative lipoprotein  22.19 
 
 		 428 aa  55.5  0.000002  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0813941  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.71 
 
 		 380 aa  55.1  0.000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1597  urea ABC transporter, urea binding protein  26.27 
 
 		 414 aa  55.5  0.000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.948764  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1838  extracellular ligand-binding receptor  23.57 
 
 		 399 aa  55.1  0.000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.0000495341  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0915  Extracellular ligand-binding receptor  24.6 
 
 		 405 aa  55.1  0.000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3994  extracellular ligand-binding receptor  23.17 
 
 		 339 aa  55.5  0.000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.0000070067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  22.4 
 
 		 398 aa  54.7  0.000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  22.9 
 
 		 394 aa  54.7  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3767  Extracellular ligand-binding receptor  25.29 
 
 		 397 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.191669 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  26.06 
 
 		 398 aa  54.7  0.000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  24.7 
 
 		 400 aa  54.7  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3366  extracellular ligand-binding receptor  25.43 
 
 		 397 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.453868  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  31.82 
 
 		 377 aa  53.9  0.000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3706  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.1 
 
 		 405 aa  53.9  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.209947  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  22.02 
 
 		 380 aa  54.3  0.000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0921  extracellular ligand-binding receptor  21.2 
 
 		 382 aa  53.9  0.000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589524  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4140  extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 		 370 aa  53.9  0.000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.544868 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  25.71 
 
 		 392 aa  53.9  0.000005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2502  Extracellular ligand-binding receptor  25.54 
 
 		 400 aa  53.5  0.000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.53 
 
 		 441 aa  53.5  0.000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4549  Extracellular ligand-binding receptor  22.14 
 
 		 393 aa  53.1  0.000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  26.94 
 
 		 397 aa  53.1  0.000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  23.25 
 
 		 441 aa  52.8  0.00001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3815  extracellular ligand-binding receptor  23.24 
 
 		 368 aa  52.8  0.00001  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  23.24 
 
 		 393 aa  52.8  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  25.61 
 
 		 455 aa  52  0.00002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  28.3 
 
 		 405 aa  51.6  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0114  extracellular ligand-binding receptor  23.72 
 
 		 383 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  22.43 
 
 		 441 aa  52  0.00002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4342  extracellular ligand-binding receptor  22.35 
 
 		 373 aa  51.6  0.00002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.688129 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  25.1 
 
 		 415 aa  52.4  0.00002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1615  extracellular ligand-binding receptor  28.06 
 
 		 411 aa  51.2  0.00003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.308041 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  24.59 
 
 		 442 aa  51.6  0.00003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>