100 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pput_3001 on replicon NC_009512
Organism: Pseudomonas putida F1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  70.14 
 
 		 446 aa  657    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  86.04 
 
 		 446 aa  765    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  72.33 
 
 		 446 aa  642    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  100 
 
 		 444 aa  911    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  70.14 
 
 		 466 aa  659    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  75.91 
 
 		 449 aa  677    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  97.52 
 
 		 444 aa  879    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  67.76 
 
 		 429 aa  612  9.999999999999999e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  65.75 
 
 		 457 aa  593  1e-168  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  65.52 
 
 		 457 aa  592  1e-168  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  66.67 
 
 		 454 aa  586  1e-166  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  62.19 
 
 		 442 aa  556  1e-157  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  59.66 
 
 		 444 aa  550  1e-155  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  59.67 
 
 		 443 aa  540  9.999999999999999e-153  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  59.44 
 
 		 441 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  59.44 
 
 		 441 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  58.9 
 
 		 441 aa  518  1e-146  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  58.39 
 
 		 441 aa  509  1e-143  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  50.93 
 
 		 447 aa  444  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  48.87 
 
 		 444 aa  439  9.999999999999999e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  50.49 
 
 		 455 aa  436  1e-121  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  45.17 
 
 		 440 aa  409  1e-113  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  47.46 
 
 		 441 aa  402  1e-111  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  46.1 
 
 		 445 aa  398  9.999999999999999e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  45.73 
 
 		 445 aa  400  9.999999999999999e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  45.11 
 
 		 441 aa  388  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  44.65 
 
 		 443 aa  369  1e-101  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  43.97 
 
 		 442 aa  363  4e-99  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  45.13 
 
 		 443 aa  359  4e-98  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  43.18 
 
 		 441 aa  357  1.9999999999999998e-97  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  43.18 
 
 		 441 aa  357  2.9999999999999997e-97  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  43.03 
 
 		 437 aa  347  3e-94  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  43.32 
 
 		 440 aa  346  4e-94  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  43.41 
 
 		 444 aa  345  8.999999999999999e-94  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  41.75 
 
 		 440 aa  333  5e-90  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  41.22 
 
 		 438 aa  331  1e-89  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  41.67 
 
 		 429 aa  316  4e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.93 
 
 		 429 aa  311  1e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  40.93 
 
 		 429 aa  311  2e-83  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 426 aa  304  2.0000000000000002e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  40.34 
 
 		 426 aa  302  7.000000000000001e-81  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  39.39 
 
 		 427 aa  297  3e-79  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  37.07 
 
 		 450 aa  277  3e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32.32 
 
 		 444 aa  191  2e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  33.25 
 
 		 418 aa  181  2e-44  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  31.58 
 
 		 438 aa  181  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  24.87 
 
 		 394 aa  99.8  1e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  23.62 
 
 		 389 aa  90.5  5e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.87 
 
 		 410 aa  80.5  0.00000000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.81 
 
 		 403 aa  80.1  0.00000000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  22.54 
 
 		 389 aa  78.2  0.0000000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  23.74 
 
 		 391 aa  77.8  0.0000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.14 
 
 		 420 aa  76.6  0.0000000000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  22.57 
 
 		 393 aa  74.3  0.000000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  22.64 
 
 		 385 aa  69.7  0.00000000009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 		 397 aa  68.9  0.0000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  22.57 
 
 		 410 aa  64.3  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  21.41 
 
 		 411 aa  58.2  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  22.19 
 
 		 411 aa  57.8  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  22.41 
 
 		 414 aa  57  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  20.71 
 
 		 411 aa  57.4  0.0000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  23.4 
 
 		 411 aa  55.8  0.000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  23.4 
 
 		 410 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.42 
 
 		 425 aa  54.7  0.000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  22.59 
 
 		 414 aa  53.5  0.000007  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  24.53 
 
 		 404 aa  52.8  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 		 403 aa  52  0.00002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  22.46 
 
 		 402 aa  52.4  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  24.45 
 
 		 402 aa  50.8  0.00005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  25.35 
 
 		 406 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  23.11 
 
 		 409 aa  49.7  0.0001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2248  Extracellular ligand-binding receptor  23.89 
 
 		 410 aa  49.3  0.0001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  24.79 
 
 		 404 aa  48.9  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  25.5 
 
 		 406 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  24.07 
 
 		 397 aa  48.1  0.0003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  22.04 
 
 		 397 aa  48.1  0.0003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  22.67 
 
 		 385 aa  48.1  0.0003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  23.23 
 
 		 407 aa  48.5  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.24 
 
 		 415 aa  48.1  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  24.14 
 
 		 407 aa  47.8  0.0005  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0317  extracellular ligand-binding receptor  22.06 
 
 		 382 aa  47  0.0007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00438106  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  22.36 
 
 		 379 aa  47  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  23.95 
 
 		 409 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  23.94 
 
 		 407 aa  46.6  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4103  extracellular ligand-binding receptor  22.22 
 
 		 401 aa  45.1  0.002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.742112  normal  0.0857946 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  22.17 
 
 		 409 aa  45.8  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.21 
 
 		 395 aa  44.7  0.003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  21.63 
 
 		 406 aa  44.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  21.85 
 
 		 409 aa  45.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  23.08 
 
 		 426 aa  44.3  0.004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0974  Extracellular ligand-binding receptor  21.28 
 
 		 408 aa  44.3  0.004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1478  Extracellular ligand-binding receptor  25.51 
 
 		 405 aa  43.9  0.005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  24.61 
 
 		 382 aa  44.3  0.005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  23.04 
 
 		 424 aa  43.9  0.006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  24.13 
 
 		 393 aa  43.9  0.006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  21.78 
 
 		 406 aa  43.9  0.006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  22.22 
 
 		 410 aa  43.5  0.007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  23.08 
 
 		 415 aa  43.5  0.008  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1524  extracellular ligand-binding receptor  23.67 
 
 		 459 aa  43.5  0.008  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.0533175  normal  0.466259 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5732  extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 		 403 aa  43.1  0.01  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588725 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>