108 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rfer_3538 on replicon NC_007908
Organism: Rhodoferax ferrireducens T118



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  100 
 
 		 437 aa  896    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  84.67 
 
 		 442 aa  771    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  85.99 
 
 		 441 aa  761    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  77.86 
 
 		 443 aa  704    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  86.23 
 
 		 441 aa  764    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  77.38 
 
 		 443 aa  718    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  68.54 
 
 		 444 aa  633  1e-180  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  58.37 
 
 		 440 aa  521  1e-147  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  57.48 
 
 		 440 aa  518  1.0000000000000001e-145  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  59.85 
 
 		 438 aa  508  1e-143  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  56.97 
 
 		 441 aa  501  1e-140  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  47.68 
 
 		 445 aa  394  1e-108  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  45.99 
 
 		 440 aa  386  1e-106  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  45.65 
 
 		 445 aa  384  1e-105  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  46.62 
 
 		 441 aa  384  1e-105  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  43.27 
 
 		 444 aa  366  1e-100  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  46.3 
 
 		 443 aa  362  5.0000000000000005e-99  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  42.69 
 
 		 455 aa  360  2e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  46 
 
 		 441 aa  359  5e-98  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  42.3 
 
 		 447 aa  359  6e-98  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  46.25 
 
 		 441 aa  359  7e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  45.35 
 
 		 441 aa  356  5e-97  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  45.35 
 
 		 441 aa  355  1e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  43.07 
 
 		 429 aa  352  8.999999999999999e-96  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  42.72 
 
 		 444 aa  348  9e-95  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  42.89 
 
 		 444 aa  345  8e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.33 
 
 		 429 aa  344  2e-93  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  42.33 
 
 		 429 aa  343  2e-93  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  42.89 
 
 		 444 aa  344  2e-93  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  45.11 
 
 		 457 aa  342  7e-93  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  40.51 
 
 		 427 aa  341  2e-92  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  43.32 
 
 		 426 aa  340  2.9999999999999998e-92  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  44.63 
 
 		 457 aa  340  2.9999999999999998e-92  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  42.27 
 
 		 446 aa  337  2.9999999999999997e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  41.48 
 
 		 426 aa  336  5e-91  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  43.1 
 
 		 446 aa  336  5e-91  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  42.14 
 
 		 446 aa  331  1e-89  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  41.9 
 
 		 466 aa  330  2e-89  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  43.58 
 
 		 454 aa  330  3e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  40.98 
 
 		 429 aa  328  8e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  39.47 
 
 		 449 aa  318  1e-85  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  41.71 
 
 		 442 aa  309  5.9999999999999995e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  39.2 
 
 		 450 aa  306  7e-82  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  33.69 
 
 		 418 aa  199  6e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  30.28 
 
 		 438 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  31.06 
 
 		 444 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 		 394 aa  119  9.999999999999999e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  27.33 
 
 		 393 aa  96.3  9e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  26.65 
 
 		 391 aa  95.9  1e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 		 397 aa  94.7  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.26 
 
 		 420 aa  93.2  9e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  25.85 
 
 		 389 aa  90.1  8e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.46 
 
 		 410 aa  88.6  2e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.66 
 
 		 403 aa  88.6  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  26.41 
 
 		 385 aa  89  2e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  25.15 
 
 		 389 aa  83.6  0.000000000000006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  25.19 
 
 		 415 aa  80.9  0.00000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  25.06 
 
 		 414 aa  75.5  0.000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  24.58 
 
 		 414 aa  74.3  0.000000000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  24.88 
 
 		 419 aa  72.8  0.00000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  26.48 
 
 		 397 aa  72.8  0.00000000001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  26.75 
 
 		 408 aa  68.9  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  24.66 
 
 		 397 aa  68.9  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  23.45 
 
 		 415 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  29 
 
 		 379 aa  63.9  0.000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26.01 
 
 		 426 aa  63.5  0.000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  24.87 
 
 		 426 aa  62.8  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  26.04 
 
 		 426 aa  62.4  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26.27 
 
 		 424 aa  62  0.00000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  26.3 
 
 		 438 aa  61.2  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  27.59 
 
 		 379 aa  59.7  0.00000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  24.6 
 
 		 410 aa  57.4  0.0000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  27.47 
 
 		 378 aa  57  0.0000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  24.52 
 
 		 426 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  22.44 
 
 		 410 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  24.6 
 
 		 411 aa  55.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  25.63 
 
 		 379 aa  55.8  0.000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  25.4 
 
 		 428 aa  53.5  0.000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2148  extracellular ligand-binding receptor  23.26 
 
 		 390 aa  52.4  0.00001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  25.13 
 
 		 382 aa  52  0.00002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1706  extracellular ligand-binding receptor  31.02 
 
 		 434 aa  51.6  0.00003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0138275 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  26.34 
 
 		 381 aa  50.8  0.00005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4060  extracellular ligand-binding receptor  23.39 
 
 		 384 aa  50.4  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.255859 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  24.12 
 
 		 411 aa  49.7  0.00009  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  21.77 
 
 		 425 aa  49.7  0.0001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  22.03 
 
 		 404 aa  49.7  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0666  ABC transporter substrate-binding protein  26.19 
 
 		 410 aa  48.5  0.0002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.112312 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  24.62 
 
 		 411 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0796  extracellular ligand-binding receptor  21.85 
 
 		 406 aa  47.4  0.0005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  24.29 
 
 		 379 aa  47  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 		 411 aa  47  0.0007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  28.36 
 
 		 409 aa  46.6  0.0008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  28.47 
 
 		 404 aa  46.6  0.0008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1738  leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  20.22 
 
 		 409 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0827731 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  22.44 
 
 		 402 aa  45.8  0.001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26 
 
 		 380 aa  45.4  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  23.15 
 
 		 406 aa  45.8  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4244  Extracellular ligand-binding receptor  22.7 
 
 		 411 aa  45.8  0.002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  25.11 
 
 		 379 aa  45.1  0.002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0110  putative ABC transporter, substrate-binding protein; putative branched-chain amino acid transporter  22.67 
 
 		 402 aa  44.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64006  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>