180 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mnod_0300 on replicon NC_011894
Organism: Methylobacterium nodulans ORS 2060



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  100 
 
 		 426 aa  861    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  92.02 
 
 		 424 aa  740    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  69.41 
 
 		 438 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  67.76 
 
 		 426 aa  616  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  71.71 
 
 		 426 aa  615  1e-175  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  71.57 
 
 		 426 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  68.23 
 
 		 428 aa  581  1.0000000000000001e-165  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1864  branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  66 
 
 		 426 aa  501  1e-141  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.397842  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1835  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  53.08 
 
 		 415 aa  457  1e-127  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.133741  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  51.87 
 
 		 414 aa  445  1.0000000000000001e-124  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  49.77 
 
 		 415 aa  443  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  51.77 
 
 		 408 aa  430  1e-119  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  50.12 
 
 		 414 aa  425  1e-118  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3413  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid-binding protein  50.94 
 
 		 419 aa  423  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  36.93 
 
 		 385 aa  230  4e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  36.22 
 
 		 394 aa  212  1e-53  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.79 
 
 		 410 aa  199  7.999999999999999e-50  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32.97 
 
 		 403 aa  195  1e-48  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  33.79 
 
 		 420 aa  194  3e-48  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  25.49 
 
 		 397 aa  109  1e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  25.64 
 
 		 389 aa  103  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 		 391 aa  101  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 		 393 aa  101  2e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  27.61 
 
 		 389 aa  100  5e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  23.85 
 
 		 397 aa  87.8  3e-16  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  22.74 
 
 		 397 aa  80.1  0.00000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  27.4 
 
 		 443 aa  77  0.0000000000005  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  26.09 
 
 		 444 aa  77  0.0000000000007  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  28.41 
 
 		 447 aa  75.9  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  27.18 
 
 		 437 aa  74.3  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  25.81 
 
 		 381 aa  70.9  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  25.8 
 
 		 442 aa  66.2  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  25.78 
 
 		 441 aa  64.7  0.000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  25.68 
 
 		 441 aa  64.3  0.000000004  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.78 
 
 		 441 aa  64.3  0.000000004  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  25.68 
 
 		 441 aa  63.9  0.000000006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  23.86 
 
 		 402 aa  63.9  0.000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  22.77 
 
 		 440 aa  63.9  0.000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  24.37 
 
 		 379 aa  61.2  0.00000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2081  twin-arginine translocation pathway signal  26.45 
 
 		 394 aa  58.9  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.353288 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  26.72 
 
 		 444 aa  59.3  0.0000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  23.6 
 
 		 429 aa  59.3  0.0000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  24.17 
 
 		 457 aa  57.8  0.0000003  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  25.26 
 
 		 379 aa  58.2  0.0000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.61 
 
 		 438 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  25.07 
 
 		 446 aa  57.8  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  23.97 
 
 		 441 aa  57  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4853  extracellular ligand-binding receptor  25.73 
 
 		 396 aa  57  0.0000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  25.85 
 
 		 441 aa  57  0.0000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  24.17 
 
 		 457 aa  56.6  0.0000008  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_002936  DET0942  putative lipoprotein  23.32 
 
 		 428 aa  55.8  0.000001  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0813941  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1164  Extracellular ligand-binding receptor  25.88 
 
 		 404 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179963  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  23.92 
 
 		 446 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1966  Extracellular ligand-binding receptor  25.21 
 
 		 396 aa  56.2  0.000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0542442 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5340  Extracellular ligand-binding receptor  25.44 
 
 		 396 aa  55.8  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.200092  normal  0.984381 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4184  extracellular ligand-binding receptor  27.92 
 
 		 377 aa  55.5  0.000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.891545 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  21.75 
 
 		 444 aa  55.8  0.000002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  22.63 
 
 		 454 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3606  extracellular ligand-binding receptor  30.17 
 
 		 395 aa  55.5  0.000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.316629 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  21.7 
 
 		 404 aa  55.1  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.05 
 
 		 466 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  25.71 
 
 		 443 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  24.82 
 
 		 379 aa  55.1  0.000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  22.59 
 
 		 444 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4101  extracellular ligand-binding receptor  23.35 
 
 		 387 aa  54.3  0.000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2389  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein, putative  25.44 
 
 		 382 aa  54.3  0.000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.520842  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  23.04 
 
 		 444 aa  53.5  0.000006  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4100  extracellular ligand-binding receptor  21.79 
 
 		 387 aa  53.5  0.000006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.199713  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  29.45 
 
 		 415 aa  53.9  0.000006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3303  extracellular ligand-binding receptor  25 
 
 		 393 aa  53.5  0.000008  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  25.77 
 
 		 443 aa  53.1  0.000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  24.04 
 
 		 394 aa  53.1  0.000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  22.07 
 
 		 379 aa  52.8  0.00001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  22.42 
 
 		 429 aa  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1428  Extracellular ligand-binding receptor  24.9 
 
 		 401 aa  51.6  0.00002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  26.5 
 
 		 379 aa  52  0.00002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  22.42 
 
 		 429 aa  52  0.00002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3504  extracellular ligand-binding receptor  21.4 
 
 		 392 aa  51.2  0.00003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0407454  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  24.05 
 
 		 381 aa  51.6  0.00003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  24.02 
 
 		 441 aa  51.6  0.00003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  23.39 
 
 		 394 aa  51.6  0.00003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  25.94 
 
 		 398 aa  51.2  0.00003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1027  extracellular ligand-binding receptor  23.62 
 
 		 384 aa  51.2  0.00004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000000299575  normal  0.161964 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4292  putative urea/short-chain amide transport system substrate-binding protein  23.86 
 
 		 412 aa  51.2  0.00004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0103855 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3867  extracellular ligand-binding receptor  25.93 
 
 		 421 aa  51.2  0.00004  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  23.47 
 
 		 446 aa  50.8  0.00005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  22.92 
 
 		 438 aa  50.4  0.00005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3009  extracellular ligand-binding receptor  24.24 
 
 		 415 aa  50.4  0.00005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000545529  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3257  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  26.09 
 
 		 384 aa  50.8  0.00005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  23.53 
 
 		 378 aa  50.4  0.00006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1775  twin-arginine translocation pathway signal  27.69 
 
 		 414 aa  50.4  0.00006  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.185236  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1549  extracellular ligand-binding receptor  26.61 
 
 		 392 aa  50.4  0.00006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  decreased coverage  0.000137786  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  32.14 
 
 		 383 aa  49.7  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3521  extracellular ligand-binding receptor  26.51 
 
 		 400 aa  49.7  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  21.68 
 
 		 382 aa  49.3  0.0001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1798  extracellular ligand-binding receptor  24.76 
 
 		 402 aa  49.7  0.0001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.637603  normal  0.0827017 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0564  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  26.49 
 
 		 420 aa  48.9  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2271  extracellular ligand-binding receptor  27.94 
 
 		 378 aa  48.5  0.0002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.731283  normal  0.0249434 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4935  Extracellular ligand-binding receptor  20.85 
 
 		 389 aa  48.5  0.0002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.682713  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  25.08 
 
 		 426 aa  48.9  0.0002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>