81 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_2751 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_2752  hypothetical protein  73.3 
 
 		 444 aa  649    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43730  hypothetical protein  71.72 
 
 		 446 aa  651    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.959668  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43720  hypothetical protein  84.3 
 
 		 446 aa  741    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.35207  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3002  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  99.1 
 
 		 466 aa  912    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3001  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  73.06 
 
 		 444 aa  648    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.137427  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2751  hypothetical protein  100 
 
 		 446 aa  918    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.563573  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7160  hypothetical protein  65.78 
 
 		 449 aa  593  1e-168  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.108123  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7159  hypothetical protein  69.23 
 
 		 442 aa  590  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.907788  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2547  hypothetical protein  64.65 
 
 		 429 aa  562  1.0000000000000001e-159  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.53503  normal  0.845689 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3876  hypothetical protein  63.66 
 
 		 454 aa  550  1e-155  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.181447 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3494  hypothetical protein  63.26 
 
 		 457 aa  547  1e-154  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.943914  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3802  hypothetical protein  63.02 
 
 		 457 aa  546  1e-154  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0819187  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43750  hypothetical protein  59.13 
 
 		 444 aa  530  1e-149  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.675363  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2987  hypothetical protein  54.61 
 
 		 443 aa  494  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.156171  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2770  hypothetical protein  55.88 
 
 		 441 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43510  hypothetical protein  56.76 
 
 		 441 aa  476  1e-133  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0230529  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2984  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  55.88 
 
 		 441 aa  477  1e-133  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.478657  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0552  hypothetical protein  54.11 
 
 		 441 aa  463  1e-129  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.115646  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4295  hypothetical protein  49.21 
 
 		 447 aa  411  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.33353  decreased coverage  0.00229611 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5035  hypothetical protein  48.69 
 
 		 441 aa  411  1e-113  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5149  hypothetical protein  48.24 
 
 		 444 aa  406  1.0000000000000001e-112  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1435  hypothetical protein  49.02 
 
 		 455 aa  405  1e-111  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0758673  hitchhiker  0.00000490769 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0253  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  46.29 
 
 		 440 aa  396  1e-109  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0750632  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0264  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  46.83 
 
 		 445 aa  397  1e-109  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.122395  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0218  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  46 
 
 		 445 aa  391  1e-107  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2721  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  46.97 
 
 		 441 aa  385  1e-106  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.178646  normal  0.248413 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5010  hypothetical protein  44.08 
 
 		 443 aa  344  2e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3438  hypothetical protein  42.36 
 
 		 443 aa  338  9.999999999999999e-92  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0135692 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3611  hypothetical protein  42.28 
 
 		 442 aa  333  2e-90  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.426846 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3538  hypothetical protein  42.14 
 
 		 437 aa  331  1e-89  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  decreased coverage  0.000073392  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0783  hypothetical protein  41.96 
 
 		 440 aa  332  1e-89  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0565  hypothetical protein  42.35 
 
 		 440 aa  327  2.0000000000000001e-88  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0304954 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0600  hypothetical protein  41.84 
 
 		 444 aa  327  3e-88  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0466  hypothetical protein  41.01 
 
 		 441 aa  326  4.0000000000000003e-88  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.909099  normal  0.128387 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0457  hypothetical protein  41.01 
 
 		 441 aa  325  8.000000000000001e-88  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.734895  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1155  hypothetical protein  39.17 
 
 		 438 aa  310  4e-83  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0965806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2221  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  41.67 
 
 		 429 aa  306  3e-82  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.44239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0052  Fis family transcriptional regulator  40.69 
 
 		 426 aa  305  1.0000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2275  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.18 
 
 		 429 aa  301  2e-80  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.135697  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic substrate-binding protein  41.18 
 
 		 429 aa  301  2e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0380  high-affinity branched-chain amino acid transport system periplasmic binding protein livK  40.79 
 
 		 426 aa  296  5e-79  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0649125  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0119  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein, putative  38.79 
 
 		 427 aa  271  2e-71  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.232449  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4004  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic branched-chain amino acid binding protein  39.7 
 
 		 450 aa  266  5e-70  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.781532  normal  1 
 
 
-
 
NC_007950  Bpro_5291  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  33.51 
 
 		 418 aa  184  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5205  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32.09 
 
 		 444 aa  182  7e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2949  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  32.84 
 
 		 438 aa  180  4e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0366338  normal  0.0607744 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 		 394 aa  97.1  5e-19  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.13 
 
 		 420 aa  87  5e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.87 
 
 		 410 aa  86.3  0.000000000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.87 
 
 		 403 aa  80.5  0.00000000000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0404  Extracellular ligand-binding receptor  24.23 
 
 		 389 aa  73.9  0.000000000005  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  23.04 
 
 		 389 aa  70.9  0.00000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  22.97 
 
 		 385 aa  66.6  0.0000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3839  extracellular ligand-binding receptor  23.32 
 
 		 397 aa  65.5  0.000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0951081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0029  extracellular ligand-binding receptor  23.17 
 
 		 393 aa  63.9  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4065  extracellular ligand-binding receptor  23.1 
 
 		 391 aa  63.5  0.000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  22.64 
 
 		 410 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  24.8 
 
 		 402 aa  52.8  0.00001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  22.85 
 
 		 414 aa  51.6  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0508  extracellular ligand-binding receptor  25.38 
 
 		 403 aa  51.2  0.00004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000199641  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  26.32 
 
 		 370 aa  50.8  0.00005  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  24.36 
 
 		 404 aa  50.4  0.00006  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5718  branched-chain amino acid ABC transporter  23.89 
 
 		 428 aa  47.8  0.0004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.133365  normal  0.764362 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2305  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  24.72 
 
 		 424 aa  47.8  0.0004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.883037  normal  0.020868 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  22.02 
 
 		 411 aa  47.4  0.0005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7081  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  22.05 
 
 		 407 aa  47  0.0006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.220124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  24.89 
 
 		 395 aa  46.2  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4246  Extracellular ligand-binding receptor  22.07 
 
 		 409 aa  46.2  0.001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  21.82 
 
 		 425 aa  46.2  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  22.01 
 
 		 397 aa  45.4  0.002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  24 
 
 		 397 aa  45.1  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3562  putative leucine/isoleucine/valine-binding protein precursor  22.31 
 
 		 409 aa  45.4  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0300  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  23.55 
 
 		 426 aa  45.1  0.002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.652614  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  23.27 
 
 		 398 aa  45.8  0.002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  23.76 
 
 		 408 aa  44.7  0.003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2733  Extracellular ligand-binding receptor  23.76 
 
 		 407 aa  44.3  0.004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  21.68 
 
 		 411 aa  43.9  0.005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0920  extracellular ligand-binding receptor  23.21 
 
 		 382 aa  43.9  0.006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  21.95 
 
 		 410 aa  43.5  0.007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  22.02 
 
 		 411 aa  43.5  0.007  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  23.53 
 
 		 407 aa  43.1  0.009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>