247 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DhcVS_813 on replicon NC_013552
Organism: Dehalococcoides sp. VS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002936  DET0942  putative lipoprotein  94.86 
 
 
428 aa  830    Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.0813941  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0826  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  96.73 
 
 
428 aa  823    Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_813  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  100 
 
 
428 aa  883    Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0943  putative lipoprotein  70.69 
 
 
430 aa  599  1e-170  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  0.083606  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0827  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  71.18 
 
 
430 aa  600  1e-170  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_814  ABC-type branched-chain amino acid transport systems, periplasmic component  70.44 
 
 
430 aa  594  1e-168  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.888026  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1594  Extracellular ligand-binding receptor  25.34 
 
 
394 aa  112  2.0000000000000002e-23  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2285  Extracellular ligand-binding receptor  27 
 
 
385 aa  107  4e-22  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.399222  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0542  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  25.81 
 
 
420 aa  104  3e-21  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0626  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  26.08 
 
 
410 aa  103  6e-21  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.741534  normal  0.166856 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2427  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component-like protein  24.6 
 
 
403 aa  101  2e-20  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1546  branched chain amino acid ABC transporter amino acid-binding protein  26.56 
 
 
404 aa  93.6  7e-18  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.102523  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2131  extracellular ligand-binding receptor  25.78 
 
 
379 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0617424  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1735  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26 
 
 
378 aa  79.3  0.0000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.583415  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2001  Extracellular ligand-binding receptor  26.33 
 
 
411 aa  79.3  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1734  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  25.45 
 
 
380 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.534498  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1671  extracellular ligand-binding receptor  26.4 
 
 
379 aa  75.5  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0139  ABC-type branched-chain amino acid transport systems periplasmic component  24.69 
 
 
402 aa  74.7  0.000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2190  Extracellular ligand-binding receptor  26.88 
 
 
379 aa  74.3  0.000000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3566  extracellular ligand-binding receptor  27.12 
 
 
411 aa  73.6  0.000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.172998  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2189  Extracellular ligand-binding receptor  26 
 
 
379 aa  72.8  0.00000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2037  Extracellular ligand-binding receptor  24.8 
 
 
379 aa  72  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000596452 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2038  Extracellular ligand-binding receptor  25.6 
 
 
379 aa  70.9  0.00000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000518039 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3597  extracellular ligand-binding receptor  20.83 
 
 
398 aa  68.2  0.0000000003  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1861  Extracellular ligand-binding receptor  22.51 
 
 
379 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.571716  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1898  extracellular ligand-binding receptor  25.06 
 
 
411 aa  67.8  0.0000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.193262 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2130  extracellular ligand-binding receptor  24.19 
 
 
380 aa  67  0.0000000006  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.482674  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1823  extracellular ligand-binding receptor  24.64 
 
 
380 aa  66.6  0.0000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7082  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  24.53 
 
 
407 aa  66.6  0.0000000008  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1866  extracellular ligand-binding receptor  25.22 
 
 
373 aa  66.2  0.0000000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4245  ABC transporter substrate-binding protein  23.44 
 
 
410 aa  65.9  0.000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1860  Extracellular ligand-binding receptor  24.83 
 
 
382 aa  65.9  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.153544  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4575  ABC transporter substrate-binding protein  21.76 
 
 
426 aa  65.5  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1566  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  21.9 
 
 
426 aa  65.1  0.000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.293644  normal  0.470298 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7952  Extracellular ligand-binding receptor  23.55 
 
 
384 aa  65.1  0.000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.351177  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4179  putative branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  22.19 
 
 
438 aa  64.3  0.000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0090  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  25.27 
 
 
395 aa  63.9  0.000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0960253  normal  0.350813 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1556  branched chain amino-acid ABC transporter substrate-binding protein  20.39 
 
 
426 aa  62.4  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4650  putative ABC transporter (substrate-binding protein); putative branched-chain amino acid transporter  21.35 
 
 
400 aa  62.4  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0611  Extracellular ligand-binding receptor  23.48 
 
 
371 aa  62.8  0.00000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2607  putative branched-chain amino acid ABC transporter  23.63 
 
 
414 aa  61.6  0.00000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3728  extracellular ligand-binding receptor  24.42 
 
 
392 aa  61.6  0.00000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.172455  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2379  Extracellular ligand-binding receptor  24.79 
 
 
397 aa  61.2  0.00000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1137  Extracellular ligand-binding receptor  21.19 
 
 
393 aa  61.2  0.00000003  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0165472  normal  0.816566 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0038  extracellular ligand-binding receptor  24.45 
 
 
406 aa  60.8  0.00000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7650  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  21.78 
 
 
395 aa  60.8  0.00000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.394273 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0314  extracellular ligand-binding receptor  25.36 
 
 
397 aa  60.8  0.00000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.568066  normal  0.496718 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3561  extracellular ligand-binding receptor  24.77 
 
 
409 aa  60.8  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4127  extracellular ligand-binding receptor  24.14 
 
 
400 aa  60.5  0.00000005  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.515914  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3105  Extracellular ligand-binding receptor  24.04 
 
 
389 aa  60.1  0.00000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2411  extracellular ligand-binding receptor  22.89 
 
 
381 aa  60.1  0.00000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2361  extracellular ligand-binding receptor  19.77 
 
 
383 aa  60.1  0.00000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00517611  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2357  extracellular ligand-binding receptor  23.26 
 
 
389 aa  59.7  0.00000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0768636  normal  0.579443 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3822  Extracellular ligand-binding receptor  21.88 
 
 
394 aa  59.7  0.00000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  unclonable  0.0000000102798  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7651  putative branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic binding protein  23.12 
 
 
415 aa  59.7  0.0000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.99279  normal  0.165016 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4614  extracellular ligand-binding receptor  22.84 
 
 
406 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0121  extracellular ligand-binding receptor  23.91 
 
 
406 aa  59.3  0.0000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.455844 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0668  extracellular ligand-binding receptor  21.53 
 
 
392 aa  58.5  0.0000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.431771  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1864  branched-chain amino acid ABC transport system substrate-binding protein  22.99 
 
 
426 aa  58.5  0.0000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.397842  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1739  extracellular ligand-binding receptor  24.59 
 
 
410 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.152869 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1065  Extracellular ligand-binding receptor  22.26 
 
 
381 aa  58.5  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.000196823  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3560  extracellular ligand-binding receptor  23.47 
 
 
411 aa  58.9  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.726041  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000400  ABC transporter substrate-binding protein  21.96 
 
 
414 aa  57.8  0.0000004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0583  Extracellular ligand-binding receptor  24.42 
 
 
406 aa  57.4  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.981919  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0635  Extracellular ligand-binding receptor  24.45 
 
 
378 aa  57.8  0.0000004  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  decreased coverage  0.0000043194  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3823  Extracellular ligand-binding receptor  22.15 
 
 
394 aa  57.8  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00025514  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1681  extracellular ligand-binding receptor  22.34 
 
 
385 aa  57  0.0000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.681493  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4000  Extracellular ligand-binding receptor  23.42 
 
 
403 aa  57  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3686  extracellular ligand-binding receptor  24.68 
 
 
383 aa  56.6  0.0000008  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1392  Extracellular ligand-binding receptor  23.91 
 
 
382 aa  56.6  0.0000008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.54413  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2401  extracellular ligand-binding receptor  23.46 
 
 
385 aa  56.2  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.682902 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3133  putative branched-chain amino acid ABC transporter  23.81 
 
 
415 aa  56.2  0.000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.401616  normal  0.899973 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0874  putative amino-acid ABC transport system, periplasmic binding protein  22.52 
 
 
406 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.034766  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0718  Extracellular ligand-binding receptor  27.06 
 
 
412 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2535  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.51 
 
 
397 aa  55.8  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3909  Extracellular ligand-binding receptor  23.36 
 
 
386 aa  56.2  0.000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2943  Extracellular ligand-binding receptor  21.52 
 
 
382 aa  55.1  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.35469  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5317  extracellular ligand-binding receptor  22.65 
 
 
397 aa  55.5  0.000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.862776  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2445  Extracellular ligand-binding receptor  23.12 
 
 
397 aa  55.5  0.000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0465  extracellular ligand-binding receptor  27.71 
 
 
416 aa  54.7  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0898027  normal  0.196528 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1117  extracellular ligand-binding receptor  25.16 
 
 
371 aa  54.7  0.000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.00000089327  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3506  putative branched-chain amino acid transport system substrate-binding protein  21.92 
 
 
408 aa  54.3  0.000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2746  Extracellular ligand-binding receptor  26.72 
 
 
385 aa  54.3  0.000004  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1050  extracellular ligand-binding receptor  23.02 
 
 
381 aa  53.9  0.000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.464924 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3111  Extracellular ligand-binding receptor  25.97 
 
 
385 aa  53.9  0.000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7080  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic-binding protein  21.89 
 
 
404 aa  53.9  0.000005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.476664  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0995  Extracellular ligand-binding receptor  21.15 
 
 
379 aa  53.9  0.000006  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.725983  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1842  hypothetical protein  24.58 
 
 
405 aa  53.9  0.000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.839069  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4069  extracellular ligand-binding receptor  24.57 
 
 
393 aa  53.5  0.000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0024  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.1 
 
 
386 aa  53.5  0.000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.471864  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3401  branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  26.64 
 
 
396 aa  53.5  0.000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.232513  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2428  Extracellular ligand-binding receptor  24.81 
 
 
381 aa  53.1  0.000008  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.632762  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0095  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  23.03 
 
 
399 aa  53.1  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.237273 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0352  extracellular ligand-binding receptor  21.14 
 
 
410 aa  53.5  0.000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.115416  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1635  putative branched-chain amino acid ABC transporter  23.08 
 
 
497 aa  53.1  0.000009  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.314294  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3510  ABC transporter substrate binding protein (amino acid)  25.41 
 
 
371 aa  52.4  0.00001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.533317  n/a   
 
 
-
 
NC_014213  Mesil_3294  hypothetical protein  24.86 
 
 
383 aa  52.8  0.00001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.953272  normal  0.0380984 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2750  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  22.05 
 
 
425 aa  52.8  0.00001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0109739  normal  0.254921 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0645  extracellular ligand-binding receptor  27.68 
 
 
386 aa  52.8  0.00001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3153  extracellular ligand-binding receptor  23.91 
 
 
398 aa  52.8  0.00001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.154593  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>