More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1342 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1342  GntR domain protein  100 
 
 		 229 aa  455  1e-127  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00721185  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4353  GntR domain protein  53.49 
 
 		 225 aa  216  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.217237 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2703  GntR domain-containing protein  53.02 
 
 		 225 aa  213  9.999999999999999e-55  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.121781  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0560  GntR family transcriptional regulator  54.63 
 
 		 337 aa  213  1.9999999999999998e-54  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.925079  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0561  GntR family transcriptional regulator  54.63 
 
 		 225 aa  213  2.9999999999999995e-54  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4621  GntR domain protein  53.46 
 
 		 225 aa  212  2.9999999999999995e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.471492  normal  0.10805 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3919  transcriptional regulator GntR family  50.47 
 
 		 231 aa  191  8e-48  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.375079  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1162  GntR domain protein  46.19 
 
 		 231 aa  174  7e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.10075  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6865  GntR family transcriptional regulator  42.29 
 
 		 235 aa  170  2e-41  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0328  GntR family transcriptional regulator  42.79 
 
 		 221 aa  157  1e-37  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.661086 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_10060  transcriptional regulator, GntR family  43.58 
 
 		 226 aa  156  2e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0815539  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1707  GntR domain protein  41.94 
 
 		 252 aa  156  3e-37  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43480  GntR family transcriptional regulator  42.58 
 
 		 215 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5880  GntR domain protein  40.85 
 
 		 223 aa  150  2e-35  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1365  GntR domain-containing protein  41.7 
 
 		 224 aa  150  2e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3646  putative transcriptional regulator  42.11 
 
 		 215 aa  150  2e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.305132  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0016  GntR domain-containing protein  40.72 
 
 		 233 aa  145  5e-34  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.504347  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1163  GntR domain protein  41.26 
 
 		 230 aa  145  5e-34  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.613431 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1374  GntR family transcriptional regulator  38.99 
 
 		 231 aa  144  8.000000000000001e-34  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0659803  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0952  GntR domain-containing protein  42.23 
 
 		 225 aa  144  1e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0339  GntR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 221 aa  141  8e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0349  GntR family transcriptional regulator  42.33 
 
 		 221 aa  141  8e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  0.495612 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0977  GntR family transcriptional regulator  38.86 
 
 		 219 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4247  GntR domain-containing protein  39.9 
 
 		 216 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1008  GntR domain-containing protein  37.05 
 
 		 216 aa  132  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.19227  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0976  GntR domain-containing protein  37.5 
 
 		 216 aa  131  6.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.664678  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0969  GntR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 216 aa  131  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9327  putative transcriptional regulator  43.01 
 
 		 229 aa  129  3e-29  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.572046  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4846  GntR domain protein  41.09 
 
 		 222 aa  127  1.0000000000000001e-28  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0923  GntR domain protein  33.03 
 
 		 230 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0612567  normal  0.0530485 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3543  GntR domain-containing protein  41.62 
 
 		 235 aa  126  2.0000000000000002e-28  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.909399 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1794  GntR domain protein  37.96 
 
 		 224 aa  126  3e-28  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.126744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4529  GntR domain-containing protein  42.33 
 
 		 224 aa  123  2e-27  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00172628 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1422  regulatory protein GntR HTH  42.77 
 
 		 233 aa  122  5e-27  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_09790  transcriptional regulator  38.5 
 
 		 241 aa  122  6e-27  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0176841  normal  1 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1051  GntR domain protein  42.92 
 
 		 217 aa  121  8e-27  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.802892 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1117  regulatory protein GntR HTH  34.65 
 
 		 222 aa  119  3.9999999999999996e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.377836 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1084  regulatory protein GntR HTH  34.45 
 
 		 226 aa  117  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00753008  hitchhiker  0.00000253482 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1578  GntR domain protein  31.53 
 
 		 230 aa  117  9.999999999999999e-26  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00244066  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4257  transcriptional regulator, GntR family  33.17 
 
 		 226 aa  115  6.9999999999999995e-25  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00030759 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0915  GntR domain-containing protein  32.68 
 
 		 226 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3311  GntR domain protein  33.97 
 
 		 218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.439915  hitchhiker  0.000169806 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3104  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 226 aa  110  2.0000000000000002e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.804027  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4108  GntR domain-containing protein  41.78 
 
 		 227 aa  109  3e-23  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.555011  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0366  GntR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 222 aa  109  4.0000000000000004e-23  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.479858  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2216  GntR domain protein  36.57 
 
 		 225 aa  107  1e-22  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.981571  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2815  GntR domain-containing protein  36.04 
 
 		 264 aa  106  3e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.336695  normal  0.311573 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1602  GntR domain protein  33.5 
 
 		 222 aa  105  4e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1180  GntR domain protein  34.43 
 
 		 231 aa  104  1e-21  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3757  GntR domain-containing protein  38.65 
 
 		 235 aa  103  2e-21  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.560097  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4197  GntR family transcriptional regulator  33.79 
 
 		 255 aa  103  2e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.675851  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1624  GntR domain-containing protein  35.75 
 
 		 238 aa  102  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.276308  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0711  GntR domain protein  37.91 
 
 		 234 aa  101  8e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.103859  normal  0.118228 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2805  GntR domain protein  41.4 
 
 		 226 aa  101  8e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0232435 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0903  GntR domain protein  39.46 
 
 		 224 aa  100  2e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.614609  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0447  GntR-like  38.73 
 
 		 264 aa  100  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2484  GntR domain-containing protein  35.81 
 
 		 238 aa  99.4  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.120596  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1446  GntR domain-containing protein  33.95 
 
 		 227 aa  99  6e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1767  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 255 aa  98.2  9e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2418  GntR domain protein  33.33 
 
 		 251 aa  96.3  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.172286  decreased coverage  0.00114845 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_21660  transcriptional regulator, GntR family  37.5 
 
 		 235 aa  96.3  4e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.716798 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1023  GntR domain-containing protein  34.8 
 
 		 215 aa  95.9  4e-19  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3530  GntR family transcriptional regulator  32.16 
 
 		 247 aa  95.5  6e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0642963  normal  0.159703 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0943  regulatory protein GntR HTH  29.2 
 
 		 242 aa  95.5  7e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3688  GntR domain protein  32.13 
 
 		 248 aa  95.5  7e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3742  GntR domain-containing protein  33.5 
 
 		 269 aa  95.1  8e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3501  GntR domain-containing protein  32.46 
 
 		 234 aa  94.7  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.378835 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5490  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  32.05 
 
 		 256 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.290272  hitchhiker  0.000168771 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4937  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  32.31 
 
 		 256 aa  94.7  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.100111 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5082  GntR domain-containing protein  35.91 
 
 		 250 aa  94.7  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.992616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1537  putative GntR domain protein  28.76 
 
 		 239 aa  94  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1310  GntR family transcriptional regulator  31.31 
 
 		 249 aa  94  2e-18  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.168144  normal  0.307204 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3930  GntR domain-containing protein  32 
 
 		 252 aa  94  2e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.263067  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2589  GntR family transcriptional regulator  34.93 
 
 		 233 aa  94  2e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0339999  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1275  GntR domain protein  34.43 
 
 		 241 aa  94  2e-18  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  34.32 
 
 		 250 aa  93.2  3e-18  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  35.16 
 
 		 255 aa  92.8  4e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C5903  GntR family transcriptional regulator  33.18 
 
 		 288 aa  92.8  4e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.210517  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1626  GntR family transcriptional regulator  32.72 
 
 		 241 aa  92.4  5e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.0000858772  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3177  GntR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 251 aa  92.4  5e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5148  GntR domain protein  36.8 
 
 		 258 aa  92.4  6e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.178203  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0216  GntR domain-containing protein  34.22 
 
 		 235 aa  92  7e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.613582 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0699  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 223 aa  91.3  1e-17  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1834  GntR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 247 aa  91.3  1e-17  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0450394  normal  0.0643045 
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 234 aa  90.9  1e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  34.57 
 
 		 261 aa  90.5  2e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  27.86 
 
 		 229 aa  90.5  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1217  GntR domain-containing protein  32.84 
 
 		 218 aa  90.1  3e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0034  DNA-binding transcriptional regulator GlcC  31.28 
 
 		 256 aa  89.4  4e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0071  GntR domain-containing protein  32.86 
 
 		 258 aa  89.4  4e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3459  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 230 aa  89  5e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  36.22 
 
 		 235 aa  89.4  5e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004633  PSPTOA0035  GntR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 233 aa  88.6  7e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.840145  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  32.37 
 
 		 240 aa  88.6  7e-17  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2669  GntR domain-containing protein  34.63 
 
 		 237 aa  88.6  8e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2802  GntR domain-containing protein  34.63 
 
 		 237 aa  88.6  8e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3461  GntR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 230 aa  88.2  9e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.488404  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 233 aa  88.2  9e-17  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1979  transcriptional regulator, GntR family  29.52 
 
 		 220 aa  88.2  9e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.053401  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2341  GntR domain protein  38.73 
 
 		 226 aa  88.2  9e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>