More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0142 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007404  Tbd_0142  secretion protein HlyD  100 
 
 		 357 aa  670    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.133339  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.33 
 
 		 368 aa  164  3e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.334759  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4189  secretion protein HlyD  33.06 
 
 		 432 aa  163  4.0000000000000004e-39  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.934665 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4295  secretion protein HlyD  33.24 
 
 		 368 aa  158  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.369293  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3245  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.01 
 
 		 372 aa  146  5e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2800  secretion protein HlyD  36.09 
 
 		 356 aa  142  7e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.278622  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4376  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.4 
 
 		 361 aa  139  7e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.264009  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4508  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.4 
 
 		 361 aa  139  7e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.50904  normal  0.396278 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5682  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein NimB  37.95 
 
 		 366 aa  139  1e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00246104  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1681  RND family efflux transporter MFP subunit  31.78 
 
 		 368 aa  130  4.0000000000000003e-29  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.98485  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1460  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.23 
 
 		 355 aa  130  5.0000000000000004e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2719  heavy metal efflux system protein, putative  31.41 
 
 		 365 aa  123  6e-27  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0333968  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5654  secretion protein HlyD  37.72 
 
 		 362 aa  119  7.999999999999999e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6239  putative cation efflux membrane fusion protein  32.12 
 
 		 375 aa  113  5e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3919  RND family efflux transporter MFP subunit  37.13 
 
 		 373 aa  107  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0652865  normal  0.12074 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.46 
 
 		 512 aa  104  3e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  31.46 
 
 		 517 aa  103  4e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0376  cation efflux family protein  28.7 
 
 		 422 aa  101  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4802  secretion protein HlyD  28.1 
 
 		 424 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.838463  decreased coverage  0.00074061 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1176  RND family efflux transporter MFP subunit  30.3 
 
 		 421 aa  98.2  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.771785  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_31990  cobalt/zinc/cadmium efflux RND transporter, membrane fusion protein, CzcB famil  32.85 
 
 		 484 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2043  RND family efflux transporter MFP subunit  29.39 
 
 		 404 aa  96.3  7e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.148074  normal  0.931139 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3969  secretion protein HlyD  28.2 
 
 		 407 aa  95.9  8e-19  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0953607  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5032  copper and silver tricomponent efflux membrane fusion protein CusB (CzcB-like)  29.3 
 
 		 505 aa  95.9  1e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.190443 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2716  RND divalent metal cation efflux membrane fusion protein CzcB precursor  32.12 
 
 		 484 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3556  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.31 
 
 		 433 aa  92.4  1e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0514  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.56 
 
 		 393 aa  92.4  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.770818  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1374  heavy metal resistance protein CzcB  34.38 
 
 		 484 aa  92.4  1e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2409  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB, putative  28.48 
 
 		 404 aa  91.3  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.228901  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  32.4 
 
 		 489 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  32.4 
 
 		 489 aa  91.7  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3286  RND family efflux transporter MFP subunit  28.48 
 
 		 404 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.522349 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2432  HlyD family secretion protein  31.71 
 
 		 488 aa  90.9  3e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.25 
 
 		 412 aa  91.3  3e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0205  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.89 
 
 		 378 aa  90.5  4e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.130265  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1848  RND family efflux transporter MFP subunit  27.93 
 
 		 538 aa  89.7  6e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.485461  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  32.06 
 
 		 489 aa  89.4  9e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1763  Membrane Fusion Protein cluster 2 protein  28.01 
 
 		 520 aa  89  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.305253 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5981  cation proton antiporter efflux protein CzcB  28.01 
 
 		 520 aa  89  1e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00000176523  normal  0.0829956 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  31.71 
 
 		 491 aa  87.8  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  27.53 
 
 		 392 aa  87.4  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3561  secretion protein HlyD  27.67 
 
 		 413 aa  86.3  8e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.398677 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2567  secretion protein HlyD  29.43 
 
 		 401 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.484116 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1808  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.31 
 
 		 510 aa  85.9  0.000000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.034543  normal  0.527092 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  28.49 
 
 		 398 aa  84  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_008758  Pnap_4512  RND family efflux transporter MFP subunit  26.93 
 
 		 552 aa  84  0.000000000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.201635  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1407  secretion protein HlyD  30.14 
 
 		 540 aa  84  0.000000000000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0830  cation eflux system protein  24.28 
 
 		 368 aa  83.2  0.000000000000006  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.0187806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012849  Rpic12D_5356  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.61 
 
 		 510 aa  82.8  0.000000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1715  putative cation efflux system transmembrane protein  27.62 
 
 		 500 aa  82.8  0.000000000000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0232855  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.67 
 
 		 376 aa  82.8  0.000000000000009  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6824  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.18 
 
 		 627 aa  82.4  0.00000000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3587  RND family efflux transporter MFP subunit  28.97 
 
 		 319 aa  82.4  0.00000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1441  heavy metal resistance protein CzcB  31.36 
 
 		 489 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.165558  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2505  RND family efflux transporter MFP subunit  29.82 
 
 		 416 aa  81.6  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.0148068 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  27.19 
 
 		 504 aa  82  0.00000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0032  heavy metal resistance protein CzcB  31.71 
 
 		 516 aa  81.6  0.00000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.751867  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11358  putative metal transport-related, exported protein  27.27 
 
 		 561 aa  81.6  0.00000000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.462947  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 537 aa  81.6  0.00000000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0791  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.52 
 
 		 373 aa  81.6  0.00000000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1030  heavy metal resistance protein CzcB  31.36 
 
 		 489 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0701844  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1526  cobalt-zinc-cadmium resistance protein CzcB  31.01 
 
 		 489 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1182  heavy metal resistance protein CzcB  31.36 
 
 		 489 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.125569  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3622  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 397 aa  81.3  0.00000000000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.106281  normal  1 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0012  heavy metal resistance protein CzcB  31.36 
 
 		 489 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0400  heavy metal resistance protein CzcB  31.36 
 
 		 489 aa  80.9  0.00000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0829315  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0105  RND family efflux transporter MFP subunit  28.77 
 
 		 348 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.21 
 
 		 465 aa  80.5  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2012  secretion protein HlyD  22.04 
 
 		 352 aa  80.1  0.00000000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4082  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 455 aa  80.1  0.00000000000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  31.05 
 
 		 459 aa  79.7  0.00000000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05406  putative cation efflux system transmembrane protein  28.83 
 
 		 513 aa  79.3  0.00000000000009  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3713  RND family efflux transporter MFP subunit  31.71 
 
 		 322 aa  79.3  0.0000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0706  heavy metal efflux system membrane fusion protein  32.06 
 
 		 491 aa  79  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0868485  normal  0.396702 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.11 
 
 		 460 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  27.54 
 
 		 386 aa  78.2  0.0000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  29.24 
 
 		 503 aa  78.2  0.0000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal  1 
 
 
-
 
NC_007972  Rmet_6209  membrane fusion protein cluster 2  29.41 
 
 		 395 aa  76.6  0.0000000000005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.401631  normal  0.0698846 
 
 
-
 
NC_013731  Slin_6756  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.71 
 
 		 411 aa  76.6  0.0000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.425768  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  29.82 
 
 		 399 aa  76.6  0.0000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3792  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.42 
 
 		 440 aa  76.3  0.0000000000008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0979  transporter, putative  27.16 
 
 		 253 aa  75.9  0.000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  29.14 
 
 		 472 aa  75.9  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.66 
 
 		 407 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0477  RND family efflux transporter MFP subunit  30.15 
 
 		 440 aa  74.7  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1715  RND family efflux transporter MFP subunit  28.27 
 
 		 456 aa  74.7  0.000000000002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.542005 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.3 
 
 		 424 aa  74.7  0.000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  30.28 
 
 		 418 aa  74.7  0.000000000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0044  CzcB family cobalt/zinc/cadmium efflux transporter membrane fusion protein  26.37 
 
 		 416 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.597635  hitchhiker  0.00000490268 
 
 
-
 
NC_013732  Slin_6879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.38 
 
 		 607 aa  74.3  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.537519  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  26.37 
 
 		 416 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.712877  hitchhiker  0.00429069 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0061  RND family efflux transporter MFP subunit  26.37 
 
 		 416 aa  74.7  0.000000000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00204779 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.93 
 
 		 374 aa  74.3  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3492  secretion protein HlyD  26.48 
 
 		 545 aa  74.3  0.000000000003  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.341782 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0058  RND family efflux transporter MFP subunit  26.37 
 
 		 416 aa  73.9  0.000000000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.847384 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1439  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.97 
 
 		 380 aa  73.9  0.000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0465471  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3357  RND family efflux transporter MFP subunit  28.14 
 
 		 409 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.748521  hitchhiker  0.00540648 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2295  RND family efflux transporter MFP subunit  31.45 
 
 		 407 aa  73.6  0.000000000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.25 
 
 		 456 aa  73.2  0.000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3848  RND family efflux transporter MFP subunit  30.15 
 
 		 423 aa  73.2  0.000000000006  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>