More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0068 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE0068  diaminopimelate aminotransferase  100 
 
 
411 aa  843    Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1865  diaminopimelate aminotransferase  48.13 
 
 
406 aa  392  1e-108  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.363137  normal  0.0244826 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1810  diaminopimelate aminotransferase  47.75 
 
 
410 aa  386  1e-106  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.803619  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1933  diaminopimelate aminotransferase  45.66 
 
 
413 aa  384  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0550  diaminopimelate aminotransferase  46.29 
 
 
409 aa  377  1e-103  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000714346 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1333  diaminopimelate aminotransferase  45.11 
 
 
407 aa  367  1e-100  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.546409  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2049  diaminopimelate aminotransferase  44.09 
 
 
409 aa  356  3.9999999999999996e-97  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1892  diaminopimelate aminotransferase  45.41 
 
 
407 aa  350  3e-95  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0234  diaminopimelate aminotransferase  44.2 
 
 
411 aa  348  1e-94  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00102405  normal  0.710692 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0193  diaminopimelate aminotransferase  46.33 
 
 
421 aa  343  2e-93  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000572443  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1103  diaminopimelate aminotransferase  43.07 
 
 
407 aa  339  5e-92  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1125  diaminopimelate aminotransferase  43.9 
 
 
396 aa  332  6e-90  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000017221  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1163  diaminopimelate aminotransferase  44.25 
 
 
396 aa  332  8e-90  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00430339  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0641  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  42.6 
 
 
411 aa  315  6e-85  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1441  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.97 
 
 
404 aa  308  1.0000000000000001e-82  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0113  diaminopimelate aminotransferase  40.71 
 
 
413 aa  306  4.0000000000000004e-82  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.239854  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0836  diaminopimelate aminotransferase  41.3 
 
 
423 aa  281  2e-74  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0000246987  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1275  diaminopimelate aminotransferase  39.04 
 
 
415 aa  259  8e-68  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.000199982  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0709  diaminopimelate aminotransferase  39.65 
 
 
415 aa  259  8e-68  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.123026  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0643  diaminopimelate aminotransferase  39.28 
 
 
415 aa  258  2e-67  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.166626  hitchhiker  0.00154424 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0180  diaminopimelate aminotransferase  38.57 
 
 
415 aa  254  1.0000000000000001e-66  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00038111  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.57 
 
 
398 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1674  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.15 
 
 
395 aa  116  6e-25  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000241888 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2374  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.41 
 
 
410 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.428442  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1546  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.99 
 
 
399 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  hitchhiker  0.00241129 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1477  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.79 
 
 
399 aa  108  1e-22  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1088  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.47 
 
 
383 aa  100  5e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0935088  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2796  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.15 
 
 
397 aa  99.8  8e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.884075 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0499  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.45 
 
 
383 aa  97.8  3e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0316  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.93 
 
 
402 aa  97.8  3e-19  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4508  acetylornithine deacetylase  27.08 
 
 
374 aa  97.4  4e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1459  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.14 
 
 
383 aa  97.4  4e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5867  peptidase M20  27.35 
 
 
434 aa  96.7  6e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2494  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.29 
 
 
423 aa  95.9  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5675  acetylornithine deacetylase  27.3 
 
 
376 aa  95.1  2e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2784  peptidase M20  28.92 
 
 
394 aa  94.7  3e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0369165 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1758  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.65 
 
 
439 aa  94  4e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6045  acetylornithine deacetylase  27.45 
 
 
389 aa  94  4e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.0000725367  hitchhiker  0.0000370273 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0404  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.65 
 
 
423 aa  94  5e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3020  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.57 
 
 
431 aa  93.6  5e-18  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.425319 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2044  acetylornithine deacetylase  26.03 
 
 
392 aa  93.6  6e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.234319  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0144  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.96 
 
 
381 aa  93.2  7e-18  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.131428  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.44 
 
 
413 aa  93.2  8e-18  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0770776 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2967  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.26 
 
 
375 aa  92.8  1e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.546622 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0076  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.04 
 
 
404 aa  92.4  1e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2432  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.57 
 
 
395 aa  92  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.402388  normal  0.522542 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1804  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.22 
 
 
386 aa  91.3  3e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0689482  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3160  peptidase M20  25.94 
 
 
421 aa  91.3  3e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.119571  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1331  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.64 
 
 
383 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0263045 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6207  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.83 
 
 
419 aa  90.9  4e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.134371  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2607  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.91 
 
 
382 aa  90.9  4e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.81 
 
 
363 aa  90.5  5e-17  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1523  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.33 
 
 
383 aa  89.7  8e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3894  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.47 
 
 
433 aa  89.7  8e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0781  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.18 
 
 
374 aa  89.4  1e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.946099  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4285  acetylornithine deacetylase  26.72 
 
 
432 aa  89  1e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0115964 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  22.98 
 
 
374 aa  89  1e-16  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.438306  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6376  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.86 
 
 
419 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1723  dipeptidase, putative  24.23 
 
 
465 aa  89  1e-16  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2350  acetylornithine deacetylase  27.35 
 
 
386 aa  89.4  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6609  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.86 
 
 
419 aa  89  1e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0785768 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5407  acetylornithine deacetylase  26.2 
 
 
387 aa  88.2  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.532883  normal  0.0112485 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3614  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.54 
 
 
386 aa  88.6  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.718454  normal  0.0448181 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1852  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.28 
 
 
378 aa  88.6  2e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.751172  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3463  acetylornithine deacetylase  27.49 
 
 
388 aa  88.6  2e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.945504 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_7082  acetylornithine deacetylase  29.88 
 
 
387 aa  88.6  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0793838 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3442  acetylornithine deacetylase  25.6 
 
 
426 aa  87.8  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2554  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.73 
 
 
376 aa  87.8  3e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.115237  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.15 
 
 
385 aa  87.8  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0990  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.32 
 
 
365 aa  87.4  4e-16  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2045  acetylornithine deacetylase  27.78 
 
 
389 aa  87.4  4e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.536708  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.14 
 
 
392 aa  87.4  4e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2192  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25 
 
 
376 aa  87.4  4e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0628  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.05 
 
 
387 aa  87  5e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.27 
 
 
375 aa  87  5e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.36 
 
 
391 aa  87  6e-16  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.370348  normal  0.325609 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71180  acetylornithine deacetylase  27.38 
 
 
384 aa  86.7  6e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0991  acetylornithine deacetylase  25.22 
 
 
402 aa  86.7  7e-16  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.032504  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.38 
 
 
387 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2425  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.59 
 
 
433 aa  85.9  0.000000000000001  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6159  peptidase M20  28.51 
 
 
437 aa  85.5  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.757625  normal  0.774704 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5672  acetylornithine deacetylase  30.33 
 
 
387 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.16138  normal  0.344042 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0094  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.33 
 
 
389 aa  85.1  0.000000000000002  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1271  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.23 
 
 
392 aa  85.1  0.000000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2126  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.42 
 
 
376 aa  85.1  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.521922  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6994  acetylornithine deacetylase  29.75 
 
 
387 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.277721  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2654  hypothetical protein  25.55 
 
 
452 aa  85.1  0.000000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0469483  normal  0.0556402 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1956  acetylornithine deacetylase  26.63 
 
 
411 aa  85.5  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000205463  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3442  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.37 
 
 
422 aa  85.5  0.000000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0916  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.08 
 
 
423 aa  85.1  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0325  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.96 
 
 
442 aa  85.1  0.000000000000002  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6421  acetylornithine deacetylase  27.51 
 
 
390 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.501182  normal  0.657059 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2364  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.62 
 
 
405 aa  84.7  0.000000000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2770  dipeptidase  24.68 
 
 
467 aa  84.7  0.000000000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0101755  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2365  acetylornithine deacetylase  27.56 
 
 
387 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.491069  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6175  acetylornithine deacetylase  27.54 
 
 
384 aa  84.7  0.000000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0788  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.58 
 
 
398 aa  84  0.000000000000004  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.770498  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.02 
 
 
387 aa  84.3  0.000000000000004  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1892  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.36 
 
 
391 aa  83.6  0.000000000000005  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0578  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.8 
 
 
377 aa  83.6  0.000000000000005  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>