More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_1333 on replicon NC_008751
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008751  Dvul_1333  diaminopimelate aminotransferase  100 
 
 
407 aa  824    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.546409  normal  0.250936 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0550  diaminopimelate aminotransferase  67.73 
 
 
409 aa  571  1.0000000000000001e-162  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000714346 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1810  diaminopimelate aminotransferase  58.85 
 
 
410 aa  492  9.999999999999999e-139  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.803619  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2049  diaminopimelate aminotransferase  50.99 
 
 
409 aa  443  1e-123  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1865  diaminopimelate aminotransferase  52.83 
 
 
406 aa  441  9.999999999999999e-123  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.363137  normal  0.0244826 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1933  diaminopimelate aminotransferase  52.23 
 
 
413 aa  426  1e-118  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0234  diaminopimelate aminotransferase  42.82 
 
 
411 aa  370  1e-101  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00102405  normal  0.710692 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0068  diaminopimelate aminotransferase  45.11 
 
 
411 aa  367  1e-100  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0113  diaminopimelate aminotransferase  45.36 
 
 
413 aa  357  9.999999999999999e-98  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  0.239854  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1892  diaminopimelate aminotransferase  40.05 
 
 
407 aa  335  5.999999999999999e-91  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1441  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  43.39 
 
 
404 aa  308  1.0000000000000001e-82  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1163  diaminopimelate aminotransferase  41.54 
 
 
396 aa  305  1.0000000000000001e-81  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00430339  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1125  diaminopimelate aminotransferase  41.4 
 
 
396 aa  298  9e-80  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000017221  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1103  diaminopimelate aminotransferase  36.45 
 
 
407 aa  295  8e-79  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0641  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  39.66 
 
 
411 aa  291  1e-77  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0193  diaminopimelate aminotransferase  40.38 
 
 
421 aa  291  1e-77  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  hitchhiker  0.000572443  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0709  diaminopimelate aminotransferase  33.98 
 
 
415 aa  273  3e-72  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.123026  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0180  diaminopimelate aminotransferase  34.29 
 
 
415 aa  270  2e-71  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00038111  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1275  diaminopimelate aminotransferase  34.29 
 
 
415 aa  263  4.999999999999999e-69  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.000199982  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0643  diaminopimelate aminotransferase  33.81 
 
 
415 aa  259  5.0000000000000005e-68  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.166626  hitchhiker  0.00154424 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0836  diaminopimelate aminotransferase  33.73 
 
 
423 aa  259  6e-68  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0000246987  n/a   
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1546  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.57 
 
 
399 aa  105  2e-21  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  hitchhiker  0.00241129 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1674  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.12 
 
 
395 aa  99.8  8e-20  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000241888 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1477  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.77 
 
 
399 aa  96.7  6e-19  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.18 
 
 
398 aa  95.1  2e-18  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.14 
 
 
387 aa  93.2  8e-18  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2159  hypothetical protein  28.99 
 
 
442 aa  92.4  1e-17  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2313  hypothetical protein  27.18 
 
 
442 aa  92  2e-17  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00701703 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3160  peptidase M20  27.35 
 
 
421 aa  91.7  2e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.119571  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3037  hypothetical protein  28.88 
 
 
451 aa  90.5  5e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2654  hypothetical protein  25.92 
 
 
452 aa  89.7  9e-17  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0469483  normal  0.0556402 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0354  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.83 
 
 
388 aa  89.4  1e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2374  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.24 
 
 
410 aa  88.6  2e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.428442  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3374  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  34.64 
 
 
424 aa  88.6  2e-16  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2015  peptidase M20  27.81 
 
 
442 aa  88.2  2e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.251609  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3604  peptidase M20  27.03 
 
 
434 aa  87.8  3e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.682601  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0325  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.12 
 
 
442 aa  88.2  3e-16  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0411  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.52 
 
 
437 aa  86.7  6e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2787  hypothetical protein  26.95 
 
 
433 aa  86.3  8e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2425  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.12 
 
 
433 aa  86.3  9e-16  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2875  acetylornithine deacetylase  34.83 
 
 
427 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.545702  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1610  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.69 
 
 
447 aa  85.9  0.000000000000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2432  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.4 
 
 
395 aa  85.9  0.000000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.402388  normal  0.522542 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2784  peptidase M20  26.94 
 
 
394 aa  84.7  0.000000000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0369165 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5675  acetylornithine deacetylase  27.74 
 
 
376 aa  84.7  0.000000000000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1685  acetylornithine deacetylase  24.11 
 
 
422 aa  84.3  0.000000000000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.56308  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0420  putative acetylornithine deacetylase  21.11 
 
 
382 aa  83.6  0.000000000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.879042  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1422  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.7 
 
 
423 aa  84  0.000000000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2115  acetylornithine deacetylase  22.5 
 
 
422 aa  83.6  0.000000000000006  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.496864  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5867  peptidase M20  28.14 
 
 
434 aa  83.6  0.000000000000006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2527  acetylornithine deacetylase  25.6 
 
 
403 aa  83.6  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.528744  hitchhiker  0.00344998 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_13850  hypothetical protein  29.91 
 
 
437 aa  83.2  0.000000000000008  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  hitchhiker  0.0000318209  normal 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4949  peptidase M20  26.65 
 
 
440 aa  82.8  0.000000000000009  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.138857  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1192  hypothetical protein  25.27 
 
 
439 aa  82.4  0.00000000000001  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.0330579  normal  0.0773998 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1601  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.09 
 
 
387 aa  82.4  0.00000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0549352 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3489  hypothetical protein  27.55 
 
 
430 aa  82.8  0.00000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.919761 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3045  acetylornithine deacetylase  22.8 
 
 
422 aa  81.6  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2128  peptidase M20  27.07 
 
 
446 aa  81.6  0.00000000000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.797778  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4903  hypothetical protein  23.77 
 
 
462 aa  81.6  0.00000000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0308008  normal  0.0833293 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1080  acetylornithine deacetylase  32.61 
 
 
430 aa  81.6  0.00000000000002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1915  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.75 
 
 
388 aa  80.5  0.00000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.121037 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2278  acetylornithine deacetylase  22.99 
 
 
422 aa  80.1  0.00000000000006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1633  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.75 
 
 
403 aa  80.1  0.00000000000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.73321  normal  0.191724 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3737  acetylornithine deacetylase  29.77 
 
 
427 aa  79  0.0000000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.565642  normal  0.160134 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_03550  hypothetical protein  25.89 
 
 
451 aa  79.3  0.0000000000001  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1758  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.43 
 
 
439 aa  79  0.0000000000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3149  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.72 
 
 
392 aa  79.3  0.0000000000001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.53519 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.32 
 
 
385 aa  79.3  0.0000000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0239  acetylornithine deacetylase  24.71 
 
 
428 aa  79.3  0.0000000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0353  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.89 
 
 
410 aa  79  0.0000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.117081  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7887  hypothetical protein  30.77 
 
 
444 aa  79  0.0000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0760347  normal  0.0510662 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2405  acetylornithine deacetylase  22.9 
 
 
422 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.741155  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2331  acetylornithine deacetylase  22.78 
 
 
422 aa  78.6  0.0000000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.055832  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0404  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.43 
 
 
423 aa  79  0.0000000000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1905  hypothetical protein  26.91 
 
 
434 aa  78.2  0.0000000000003  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000097088 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3473  peptidase M20  29.15 
 
 
432 aa  77.8  0.0000000000003  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.407843  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2142  acetylornithine deacetylase  22.78 
 
 
422 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0818142  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2080  acetylornithine deacetylase  22.78 
 
 
422 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2076  acetylornithine deacetylase  22.78 
 
 
422 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2297  acetylornithine deacetylase  22.78 
 
 
422 aa  77.4  0.0000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0166  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.3 
 
 
407 aa  77.8  0.0000000000004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3929  peptidase M20  23.28 
 
 
411 aa  77  0.0000000000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.856117  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3755  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25 
 
 
431 aa  76.6  0.0000000000007  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0601129  n/a   
 
 
-
 
NC_012030  Hlac_3448  peptidase M20  29.36 
 
 
419 aa  76.3  0.0000000000008  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2322  acetylornithine deacetylase  22.55 
 
 
422 aa  75.9  0.000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_11770  hypothetical protein  25.88 
 
 
441 aa  75.5  0.000000000001  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.235527  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1098  peptidase dimerisation domain-containing protein  26.91 
 
 
411 aa  75.5  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.975986 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6207  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.48 
 
 
419 aa  75.1  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.134371  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0499  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  22.9 
 
 
383 aa  75.5  0.000000000002  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2654  peptidase M20  26.05 
 
 
443 aa  74.7  0.000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0775  hypothetical protein  23.67 
 
 
409 aa  75.5  0.000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0167319  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5605  acetylornithine deacetylase  28.99 
 
 
374 aa  75.5  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.227908  normal  0.344951 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1994  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.55 
 
 
425 aa  75.1  0.000000000002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.209302 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2118  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  24.81 
 
 
422 aa  75.5  0.000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3442  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.85 
 
 
422 aa  75.1  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9227  peptidase M20  30.54 
 
 
435 aa  75.1  0.000000000002  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1080  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  23.34 
 
 
375 aa  75.1  0.000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1114  peptidase dimerisation domain-containing protein  25.37 
 
 
429 aa  75.1  0.000000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3176  hypothetical protein  29.86 
 
 
444 aa  74.7  0.000000000003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.168778  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0246  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  22.89 
 
 
363 aa  73.9  0.000000000004  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>