More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_3442 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012856  Rpic12D_3143  peptidase M20  76.94 
 
 
424 aa  662    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.138788  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3277  peptidase M20:peptidase dimerisation  93.6 
 
 
422 aa  810    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3470  peptidase M20  76.7 
 
 
424 aa  660    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3442  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  100 
 
 
422 aa  860    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3273  hypothetical protein  74.76 
 
 
424 aa  627  1e-178  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.425351  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1162  peptidase M20  58.35 
 
 
414 aa  481  1e-135  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.988314  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3295  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  58.07 
 
 
409 aa  478  1e-133  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6207  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  57.63 
 
 
419 aa  466  9.999999999999999e-131  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.134371  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6376  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.9 
 
 
419 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6609  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  56.9 
 
 
419 aa  461  1e-129  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0785768 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1109  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.01 
 
 
409 aa  439  9.999999999999999e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330284  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0775  hypothetical protein  53.19 
 
 
409 aa  432  1e-120  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0167319  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5606  peptidase M20  52.78 
 
 
422 aa  434  1e-120  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.750571  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1098  peptidase dimerisation domain-containing protein  53.59 
 
 
411 aa  429  1e-119  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.975986 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4390  peptidase M20  52.18 
 
 
413 aa  431  1e-119  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1422  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.8 
 
 
423 aa  422  1e-117  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0166  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.32 
 
 
407 aa  420  1e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3929  peptidase M20  51.94 
 
 
411 aa  411  1e-113  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.856117  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0720  peptidase M20  53.06 
 
 
424 aa  409  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.611917  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0916  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.52 
 
 
423 aa  405  1.0000000000000001e-112  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2108  peptidase dimerisation domain-containing protein  49.65 
 
 
430 aa  406  1.0000000000000001e-112  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0921136 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0353  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  51.46 
 
 
410 aa  402  1e-111  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.117081  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1035  peptidase dimerisation domain protein  50.48 
 
 
424 aa  398  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1114  peptidase dimerisation domain-containing protein  50.48 
 
 
429 aa  398  1e-109  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1106  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  50.55 
 
 
184 aa  170  4e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0802488  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1674  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.73 
 
 
395 aa  143  6e-33  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000241888 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.84 
 
 
398 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1477  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.44 
 
 
399 aa  138  2e-31  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2374  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.33 
 
 
410 aa  137  3.0000000000000003e-31  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.428442  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3020  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.67 
 
 
431 aa  137  4e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.425319 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1546  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.86 
 
 
399 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  hitchhiker  0.00241129 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0783  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.05 
 
 
435 aa  131  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0325  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.91 
 
 
442 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2494  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.58 
 
 
423 aa  124  3e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0404  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.12 
 
 
423 aa  124  4e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1758  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.12 
 
 
439 aa  123  5e-27  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.98 
 
 
387 aa  117  3.9999999999999997e-25  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2049  acetylornithine deacetylase  28.96 
 
 
416 aa  112  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.686913 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3894  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.75 
 
 
433 aa  110  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1768  acetylornithine deacetylase  28.44 
 
 
412 aa  110  6e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.401756  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0847  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.21 
 
 
413 aa  108  2e-22  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.359888  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4005  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.56 
 
 
400 aa  104  3e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.360154  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1762  acetylornithine deacetylase  28.95 
 
 
411 aa  104  3e-21  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.84 
 
 
413 aa  104  3e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0770776 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2321  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  27.21 
 
 
424 aa  102  9e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.665958  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2918  peptidase M20  28.07 
 
 
389 aa  97.8  3e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.579726  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1877  acetylornithine deacetylase  29.97 
 
 
404 aa  98.2  3e-19  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0439  acetylornithine deacetylase (ArgE)  28.02 
 
 
391 aa  95.9  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1036  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.86 
 
 
426 aa  95.9  1e-18  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.98683  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2045  acetylornithine deacetylase  28.43 
 
 
389 aa  95.1  2e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.536708  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1641  acetylornithine deacetylase  27.93 
 
 
397 aa  95.5  2e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.204001 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01583  acetylornithine deacetylase, hypothetical (Eurofung)  27.44 
 
 
393 aa  94.4  4e-18  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0352078 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0030  acetylornithine deacetylase  25.78 
 
 
446 aa  93.6  6e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2425  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.25 
 
 
433 aa  93.6  6e-18  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2432  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.24 
 
 
395 aa  93.2  7e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.402388  normal  0.522542 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4252  acetylornithine deacetylase  29.72 
 
 
383 aa  93.2  9e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.167911  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0445  acetylornithine deacetylase  27.99 
 
 
390 aa  92.8  9e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4061  acetylornithine deacetylase  29.72 
 
 
383 aa  92.4  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2044  acetylornithine deacetylase  30.99 
 
 
392 aa  92  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.234319  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1125  diaminopimelate aminotransferase  25.78 
 
 
396 aa  92  2e-17  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000017221  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1576  acetylornithine deacetylase  27.49 
 
 
397 aa  92  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.398543  normal  0.0213097 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0836  diaminopimelate aminotransferase  24.4 
 
 
423 aa  92  2e-17  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  hitchhiker  0.0000246987  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2784  peptidase M20  29.57 
 
 
394 aa  91.3  3e-17  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0369165 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0771  peptidase M20:peptidase M20  28.92 
 
 
380 aa  90.9  4e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.216529 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.61 
 
 
385 aa  90.1  6e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.306111  normal  0.0744523 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1905  acetylornithine deacetylase  26.9 
 
 
397 aa  89.7  9e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.119437  normal  0.233853 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3695  acetylornithine deacetylase  27.46 
 
 
364 aa  89.4  1e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2049  diaminopimelate aminotransferase  23.38 
 
 
409 aa  89.4  1e-16  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0369  acetylornithine deacetylase (ArgE)  28.14 
 
 
391 aa  88.6  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2527  acetylornithine deacetylase  28.9 
 
 
403 aa  88.6  2e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.528744  hitchhiker  0.00344998 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1147  acetylornithine deacetylase  26.26 
 
 
386 aa  88.6  2e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.299531  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3430  peptidase M20  27.96 
 
 
364 aa  88.6  2e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.413253 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5407  acetylornithine deacetylase  29.43 
 
 
387 aa  88.6  2e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.532883  normal  0.0112485 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1854  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.41 
 
 
396 aa  88.2  2e-16  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000102296  normal  0.0130262 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4448  acetylornithine deacetylase  28.74 
 
 
383 aa  88.2  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000227619 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4317  acetylornithine deacetylase (ArgE)  27.61 
 
 
388 aa  87.8  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.663035  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1350  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.29 
 
 
395 aa  87.4  4e-16  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.80626  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1103  diaminopimelate aminotransferase  23.6 
 
 
407 aa  87.4  4e-16  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1152  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.85 
 
 
366 aa  87.4  5e-16  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135979  n/a   
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1823  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.23 
 
 
369 aa  87  5e-16  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.248504  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1982  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.3 
 
 
376 aa  86.7  7e-16  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1622  peptidase M20  29.68 
 
 
368 aa  86.7  7e-16  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2607  acetylornithine deacetylase ArgE  27.11 
 
 
379 aa  86.7  7e-16  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000028311  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3112  acetylornithine deacetylase (ArgE)  30.29 
 
 
400 aa  86.7  7e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.593604  normal  0.915795 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2083  acetylornithine deacetylase  27.1 
 
 
388 aa  86.3  9e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.151989  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2958  acetylornithine deacetylase  29.64 
 
 
386 aa  86.3  9e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0155668  normal  0.435017 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3458  acetylornithine deacetylase  27.16 
 
 
385 aa  86.3  9e-16  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3442  acetylornithine deacetylase  24.42 
 
 
426 aa  85.9  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3712  putative acetylornithine deacetylase/succinyl-diaminopimelate desuccinylase and related deacylases  30.3 
 
 
433 aa  85.9  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4525  acetylornithine deacetylase  28.45 
 
 
383 aa  86.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000031235 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4361  acetylornithine deacetylase  28.45 
 
 
383 aa  86.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4330  acetylornithine deacetylase  28.45 
 
 
383 aa  86.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.19698  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5672  acetylornithine deacetylase  30.22 
 
 
387 aa  85.9  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.16138  normal  0.344042 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1163  diaminopimelate aminotransferase  25.3 
 
 
396 aa  85.5  0.000000000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00430339  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4451  acetylornithine deacetylase  28.45 
 
 
383 aa  86.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.600923  hitchhiker  0.000712813 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0954  peptidase dimerisation domain protein  26.56 
 
 
426 aa  85.1  0.000000000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2386  acetylornithine deacetylase (ArgE)  29.85 
 
 
402 aa  85.5  0.000000000000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6421  acetylornithine deacetylase  29.6 
 
 
390 aa  85.5  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.501182  normal  0.657059 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0377  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.18 
 
 
389 aa  85.5  0.000000000000002  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000963652  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1388  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.12 
 
 
393 aa  85.5  0.000000000000002  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0811726  normal  0.459687 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>