More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_3712 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009485  BBta_3712  putative acetylornithine deacetylase/succinyl-diaminopimelate desuccinylase and related deacylases  100 
 
 
433 aa  865    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0954  peptidase dimerisation domain protein  55.61 
 
 
426 aa  438  9.999999999999999e-123  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0325  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.32 
 
 
442 aa  157  2e-37  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2494  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.89 
 
 
423 aa  120  3e-26  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1758  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.74 
 
 
439 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0404  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.9 
 
 
423 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009440  Msed_1823  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  34.78 
 
 
369 aa  111  3e-23  Metallosphaera sedula DSM 5348  Archaea  normal  0.248504  normal 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1546  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.8 
 
 
399 aa  108  2e-22  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  hitchhiker  0.00241129 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_1982  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.99 
 
 
376 aa  107  4e-22  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3020  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.45 
 
 
431 aa  105  2e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.425319 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.07 
 
 
398 aa  105  2e-21  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1477  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.79 
 
 
399 aa  103  7e-21  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3295  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.99 
 
 
409 aa  99.8  8e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1674  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.03 
 
 
395 aa  99  1e-19  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000241888 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0166  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.14 
 
 
407 aa  99  2e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6376  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.36 
 
 
419 aa  99  2e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6609  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.36 
 
 
419 aa  99  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0785768 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3894  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.55 
 
 
433 aa  98.6  2e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6207  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.04 
 
 
419 aa  97.8  4e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.134371  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3442  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.98 
 
 
422 aa  96.7  7e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5606  peptidase M20  31.15 
 
 
422 aa  95.9  1e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.750571  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1422  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.49 
 
 
423 aa  95.1  2e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0775  hypothetical protein  30.1 
 
 
409 aa  94.7  3e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0167319  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3143  peptidase M20  32.26 
 
 
424 aa  93.6  7e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.138788  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3470  peptidase M20  32.26 
 
 
424 aa  92.4  1e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3277  peptidase M20:peptidase dimerisation  30.3 
 
 
422 aa  92.4  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0916  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.72 
 
 
423 aa  92.8  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0783  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.92 
 
 
435 aa  91.7  2e-17  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1109  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.3 
 
 
409 aa  91.7  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330284  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3273  hypothetical protein  34.3 
 
 
424 aa  90.9  4e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.425351  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2108  peptidase dimerisation domain-containing protein  28.61 
 
 
430 aa  90.9  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0921136 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0353  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.51 
 
 
410 aa  90.9  4e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.117081  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4390  peptidase M20  30.35 
 
 
413 aa  90.5  5e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3929  peptidase M20  28.89 
 
 
411 aa  87.4  5e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.856117  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2374  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.08 
 
 
410 aa  85.5  0.000000000000002  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.428442  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2784  peptidase M20  31.05 
 
 
394 aa  85.1  0.000000000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0369165 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0095  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.38 
 
 
429 aa  85.1  0.000000000000002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.276055  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0847  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31 
 
 
413 aa  85.1  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.359888  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3625  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  24.93 
 
 
417 aa  85.5  0.000000000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.209482  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1125  diaminopimelate aminotransferase  24.82 
 
 
396 aa  84.3  0.000000000000003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000017221  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1114  peptidase dimerisation domain-containing protein  28.93 
 
 
429 aa  84  0.000000000000005  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2920  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.59 
 
 
429 aa  83.6  0.000000000000007  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1762  acetylornithine deacetylase  26.77 
 
 
411 aa  83.2  0.000000000000009  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0094  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.07 
 
 
433 aa  82.4  0.00000000000001  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.713156  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2069  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.15 
 
 
391 aa  82.4  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.370348  normal  0.325609 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1098  peptidase dimerisation domain-containing protein  30.1 
 
 
411 aa  82.8  0.00000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.975986 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0095  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.52 
 
 
377 aa  82  0.00000000000002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1892  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.7 
 
 
391 aa  82.4  0.00000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1035  peptidase dimerisation domain protein  28.62 
 
 
424 aa  80.9  0.00000000000004  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0720  peptidase M20  31.15 
 
 
424 aa  79  0.0000000000001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.611917  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1104  acetylornithine deacetylase  25 
 
 
391 aa  79  0.0000000000001  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.681147 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0316  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.88 
 
 
402 aa  79.3  0.0000000000001  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2118  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  25.56 
 
 
422 aa  78.6  0.0000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0081  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.29 
 
 
377 aa  78.6  0.0000000000002  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4252  acetylornithine deacetylase  30.14 
 
 
383 aa  77.8  0.0000000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.167911  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1163  diaminopimelate aminotransferase  24.92 
 
 
396 aa  78.2  0.0000000000003  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00430339  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4061  acetylornithine deacetylase  30.14 
 
 
383 aa  77.4  0.0000000000004  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0573  acetylornithine deacetylase  28.69 
 
 
386 aa  77.4  0.0000000000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.280832  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25 
 
 
387 aa  76.6  0.0000000000009  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1162  peptidase M20  29.61 
 
 
414 aa  75.9  0.000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.988314  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1471  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.15 
 
 
378 aa  75.5  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1610  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.65 
 
 
447 aa  75.1  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3865  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.89 
 
 
433 aa  74.7  0.000000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.838236  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3920  acetylornithine deacetylase  30.62 
 
 
383 aa  73.9  0.000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01145  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.96 
 
 
376 aa  73.6  0.000000000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0346694  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4448  acetylornithine deacetylase  29 
 
 
383 aa  73.6  0.000000000007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000227619 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00044  acetylornithine deacetylase  25.28 
 
 
378 aa  73.6  0.000000000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0411  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.09 
 
 
437 aa  73.2  0.000000000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1868  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.67 
 
 
375 aa  73.2  0.000000000009  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4404  acetylornithine deacetylase  28.63 
 
 
383 aa  73.2  0.00000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.268381 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4525  acetylornithine deacetylase  29 
 
 
383 aa  72.8  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000031235 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0420  putative acetylornithine deacetylase  22.71 
 
 
382 aa  72.4  0.00000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.879042  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0353  acetylornithine deacetylase  28.21 
 
 
388 aa  72.8  0.00000000001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5246  acetylornithine deacetylase  28.16 
 
 
380 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5417  acetylornithine deacetylase  28.63 
 
 
383 aa  72.8  0.00000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4361  acetylornithine deacetylase  29 
 
 
383 aa  73.2  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1278  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.28 
 
 
375 aa  72.4  0.00000000001  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.645839 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4451  acetylornithine deacetylase  29 
 
 
383 aa  72.8  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.600923  hitchhiker  0.000712813 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4330  acetylornithine deacetylase  29 
 
 
383 aa  72.8  0.00000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.19698  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03842  acetylornithine deacetylase  28.63 
 
 
383 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4029  acetylornithine deacetylase (ArgE)  28.63 
 
 
383 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4059  acetylornithine deacetylase  28.63 
 
 
383 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1150  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.48 
 
 
376 aa  72.4  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4191  acetylornithine deacetylase  28.63 
 
 
383 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4443  acetylornithine deacetylase  28.57 
 
 
383 aa  72.4  0.00000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4496  acetylornithine deacetylase  28.63 
 
 
383 aa  71.6  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.815882  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0363  acetylornithine deacetylase  27.9 
 
 
387 aa  71.6  0.00000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.65739  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0201  acetylornithine deacetylase  27.12 
 
 
386 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.000604653  normal  0.090573 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0194  acetylornithine deacetylase  30.62 
 
 
382 aa  72.4  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03791  hypothetical protein  28.63 
 
 
383 aa  72  0.00000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4029  acetylornithine deacetylase  30.9 
 
 
383 aa  71.6  0.00000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.885326  normal  0.300617 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0036  peptidase M20  28.27 
 
 
388 aa  71.2  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0038  peptidase M20  28.27 
 
 
388 aa  71.2  0.00000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2321  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  31.87 
 
 
424 aa  71.2  0.00000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.665958  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2386  acetylornithine deacetylase (ArgE)  32.76 
 
 
402 aa  71.2  0.00000000004  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2083  acetylornithine deacetylase  27.68 
 
 
388 aa  70.5  0.00000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.151989  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0346  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.82 
 
 
447 aa  70.5  0.00000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0940118 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5186  acetylornithine deacetylase  31.22 
 
 
380 aa  70.1  0.00000000007  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1865  diaminopimelate aminotransferase  25.06 
 
 
406 aa  70.1  0.00000000007  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.363137  normal  0.0244826 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2755  acetylornithine deacetylase  30.77 
 
 
378 aa  70.1  0.00000000007  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>