More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_5606 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008786  Veis_0720  peptidase M20  92.22 
 
 
424 aa  764    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.611917  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5606  peptidase M20  100 
 
 
422 aa  855    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.750571  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3295  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  62.75 
 
 
409 aa  512  1e-144  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6376  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.1 
 
 
419 aa  494  1e-139  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6609  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  60.1 
 
 
419 aa  494  1e-139  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.0785768 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6207  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  59.85 
 
 
419 aa  493  9.999999999999999e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.134371  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1162  peptidase M20  56.73 
 
 
414 aa  461  9.999999999999999e-129  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.988314  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0775  hypothetical protein  54.68 
 
 
409 aa  451  1e-125  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0167319  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1098  peptidase dimerisation domain-containing protein  55.58 
 
 
411 aa  446  1.0000000000000001e-124  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.975986 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3470  peptidase M20  56.13 
 
 
424 aa  442  1e-123  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3143  peptidase M20  55.88 
 
 
424 aa  441  1e-123  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.138788  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3929  peptidase M20  52.51 
 
 
411 aa  439  9.999999999999999e-123  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.856117  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0166  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.29 
 
 
407 aa  441  9.999999999999999e-123  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0353  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  53.85 
 
 
410 aa  440  9.999999999999999e-123  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.117081  hitchhiker  0.0085825 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3442  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.78 
 
 
422 aa  434  1e-120  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3277  peptidase M20:peptidase dimerisation  52.06 
 
 
422 aa  428  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1422  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.22 
 
 
423 aa  430  1e-119  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0916  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  54.99 
 
 
423 aa  431  1e-119  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3273  hypothetical protein  57 
 
 
424 aa  424  1e-117  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.425351  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4390  peptidase M20  52.33 
 
 
413 aa  418  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1109  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  52.62 
 
 
409 aa  414  1e-114  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330284  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2108  peptidase dimerisation domain-containing protein  48.72 
 
 
430 aa  401  9.999999999999999e-111  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0921136 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1035  peptidase dimerisation domain protein  50.12 
 
 
424 aa  389  1e-107  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1114  peptidase dimerisation domain-containing protein  49.88 
 
 
429 aa  386  1e-106  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1106  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  47.51 
 
 
184 aa  162  1e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0802488  normal 
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1674  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.85 
 
 
395 aa  151  2e-35  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    hitchhiker  0.000241888 
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0637  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.71 
 
 
398 aa  148  1.0000000000000001e-34  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  hitchhiker  0.00222046  hitchhiker  0.0000509449 
 
 
-
 
NC_009376  Pars_1546  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.14 
 
 
399 aa  146  5e-34  Pyrobaculum arsenaticum DSM 13514  Archaea  normal  hitchhiker  0.00241129 
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1477  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.88 
 
 
399 aa  141  3e-32  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0325  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.64 
 
 
442 aa  134  1.9999999999999998e-30  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0847  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.55 
 
 
413 aa  134  3.9999999999999996e-30  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.359888  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01583  acetylornithine deacetylase, hypothetical (Eurofung)  31.4 
 
 
393 aa  132  2.0000000000000002e-29  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0352078 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2374  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.25 
 
 
410 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.428442  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3020  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.64 
 
 
431 aa  126  6e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.425319 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3492  acetylornithine deacetylase  28.71 
 
 
432 aa  116  8.999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.152448  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.31 
 
 
387 aa  116  1.0000000000000001e-24  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4285  acetylornithine deacetylase  29.53 
 
 
432 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0115964 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1762  acetylornithine deacetylase  29.22 
 
 
411 aa  114  3e-24  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2494  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.6 
 
 
423 aa  114  4.0000000000000004e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0783  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.73 
 
 
435 aa  113  6e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0404  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.84 
 
 
423 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1758  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.84 
 
 
439 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2049  acetylornithine deacetylase  30.75 
 
 
416 aa  110  4.0000000000000004e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.686913 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3894  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.5 
 
 
433 aa  110  5e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4317  acetylornithine deacetylase (ArgE)  31.18 
 
 
388 aa  109  9.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.663035  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2569  acetylornithine deacetylase  27.15 
 
 
432 aa  107  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.999576  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0495  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.65 
 
 
370 aa  107  5e-22  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0240606  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1768  acetylornithine deacetylase  29.97 
 
 
412 aa  107  5e-22  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.401756  normal 
 
 
-
 
NC_013924  Nmag_4005  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.97 
 
 
400 aa  106  7e-22  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.360154  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1152  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.25 
 
 
366 aa  105  1e-21  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135979  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0377  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.2 
 
 
389 aa  105  1e-21  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000963652  n/a   
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  27.44 
 
 
413 aa  105  1e-21  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0770776 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1641  acetylornithine deacetylase  31.25 
 
 
397 aa  105  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.204001 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3135  acetylornithine deacetylase  27.84 
 
 
432 aa  105  2e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1877  acetylornithine deacetylase  29.22 
 
 
404 aa  105  2e-21  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1576  acetylornithine deacetylase  31.34 
 
 
397 aa  104  3e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.398543  normal  0.0213097 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1905  acetylornithine deacetylase  30.24 
 
 
397 aa  104  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.119437  normal  0.233853 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1704  peptidase M20  30.41 
 
 
369 aa  102  1e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2313  acetylornithine deacetylase (ArgE)  31.44 
 
 
389 aa  102  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0897692 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1359  acetylornithine deacetylase  31.86 
 
 
404 aa  102  2e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2784  peptidase M20  30.83 
 
 
394 aa  102  2e-20  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0369165 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1388  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.68 
 
 
393 aa  102  2e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0811726  normal  0.459687 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0990  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.27 
 
 
365 aa  101  3e-20  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1956  acetylornithine deacetylase  30.53 
 
 
411 aa  100  4e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.0000205463  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1990  acetylornithine deacetylase  31.3 
 
 
586 aa  100  4e-20  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0817562  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3112  acetylornithine deacetylase (ArgE)  30.75 
 
 
400 aa  100  4e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.593604  normal  0.915795 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0995  acetylornithine deacetylase  30.86 
 
 
419 aa  100  6e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.717305  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2747  acetylornithine deacetylase (ArgE)  30.46 
 
 
400 aa  100  7e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1262  acetylornithine deacetylase  31.3 
 
 
389 aa  99.8  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0937611  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A3317  acetylornithine deacetylase  31.3 
 
 
389 aa  99.8  9e-20  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0116246  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0439  acetylornithine deacetylase (ArgE)  32.09 
 
 
391 aa  99  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2363  acetylornithine deacetylase  30.99 
 
 
405 aa  99.4  1e-19  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2432  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.9 
 
 
395 aa  99  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.402388  normal  0.522542 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1493  acetylornithine deacetylase  30.99 
 
 
405 aa  99.4  1e-19  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0891925  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2514  acetylornithine deacetylase  30.99 
 
 
405 aa  99.4  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.378081  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0268  acetylornithine deacetylase (ArgE)  30.34 
 
 
398 aa  99.4  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.305714  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1445  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  26.14 
 
 
365 aa  99.4  1e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0181667  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2527  acetylornithine deacetylase  29.38 
 
 
403 aa  99  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.528744  hitchhiker  0.00344998 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2321  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  29.43 
 
 
424 aa  99.4  1e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.665958  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2405  acetylornithine deacetylase  30.99 
 
 
405 aa  99.4  1e-19  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1104  acetylornithine deacetylase  27.6 
 
 
391 aa  98.6  2e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.681147 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5256  acetylornithine deacetylase  31.69 
 
 
406 aa  98.2  2e-19  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.0000221107  normal  0.704477 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0411  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.44 
 
 
437 aa  98.6  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0239  acetylornithine deacetylase  31.45 
 
 
428 aa  98.2  2e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1969  acetylornithine deacetylase  30.98 
 
 
406 aa  98.2  2e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.850845  normal  0.0303442 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0611  acetylornithine deacetylase (ArgE)  34.48 
 
 
389 aa  98.2  3e-19  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.261056  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0369  acetylornithine deacetylase (ArgE)  32.62 
 
 
391 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1860  acetylornithine deacetylase  31.08 
 
 
406 aa  97.8  3e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.000000219748  hitchhiker  0.0000660568 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6134  acetylornithine deacetylase  31.31 
 
 
406 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.131137  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1933  acetylornithine deacetylase  31.31 
 
 
406 aa  97.8  3e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.0058469  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1945  acetylornithine deacetylase  31.31 
 
 
406 aa  97.8  3e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3650  acetylornithine deacetylase  30.79 
 
 
380 aa  97.8  3e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0499881  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2769  peptidase M20  30.18 
 
 
399 aa  97.4  4e-19  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.728292  normal  0.0329756 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1326  acetylornithine deacetylase  31.37 
 
 
406 aa  96.7  7e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  hitchhiker  0.00000000659455  hitchhiker  0.00151978 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2086  acetylornithine deacetylase  29.5 
 
 
405 aa  96.7  8e-19  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.742076  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0401  acetylornithine deacetylase (ArgE)  32.72 
 
 
391 aa  96.3  9e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.309762  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2045  acetylornithine deacetylase  30.56 
 
 
389 aa  95.5  1e-18  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.536708  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3180  peptidase M20  27.38 
 
 
364 aa  95.9  1e-18  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.689816  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4949  peptidase M20  27.45 
 
 
365 aa  96.3  1e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71180  acetylornithine deacetylase  31.65 
 
 
384 aa  95.9  1e-18  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>