More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_3135 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_2569  acetylornithine deacetylase  93.75 
 
 
432 aa  850    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.999576  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4285  acetylornithine deacetylase  75.81 
 
 
432 aa  694    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0115964 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3135  acetylornithine deacetylase  100 
 
 
432 aa  889    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.339139 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3492  acetylornithine deacetylase  84.49 
 
 
432 aa  770    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.152448  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3442  acetylornithine deacetylase  47.33 
 
 
426 aa  384  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2506  acetylornithine deacetylase  47.09 
 
 
426 aa  379  1e-104  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.183541  normal  0.946176 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2938  acetylornithine deacetylase  47.09 
 
 
426 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.926877  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3889  acetylornithine deacetylase  45.58 
 
 
426 aa  369  1e-101  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.465317 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2352  acetylornithine deacetylase  46.75 
 
 
424 aa  365  1e-99  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.737535  normal  0.411266 
 
 
-
 
NC_009468  Acry_3347  acetylornithine deacetylase  42.42 
 
 
436 aa  358  9.999999999999999e-98  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1080  acetylornithine deacetylase  44.66 
 
 
430 aa  354  2e-96  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2664  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  44.21 
 
 
427 aa  340  2.9999999999999998e-92  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.18198 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2875  acetylornithine deacetylase  43.68 
 
 
427 aa  335  5.999999999999999e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.545702  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3737  acetylornithine deacetylase  43.44 
 
 
427 aa  331  1e-89  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.565642  normal  0.160134 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1406  acetylornithine deacetylase  44.81 
 
 
427 aa  320  1.9999999999999998e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.566514  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1036  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.3 
 
 
426 aa  269  7e-71  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.98683  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3755  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  37.1 
 
 
431 aa  257  2e-67  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0601129  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0411  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  33.18 
 
 
437 aa  226  6e-58  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2115  acetylornithine deacetylase  31.08 
 
 
422 aa  214  2.9999999999999995e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.496864  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4015  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  34.47 
 
 
413 aa  209  6e-53  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0030  acetylornithine deacetylase  32.79 
 
 
446 aa  207  2e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2278  acetylornithine deacetylase  31.1 
 
 
422 aa  207  3e-52  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3045  acetylornithine deacetylase  31.89 
 
 
422 aa  202  7e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1610  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.23 
 
 
447 aa  202  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0744  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.56 
 
 
453 aa  200  3e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2142  acetylornithine deacetylase  31.57 
 
 
422 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0818142  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2080  acetylornithine deacetylase  31.57 
 
 
422 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2297  acetylornithine deacetylase  31.57 
 
 
422 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2331  acetylornithine deacetylase  31.65 
 
 
422 aa  198  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.055832  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2405  acetylornithine deacetylase  31.65 
 
 
422 aa  198  2.0000000000000003e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.741155  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0097  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.56 
 
 
437 aa  198  2.0000000000000003e-49  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0395035  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2322  acetylornithine deacetylase  31.33 
 
 
422 aa  197  4.0000000000000005e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2076  acetylornithine deacetylase  31.33 
 
 
422 aa  196  5.000000000000001e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3865  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.79 
 
 
433 aa  194  2e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.838236  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0095  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.84 
 
 
429 aa  194  2e-48  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.276055  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0019  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  33.95 
 
 
428 aa  192  1e-47  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.191094  hitchhiker  0.000354462 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1685  acetylornithine deacetylase  29.83 
 
 
422 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.56308  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0094  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.57 
 
 
433 aa  188  1e-46  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.713156  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4522  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.39 
 
 
428 aa  187  3e-46  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0025  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  34.4 
 
 
429 aa  180  4e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2321  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  31.46 
 
 
424 aa  178  1e-43  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.665958  normal  0.0430362 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3374  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  34.01 
 
 
424 aa  168  2e-40  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12180  acetylornithine deacetylase/succinyldiaminopimelate desuccinylase-like deacylase  32.72 
 
 
463 aa  167  2.9999999999999998e-40  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0246803  normal  0.255441 
 
 
-
 
NC_012028  Hlac_2920  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.66 
 
 
429 aa  160  4e-38  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0497  acetylornithine deacetylase  28.44 
 
 
424 aa  158  2e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00375868  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0467  acetylornithine deacetylase  29.63 
 
 
426 aa  155  9e-37  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0493  acetylornithine deacetylase  29.63 
 
 
426 aa  155  9e-37  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0406  acetylornithine deacetylase  29.1 
 
 
424 aa  155  1e-36  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0410  acetylornithine deacetylase  28.86 
 
 
424 aa  154  2.9999999999999998e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0548  acetylornithine deacetylase  29.46 
 
 
424 aa  153  5e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.166552  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0475  acetylornithine deacetylase  28.86 
 
 
424 aa  153  5e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0548  acetylornithine deacetylase  29.21 
 
 
424 aa  152  8e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000707223  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0810  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  32.77 
 
 
447 aa  152  1e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.966412 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4825  acetylornithine deacetylase  28.47 
 
 
424 aa  149  7e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0895557  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1499  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.79 
 
 
441 aa  145  1e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0412  acetylornithine deacetylase  29.68 
 
 
424 aa  144  4e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2177  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.8 
 
 
441 aa  142  9e-33  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4506  acetylornithine deacetylase  33.03 
 
 
428 aa  140  3e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0792  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  37.91 
 
 
423 aa  139  1e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2118  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  24.77 
 
 
422 aa  138  2e-31  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2502  acetylornithine deacetylase  31.78 
 
 
418 aa  138  2e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.276614 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3625  acetylornithine deacetylase or succinyl- diaminopimelate desuccinylase  28.31 
 
 
417 aa  129  1.0000000000000001e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.209482  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2806  peptidase M20  31.37 
 
 
425 aa  129  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2048  acetylornithine deacetylase  28.21 
 
 
418 aa  127  3e-28  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1722  acetylornithine deacetylase  28.11 
 
 
433 aa  122  9.999999999999999e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.633386  normal  0.578084 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0080  peptidase M20  28.31 
 
 
434 aa  121  3e-26  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.306901  n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_10333  metallopeptidase, putative (JCVI)  27.32 
 
 
753 aa  114  2.0000000000000002e-24  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3753  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.81 
 
 
387 aa  112  1.0000000000000001e-23  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.518187  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_01583  acetylornithine deacetylase, hypothetical (Eurofung)  27.35 
 
 
393 aa  112  2.0000000000000002e-23  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0352078 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_2664  peptidase M20  28.09 
 
 
442 aa  106  8e-22  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2374  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.11 
 
 
410 aa  105  1e-21  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.428442  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0631  peptidase M20  28.74 
 
 
433 aa  105  1e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5606  peptidase M20  27.84 
 
 
422 aa  105  2e-21  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.750571  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1422  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.94 
 
 
423 aa  104  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1467  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  31.07 
 
 
388 aa  103  4e-21  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0720  peptidase M20  28.7 
 
 
424 aa  101  3e-20  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.611917  normal 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1388  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  29.3 
 
 
393 aa  100  4e-20  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.0811726  normal  0.459687 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0553  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  24.8 
 
 
413 aa  98.6  2e-19  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal  0.0770776 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0591  peptidase M20  27.9 
 
 
390 aa  97.4  4e-19  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1255  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.67 
 
 
375 aa  97.1  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3141  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.67 
 
 
375 aa  97.1  5e-19  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1372  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.67 
 
 
375 aa  97.1  5e-19  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0180  diaminopimelate aminotransferase  25.1 
 
 
415 aa  97.1  6e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  hitchhiker  0.00038111  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2976  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.82 
 
 
375 aa  96.3  8e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0234315  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0166  acetylornithine deacetylase or succinyl-diaminopimelate desuccinylase  25.47 
 
 
407 aa  96.3  8e-19  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0061  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  28.45 
 
 
426 aa  96.3  9e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.250429  normal  0.531249 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3162  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.72 
 
 
375 aa  95.9  1e-18  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000827739  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2108  peptidase dimerisation domain-containing protein  26.24 
 
 
430 aa  95.9  1e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0921136 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3693  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  32.39 
 
 
375 aa  95.9  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1198  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.99 
 
 
375 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1169  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  38.3 
 
 
375 aa  95.5  2e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.0085644  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2742  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.86 
 
 
375 aa  95.5  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2676  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.86 
 
 
375 aa  95.5  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2751  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.99 
 
 
375 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2849  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  39.86 
 
 
375 aa  95.5  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2618  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.99 
 
 
375 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1205  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.99 
 
 
375 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.270871  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2843  succinyl-diaminopimelate desuccinylase  30.99 
 
 
375 aa  95.1  2e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02325  hypothetical protein  30.99 
 
 
375 aa  95.1  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3929  peptidase M20  25.17 
 
 
411 aa  95.5  2e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.856117  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>